天珠的起源可追溯到公元前3000年至1500年之间，阿利安人的印度古国。当时的人们为求神佛庇佑，天珠因此被创造出来。当时人们以古老文献中记载的咒术、图腾等符号图案造型(也就是现在天珠上的各种图案)，画于石材上，进于达到提升精神(灵魂)意识的效益。依《吠陀经》记载：远古时因受地理环境及天然灾害的影响，求神助佑之心自然产生，“天珠”因而被创造出来。同时，渗进了各种药物治病，并用巫术咒语的图腾意念，符画于石材上，借以获得诸佛众神 的加持与护佑。
天珠用于敬奉佛菩萨之事迹具代表性的记载为唐太宗贞观十五年（公元六四一年）文成公主下嫁吐蕃赞普弃宗弄赞时，带了一尊从印度请来的佛像作为陪嫁，最后这尊佛像座落西藏拉萨大昭寺的释迦殿内后，而这尊佛像即被西藏人民镶上了百余颗各式各样的天珠，包括三颗九眼天珠，及三眼天珠、二眼天珠、宝瓶天珠（或称永生瓶天珠）、虎纹天珠和其它带眼天珠。目前这尊佛像安奉于拉萨(Lhasa) 大昭寺的释迦殿内。
据史料记载，于圆和吐蕃之间的草原信道，是西藏与北方草原文化进行交流的重要途径，这条古道至少在公元前5世纪便已开通。悠久的历史，美丽神秘的传说，加之西藏人虔诚地收藏供养，世代相传，天珠便成为人们心中中珍贵的宝物了。
西藏先民认为，老天珠是神创造的超自然之物，是自然生成的或天降下来的，如果有谁说工艺品，会遭到他们强烈的反对。问许多藏族群众天珠来自哪里，他们讲述着同一个古老的神话：在古代，天珠是神仙佩戴的装饰物，每当珠子破损或稍有损坏，神仙就把他们抛洒下生物的化石，与鹦鹉螺、三叶虫处于同一时代。
有人曾提出证据，在喜马拉雅山定日一带、藏地无人区化石山上都曾见过天珠化石。老百姓的故事则说：曾经有一个人在高山之巅见到这样一只虫子，他用帽子扑它并将它罩住。当他挪开帽子时，虫已经石化了，成了一粒天珠。Ｒ•内贝斯基—沃科维茨博士在其《西藏的史前珠子》一文中讲述西藏西部阿里地区的一个传说。人们认为，天珠起源于茹多克附近的一座山上，遇上大雨天珠如溪流般地沿余坡泻而下。然而，有一天，一个巫婆用“邪恶的目光”盯着那座山，于是天珠马上停止流淌。直至今日，在天珠不断流出的地方还可以看到颇具特色、黑白条纹相间的天珠。归类起来天珠来源的传说有十几种：
1. 天珠是诸佛菩萨的愿力所化成的。
2. 天珠是印度石头绘制而成。
3. 天珠是由外层空间掉落的陨石制成。
4. 天珠是成串像蛇一样的生物。
5. 天珠在田野间捡获或在牛羊群的排泄物中发现。
6. 天珠是干僵的虫尸体，是昆虫的化石，或是大鹏金翅鸟结晶的化石。
7. 天珠是会飞、会跑、会爬动的虫类。
8. 天珠可在西藏的天珠草原捕捉。
9. 天珠是阿修罗制造的武器，用以对付帝释天（佛教中的最高统治者，相当于道教中的玉皇大帝）。
10. 天珠是天神的珍贵饰物。
11. 发现天珠穴或天珠巢而获得天珠。
12. 阿里天珠泉流出的天珠。
13. 智尊金刚亥母降下法宝天珠，拯救藏区灾民脱离苦难，消除病灾。
14. 文殊菩萨的前身撒下的天宝。
15. 天珠是大食国（即波斯）国库里的宝石之一。
16. 天珠是玛瑙国的宝物
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