本片故事從靈界舒克因厭倦了靈界的生活，故意將一本靈魂筆記丟棄在人間而開始的故事。
這個故事發生在日本，有一名品學兼優的大學生，名字叫良辰，他剔透玲瓏，智力超群，體育全能，演技優秀，心理素質極強，近乎變態的完美主義者，為了貫徹扭曲的正義而瘋狂。他在課堂上發呆，望著窗外。他自語到日復一日，同樣的事週而復始。
在此刻，他看到空中掉落了一個筆記本。出於好奇，他放學後撿起這個筆記本想看看是誰遺落的。沒想到筆記本上寫著“靈魂筆記”並且還註明著使用方法，“名字被寫在這個筆記本上的人，會死”，他在想是誰在惡作劇嗎？
出於好奇，他還是帶回家中。無聊中他翻閱著這個筆記本，看著說明上面寫著“如果腦海中沒有被寫者的樣貌就不會生效，所以同名同姓者不會一起受到牽連。寫上名字後，在人間的時間單位40秒內寫上死因，那個人就會按所寫原因死亡，不寫的話，死因全部為心臟麻痺，寫上死因後還會得到6分40秒的時間，用以寫上具體的死亡情況“
良辰自語到 就是說，即能讓人痛快的死，也能讓人痛苦的死嗎？惡作劇做到這份上，還真是用心呢，反問到寫上名字就真的會死嗎？無聊的他隨手拿起筆準備寫一個名字，有些焦慮，有些擔心，萬一真的死了呢，自己不就成為殺人犯了嗎？
他看著電視新聞，一名歹徒劫持了人質，情況比較危機，他抱著試試的心態，就把電視新聞上那名歹徒的名字寫在了筆記本上，他看著鐘錶，想要證實40秒後這名歹徒是否會遭到懲罰。結果沒想到，那名歹徒真的猝死了。
他覺得有必要在試一次，想找一名犯罪分子，這樣警方也會封鎖消息，不至於造成恐慌。在晚間補課後，他看到一名女孩子，被流氓劫持。流氓做著很壞的事情，試圖強暴這麼女孩子，然後良辰悄悄的寫下了那個人的名字，沒想到那個流氓真的死了，震驚之餘，他確認這本靈魂筆記是真實的。
良辰回到家中，在本子上寫了相當多的名字，看著自己的作品，暗自發笑。他在等待著自己即將收到的懲罰。
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