一、“三代”稅款手續費按年據實清算
根據《財政部 稅務總局 人民銀行關於進一步加強代扣代收代徵稅款手續費管理的通知》（財行〔2019〕11號）的規定，代扣、代收扣繳義務人和代徵人應於每年3月30日前，向稅務機關提交上一年度“三代”（代扣代繳、代收代繳、委託代徵）稅款手續費申請相關資料，因“三代”單位或個人自身原因，未及時提交申請的，視為自動放棄上一年度“三代”稅款手續費。
也就是說，2019年度的單位個人所得稅代扣代繳手續費，必須在2020年3月30日前去申請提交相關資料，過了2020年3月30日，2019年度單位個人所得稅代扣代繳手續費是“自動放棄”。
《國家稅務總局關於延長2019年度代扣代收代徵稅款手續費申報期限的通知》（稅總函〔2020〕43號）規定，為進一步支持新冠肺炎疫情防控工作，加大援企穩崗力度，紓解企業困難，稅務總局經商財政部，決定延長2019年度代扣代繳、代收代繳和委託代徵稅款手續費申報期限，由2020年3月30日延長至5月30日。
二、可以領取的金額
法律、行政法規規定的代扣代繳稅款，稅務機關按不超過代扣稅款的2%支付手續費，且支付給單個扣繳義務人年度最高限額70萬元，超過限額部分不予支付。對於法律、行政法規明確規定手續費比例的，按規定比例執行。
三、“三代”稅款手續費的使用
“三代”單位所取得的手續費收入應單獨核算，計入本單位收入，用於與“三代”業務直接相關的辦公設備、人員成本、信息化建設、耗材、交通費等管理支出。上述支出內容，國家已有相關支出標準的，嚴格執行有關規定；沒有支出標準的，參照當地物價水平及市場價格，按需支出。單位取得的“三代”稅款手續費以及手續費的使用，應按照法律、法規有關規定執行。
《個人所得稅扣繳申報管理辦法（試行）》（國家稅務總局公告2018年第61號）第十七條規定，扣繳義務人領取的扣繳手續費可用於提升辦稅能力、獎勵辦稅人員。
四、企業需要繳納增值稅
代扣個人所得稅的手續費收入屬於有償提供服務，應按照“商務輔助服務——經紀代理服務”繳納增值稅。
五、屬於下面情況的，免徵個人所得稅
《財政部、國家稅務總局關於個人所得稅若干政策問題的通知》（財稅字〔1994〕20號）第二條的規定，個人辦理代扣代繳稅款手續，按規定取得的扣繳手續費暫免徵收個人所得稅。
六、企業需要繳納企業所得稅
代扣代繳個人所得稅返還的2%手續費不屬於不徵稅收入、免稅收入，應作為應稅收入，徵收企業所得稅；同時將取得的手續費獎勵給本單位從事代扣代繳工作的員工屬於工資、薪金，可以作為工資、薪金在企業所得稅前扣除。
七、企業取得代扣代繳個稅手續費收入如何會計處理
2018年9月7日財政部會計司發佈的《關於2018年度一般企業財務報表格式有關問題的解讀》關於代扣個人所得稅手續費返還的填列規定，企業作為個人所得稅的扣繳義務人，收到的扣繳稅款手續費應作為其他與日常活動相關的項目在利潤表的“其他收益”項目中填列。
比如：某企業為一般納稅人，收到4.24萬元的代扣代繳個人所得稅手續費，擬全部用於發放參與代扣代繳工作的財務人員和人力資源部員工補助。
1.收到手續費時：
借：銀行存款42400
貸：其他收益40000
應交稅費——應交增值稅（銷項稅額）2400
2.計提代繳個人所得稅工作的財務人員和人力資源部員工補助時計入管理費用：
借：管理費用——工資薪金40000
貸：應付職工薪酬——工資薪金40000
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