本片故事从灵界舒克因厌倦了灵界的生活，故意将一本灵魂笔记丢弃在人间而开始的故事。
这个故事发生在日本，有一名品学兼优的大学生，名字叫良辰，他剔透玲珑，智力超群，体育全能，演技优秀，心理素质极强，近乎变态的完美主义者，为了贯彻扭曲的正义而疯狂。他在课堂上发呆，望着窗外。他自语到日复一日，同样的事周而复始。
在此刻，他看到空中掉落了一个笔记本。出于好奇，他放学后捡起这个笔记本想看看是谁遗落的。没想到笔记本上写着“灵魂笔记”并且还注明着使用方法，“名字被写在这个笔记本上的人，会死”，他在想是谁在恶作剧吗？
出于好奇，他还是带回家中。无聊中他翻阅着这个笔记本，看着说明上面写着“如果脑海中没有被写者的样貌就不会生效，所以同名同姓者不会一起受到牵连。写上名字后，在人间的时间单位40秒内写上死因，那个人就会按所写原因死亡，不写的话，死因全部为心脏麻痹，写上死因后还会得到6分40秒的时间，用以写上具体的死亡情况“
良辰自语到 就是说，即能让人痛快的死，也能让人痛苦的死吗？恶作剧做到这份上，还真是用心呢，反问到写上名字就真的会死吗？无聊的他随手拿起笔准备写一个名字，有些焦虑，有些担心，万一真的死了呢，自己不就成为杀人犯了吗？
他看着电视新闻，一名歹徒劫持了人质，情况比较危机，他抱着试试的心态，就把电视新闻上那名歹徒的名字写在了笔记本上，他看着钟表，想要证实40秒后这名歹徒是否会遭到惩罚。结果没想到，那名歹徒真的猝死了。
他觉得有必要在试一次，想找一名犯罪分子，这样警方也会封锁消息，不至于造成恐慌。在晚间补课后，他看到一名女孩子，被流氓劫持。流氓做着很坏的事情，试图强暴这么女孩子，然后良辰悄悄的写下了那个人的名字，没想到那个流氓真的死了，震惊之余，他确认这本灵魂笔记是真实的。
良辰回到家中，在本子上写了相当多的名字，看着自己的作品，暗自发笑。他在等待着自己即将收到的惩罚。
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