天珠的起源可追溯到公元前3000年至1500年之間，阿利安人的印度古國。當時的人們為求神佛庇佑，天珠因此被創造出來。當時人們以古老文獻中記載的咒術、圖騰等符號圖案造型(也就是現在天珠上的各種圖案)，畫於石材上，進於達到提升精神(靈魂)意識的效益。依《吠陀經》記載：遠古時因受地理環境及天然災害的影響，求神助佑之心自然產生，“天珠”因而被創造出來。同時，滲進了各種藥物治病，並用巫術咒語的圖騰意念，符畫於石材上，藉以獲得諸佛眾神 的加持與護佑。
天珠用於敬奉佛菩薩之事蹟具代表性的記載為唐太宗貞觀十五年（公元六四一年）文成公主下嫁吐蕃贊普棄宗弄贊時，帶了一尊從印度請來的佛像作為陪嫁，最後這尊佛像座落西藏拉薩大昭寺的釋迦殿內後，而這尊佛像即被西藏人民鑲上了百餘顆各式各樣的天珠，包括三顆九眼天珠，及三眼天珠、二眼天珠、寶瓶天珠（或稱永生瓶天珠）、虎紋天珠和其它帶眼天珠。目前這尊佛像安奉於拉薩(Lhasa) 大昭寺的釋迦殿內。
據史料記載，於圓和吐蕃之間的草原信道，是西藏與北方草原文化進行交流的重要途徑，這條古道至少在公元前5世紀便已開通。悠久的歷史，美麗神秘的傳說，加之西藏人虔誠地收藏供養，世代相傳，天珠便成為人們心中中珍貴的寶物了。
西藏先民認為，老天珠是神創造的超自然之物，是自然生成的或天降下來的，如果有誰說工藝品，會遭到他們強烈的反對。問許多藏族群眾天珠來自哪裡，他們講述著同一個古老的神話：在古代，天珠是神仙佩戴的裝飾物，每當珠子破損或稍有損壞，神仙就把他們拋灑下生物的化石，與鸚鵡螺、三葉蟲處於同一時代。
有人曾提出證據，在喜馬拉雅山定日一帶、藏地無人區化石山上都曾見過天珠化石。老百姓的故事則說：曾經有一個人在高山之巔見到這樣一隻蟲子，他用帽子撲它並將它罩住。當他挪開帽子時，蟲已經石化了，成了一粒天珠。Ｒ•內貝斯基—沃科維茨博士在其《西藏的史前珠子》一文中講述西藏西部阿里地區的一個傳說。人們認為，天珠起源於茹多克附近的一座山上，遇上大雨天珠如溪流般地沿餘坡瀉而下。然而，有一天，一個巫婆用“邪惡的目光”盯著那座山，於是天珠馬上停止流淌。直至今日，在天珠不斷流出的地方還可以看到頗具特色、黑白條紋相間的天珠。歸類起來天珠來源的傳說有十幾種：
1. 天珠是諸佛菩薩的願力所化成的。
2. 天珠是印度石頭繪製而成。
3. 天珠是由外層空間掉落的隕石製成。
4. 天珠是成串像蛇一樣的生物。
5. 天珠在田野間撿獲或在牛羊群的排洩物中發現。
6. 天珠是幹僵的蟲屍體，是昆蟲的化石，或是大鵬金翅鳥結晶的化石。
7. 天珠是會飛、會跑、會爬動的蟲類。
8. 天珠可在西藏的天珠草原捕捉。
9. 天珠是阿修羅製造的武器，用以對付帝釋天（佛教中的最高統治者，相當於道教中的玉皇大帝）。
10. 天珠是天神的珍貴飾物。
11. 發現天珠穴或天珠巢而獲得天珠。
12. 阿里天珠泉流出的天珠。
13. 智尊金剛亥母降下法寶天珠，拯救藏區災民脫離苦難，消除病災。
14. 文殊菩薩的前身撒下的天寶。
15. 天珠是大食國（即波斯）國庫裡的寶石之一。
16. 天珠是瑪瑙國的寶物
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