仅供参考，另外运行过程中生成的hmm文件和out文件可能不在HMMER文件夹中，而可能存在于用户名的文件夹中，所以很麻烦，找不到的可以在电脑全局搜索你的磁盘，hmm文件和out文件都可以用notepad++打开。
用序列搜索序列：
建立hmm模型：
1.将完全比对好的序列，我用clustalx生成clustal文件，后缀是aln
2.用在线网站把比对后的文件转换成stockholm格式:
http://sequenceconversion.bugaco.com/converter/biology/sequences/clustal_to_fasta.php
3.打开windows终端命令界面，直接把hmmbuild.exe程序拖进窗口，会出现这样的情况：
C:\\Users\\Ailin>E:\\hmmer3.0_windows\\hmmbuild.exe
可以直接用，例子： C:\\Users\\Ailin>E:\\hmmer3.0_windows\\hmmbuild.exe name.hmm E:\\hmmer3.0_windows\\name.stockholm（其中E:\\hmmer3.0_windows\\sample.stockholm也是直接拖过来的）
其命令其实是这样的：hmmbuild name.hmm name.stockholm
但是我的电脑要加环境变量才能读取数据，拖进去直接就有环境变量。
搜索同源序列：
C:\\Users\\Ailin>E:\\hmmer3.0_windows\\hmmsearch.exe E:\\hmmer3.0_windows\\name.hmm E:\\hmmer3.0_windows\\name.fa>name.out
其命令其实是：hmmsearch name.hmm name.fa>name.out
hmmsearch直接拖进去后，空格，直接拖进去hmm文件，空格，再直接拖进去需要寻找序列的库，最后加上>name.out/name.fa即可
用Pfam的domain搜索统所需的序列：
首先知道你要寻找的domain的Pfam编号，用序列在结构域预测工具中都能搜索的到。
进入pfam关键词搜索你的编号，点击左边Alignments，在Format an alignment中的format中选择stockholm。下载的是txt文件，但是直接改后缀就可以了。
其余步骤和上述一样。
閱讀更多 ll科學大雜燴 的文章
