宋元时期是泉州港海外交通史上的黄金时代。据成书于开禧二年（1206年）的赵彦卫的《云麓漫钞》记载，当时来泉州贸易的有大食、三佛齐等三十一个国家和地区的商人。而到嘉定十七年（1225年），赵汝适掌管泉州市舶司时，又发展到五十三个国家和地区。到了元代，竟发展到九十八个国家和地区。据史书记载，宋时由泉州进口的香料、药物等商品达三百多种，出口的商品则有瓷器、丝绸、铜铁器、糖、茶、酒、川芎、黄连、麝香，落枝干等几十种。曾入仕元朝的意大利旅行家马可·波罗说，泉州港是当时世界最大的贸易港之一。比马可·波罗晚半个世纪来泉州的摩洛哥旅行家伊本·巴都他也说，刺桐港（即泉州港）是当时“世界最大之港”，他目睹“港中有大船百余，小船则不可胜数”。这些都是对宋元时期泉州港海外交通贸易极盛景况的赞誉，它反映泉州港商品交易的繁荣，表明当时我国南方的商品经济已经有较充分的发展。
“中国封建社会内的商品经济的发展，已经孕育着资本主义的萌芽”。然而，这种萌芽，是在封建主义还占支配地位的历史条件下出现的。宋元时期泉州地区商品经济空前发展。例如居当时出口量第一的、备受海外各国人民所欢迎的瓷器，宋元时泉州所属各县都普遍生产。据晋江地区文管会一九七七年的普查统计，古泉州所属各县（不包括同安县）已发现的古窑址共三百六十七处，其中宋元窑址就有一百三十二处，不仅窑数多，而且生产规模也有很大的。倒如一九七六年发的德化县屈斗宫窑址，发现了一道长57米，宽2米多，分为十七个窑室的分室龙窑（俗称“鸡笼窑”）的窑基。据有经验的老窑工估计，这个窑每次可烧制近二万件瓷器。其生产规模之大，可以想见。其他如纺织业、冶铸业等，也都是相当发达的。并且出现了某些和农业相分离的手工业生产（如制瓷、焙茶、制糖、造船等），也有了初具规模的手工业作坊（如上述屈斗宫窑）。此外，当时泉州社会似已有雇佣劳动出现了。象屈斗宫那样大规模的瓷窑，从备料、制坯、入窑、烧火到出窑等生产过程中，势必要雇用大批的制瓷工匠。又如“泉南有巨贾南番回回佛莲者，蒲氏之婿也。其家甚富，凡发海舶八十艘”。一个商人，就有八十艘海船，不雇用大量的舵工、水手等人员，是不可能的。根据上述情况，我们似乎可以说，宋元时期泉州地区已出现了资本义萌芽的因素了。
到了明代，泉州的社会经济仍有所上升。特别是桑麻、木棉的广泛种植，泉州的丝、棉、麻等纺织业都很发达。明王朝于宣德三年（1428年）在泉州设“染局”，遗址在今东街迎春门楼巷内，正统年间（1436－1449年）又在泉州设“织造局”，可见明代泉州的丝绸织染业是很兴盛的。其他如瓷器、冶铸、食品等传统的手工业产品，也随着商品经济的发展而有所发展。泉州在宋元时期已经成为世界性的大贸易港，在我国资本主义萌芽的新形势下，商业性农业（如种植棉、麻、茶、蔗等）和手工业产品的大部分，更当是作为在市场上交易的商品；特别是丝绸、瓷器、茶、糖、铜铁器等传统的外销商品，更需要运到国内、外市场去进行交易。因此，海外交通贸易本来是应该有与之相适应的发展的。
可是，就在商品经济越来越发达的明清时期，泉州港的海外交通贸易却反而走向了衰落的阶段。明清时期泉州港海外交通贸易的衰落，表现在下列三个主要史实上：
（一）福建市舶司由泉州迁往福州。泉州设市舶司从宋到明，达三百八十多年之久。到了明宪宗成化十年（1474年），明王朝下令把福建市舶司从泉州迁往福州，这就标志着泉州港在我国海外交通贸易上地位的下降。事实表明，在明王朝建立一百多年之后，泉州港已由一个国际性的贸易大港，逐步下降为一个地区性的港口了。
（二）漳州月港的兴起。明初，民间商人的海上“走私”贸易越来越活跃。当时，官商凭借封建王朝的势力压迫民间商人。因此，宋元时期高度集中管理的后渚港，不适宜于民间商人的“走私”活动。于是，民间商人就采取分散的方式，转移到官方势力较薄弱或达不到的地方去活动。这样一来，泉州湾内的其他各港口，都成为民间商人进行贸易活动的地方，而以安平港为最活跃。到了明中叶以后，更转移到漳州的月港去进行交易。月港地僻一隅，是官方势力难以控制的港口，因此，月港虽港道很浅，却日益繁荣起来，取代了泉州港，成为闽南地区民间商人“走私”贸易的主要港口。
（三）清王朝在厦门设立海关。厦门原称中左所，是泉州府所属的同安县的辖地，是明中叶以后中外商人进行贸易活动的一个新港口。万历间（1573-1620）明王朝就在厦门设“商引”以征收“舶税”。郑成功、郑经据厦门抗清时，与吕宋、日本、交趾，暹罗、英圭黎、万丹、安南等，都进行海上贸易，康熙二十二年（1683年）清王朝占领台湾后，正式宣布准许福建进行海上贸易和捕鱼。康熙二十三年，清王朝正式在厦门设立海关，以“榷征闽海关税务”。这一史实，表明了泉州港作为对外通商港口的地位，又为厦门所取代，泉州港的海外交通贸易也更加衰落了。
为什么在商品经济比宋元时期已有更高度的发展、需要与国内外市场进行更广泛交易的明清时期，泉州港的海外交通贸易却反而由极盛逐步转向衰落阶段呢？我们认为，这是由于当时国内外海上交通贸易的形势发生了新的变化、而泉州地区又发生了破坏性较大的战乱所造成的。归纳起来，有以下几个方面的原因：
（一）西方殖民主义的东侵，使东西方的海上通商出现了新的形势，影响了泉州港的发展
公元十五世纪以后，欧洲有些国家如葡萄牙、西班牙、荷兰、意大利等，先后发展成为殖民主义国家，并纷纷向东方扩张，抢占殖民地，进行资本掠夺。这些殖民主义者表面上挂着做生意的招牌，实际上是在海上大干劫船夺货，甚至掳掠人口的罪恶勾当。正如马克思所指出的，葡萄牙、西班牙等的殖民掠夺，“是用血和火的文字载入人类编年史”。作为中外海上通商大港的泉州，当然也是西方殖民者企图染指的主要目标。葡萄牙人在侵占澳门之前，就在明正德十一年（1516年）侵入泉州，设立“公行”，进行经济侵略，引起群众的愤恨。到嘉靖二十八年（1549）泉州人民群起捣毁“公行”，把他们驱逐出境。随后又有荷兰殖民者入侵泉州，结果也在泉州人民的反对声中退了出去。
当葡萄牙人占据澳门之后，继之而来的西方殖民者也争相占夺土地，如西班牙人占领了吕宋，荷兰人占领了印尼。特别是荷兰殖民者更是野心勃勃，妄想独占对中国的贸易。万历三十二年（1603年），荷兰侵入澎湖，要求互市未遂。天启二年（1622年），荷兰又据澎湖，犯中左所，进追圭屿。据《熹宗天启实录》记载：“（天启）三年，闽自红夷（指荷兰殖民者）入犯，就澎湖筑城，胁我互市……俨然一敌国矣。”天启四年，荷兰退出澎湖，占据我国台湾，并设立商馆。荷兰殖民者所到之处，恣意剽掠屠戮，受到当地人民的剧烈反抗。如荷兰殖民者侵入泉州府所属的中左所时，晋江人王梦熊曾率众用数十只小艇，扮成渔船，暗藏火器，运近荷兰大舰，因风纵火，焚毁荷船十多，荷军被烧死、溺死的很多。荷军有个头目叫牛文来律的也被活捉了。荷兰殖民者占据台湾时，明王朝派郑芝龙打败过他们。崇祯六年（1633年）郑芝龙又在厦门打败过荷军，焚毁荷舰五艘，夺取荷舰一艘。到了顺治十八年（1661年）郑成功进军复台，荷兰殖民者战败投降，退出台湾。郑成功驱荷复台的斗争，得到台湾人民的积极支援。这是我国人民在近代史上一次反侵略斗争的重大胜利。
西方殖民主义者的东侵，使国际上东、西方海上通商出现了新的形势，对泉州港的海外交通贸易危害极大。宋元时期来泉贸易的外商，最主要的是阿拉伯、波斯商人。到了元末，由于泉州发生了延续十多年的战乱，许多阿拉伯、波斯商人纷纷归国。阿拉伯商人本来是亚、欧、非各国商人海上贸易的中介，他们控制东西方海上通商达八百年之久。到了十五世纪欧洲出现了殖民主义国家之后，这些欧洲国家迫切要求突破阿拉伯人的贸易垄断。与此同时，阿拉伯国家本身也有新的变化，西亚的奥托曼土耳其帝国，控制了亚、欧间的交通，对东西方海上通商加以种种阻挠，迫使欧洲国家不得不另谋往东方的通路。于是，世界航海史上出现了哥伦布发现新大陆、奥斯·达·加马发现了到亚洲的新航路。整个世界历史发生了深刻的变化。至此，阿拉伯商人垄断海上贸易的地位，就被新起的欧洲殖民主义国家所取代了。
东西方海上通商形势的这种变化，严重地影响了泉州港海外交通贸易的发展。具体表现在：（一）航线和贸易主要对象的变化。宋元时期泉州的海外交通的主要航线是通西洋，直达西亚和东非：贸易的主要对象是阿拉伯国家。当时中外海上贸易是以三佛齐为中转站的。到了明代，由于西方殖民者东侵，泉州的海外交通主要航线和贸易活动的主要范围，缩小到印度洋及其以东的南洋诸国；贸易的主要对象是吕宋、日本和其他东南亚国家，而以吕宋作为中转站。明代泉州港的官方海外贸易并且是被限定为“仅通琉球”，吕宋、日本等国家必须假借琉球的名义，才能来泉州进行所谓“贡赉贸易”。清代，泉州港的官方贸易甚至规定只能与国内的鹿港（台湾）作“对口贸易”；（二）对外海上贸易方式的变化。宋元时期是外国商人（以阿拉伯商人为主）带着货物来华互市；而明代则是派出使臣——甚至带着货物（如郑和下西洋），到海外去招徕贸易，进行商业活动的。由于航线、贸易主要对象和贸易方式等起了变化，就使泉州港的海外交通事业，势必走向衰落。
（二）明清两代封建王朝对海外交通贸易采取“禁”的政策，对泉州的海外通商事业破坏极大
明以前的历代统治者对于海外交通贸易，向来都是采取“开”的政策的。唐、宋、元时期对来华贸易的外商更极表欢迎，并给予保护；对他们的商业活动、住居，习俗以至宗教信仰等，都给予尊重、照顾和提供方便。可是，到了明清时期，封建统治者对于海外通商，却采取了和它们的前代迥然不同的“禁”的政策，具体表现在明初的“禁海”和清初的先“禁海”后“迁界”。
明王朝从洪武四年（1371年）起，多次下令“禁海”，禁止交通外邦；到了洪武二十七年，甚至下令禁止民间使用“蕃货”，借以断绝外货的销路。明成祖时，更下令“禁造双桅海船”，以防止人民扬帆出海。明初严禁私人出海贸易，强调海外通商要全由官方主办。即使对官方贸易，也有种种限制。明王朝虽然宣布对高丽、三佛齐、琉球，占城等十五个国家的来华互市，实行免予征税的待遇，称为“不征之国”；但是，就连这些享有免税优遇的国家，仍然规定种种限制，如只能按照固定的期限、航道和人数，运载限定数量的香药等物来华互市。这和宋元时期外商可以自由来华贸易，也是大不相同的。明王朝实行这种政策，势必影响海外交通事业的发展。此外，明初虽在洪武七年（1374年）就在泉州设立市舶司，但泉州被限定“仅通琉球”。虽然其他国家仍然假琉球之名来泉互市，但是这种转口贸易的做法，总是不利于泉州的海外通商事业的。再说，“海者，闽人之田”。“禁海”等于绝了沿海人民的生路。于是沿海商、民就采取“走私”的形式以反对禁海。这种所谓“走私”的民间海外贸易日益频繁，并且发展成为明清两代泉州港海外交通贸易的新特点。
清初的“禁海”和明代的禁止私人出海贸易，在性质、目的和做法上虽各有差异，但是它对海外交通贸易却同样产生了严重的破坏作用。清王朝的禁海和以后的“迁界”，虽然有国内外的种种原因，但最主要的是为了消灭海上起义的抗清力量。例如为了对付郑成功领导的抗清运动，清王朝采取的是“武力镇压”和“经济封锁”两种策略。“禁海”就是经济封锁的手段之一。清王朝认为郑成功之所以能据厦、金两岛以“抗天下全师”，是因为有内地商民在粮食和其他物资的源源接济。为了瓦解这股反抗力量，清王朝在顺治十三年（1656年）三月宣布“禁海”，规定凡是运粮食等物供应郑成功的人，“不论官民，俱行奏闻处斩，货物入官，本人家产尽给告发之人。其该管地方文武各官，不行盘诘擒缉，皆革职从严治罪。地方保甲通容不行首举者，皆从死”。其立法是够严厉的了！可是沿海群众，不顾个人身家财产的安危，对郑氏抗清运动的物质支持，仍是持续不断。正如清统治者的自供：“内地商民作奸射利，与为互市。凡杉、桅、桐油、铁器、硝磺、湖丝、轴、粮米，一切应用之物，俱恣行贩卖供应“海逆’”。这就说明清王朝“禁海”的目的无法达到。
清朝统治者不甘心禁海的失败，就采用了更残酷的手段，于顺治十八年（1661年）疯狂地下令“迁界”。所谓“迁界”，就是强迫沿海各省滨海居民一律内迁，把离海三十里的地方划为界外，凡属界外的村庄、田宅、船只，一律烧毁；并规定“片板不许下水，粒货不许越疆”，使界外成为无人地带，以图困死聚集在海岛上的抗清力量。以福建来说，“自闽安镇起，北至海埕六百七十里，南至分水关一千一百五里，福、兴、漳、泉四府，福宁一州所属十九县，划为界外（的田地）多至二万五千九百零四顷。膏腴弃为荒地，庐舍沦为废墟：无数人民，流离颠沛”。这种清野式的迁界，其残酷更有甚于禁海。
泉州紧邻郑成功的根据地厦门、金门和台湾，是迁界的重点地区，受祸更惨。例如安海是郑成功早期的根据地，多次遭受清兵的劫掠，对于禁海和迁界就有这样的记述：“丙申（1656年）焚毁，化为灰烬；辛丑（1661年）迁界，鞠为茂草。无屋可居，无田可种。老弱转死沟壑，壮者散居外乡。抒空南国，霜招雪窖之瑰：泪酒西郊，露冷迁民之骨”真是凄惨至极！
清王朝的禁海和迁界，对泉州港的海外交通贸易破坏极大，明代民间商人“走私”出入的大小港口，都在禁海、迁界的范围内，这就造成了泉州港的海外通商出现了时断时续的状态。尽管康熙二十二年（1683年）台湾的抗清力量被消灭后，清王朝宣布取消海禁；但对海外各国的来华贸易，仍是采取多方限制。直至一百多年后的乾隆五十八年（1793年），英国国王乔治三世遗使来华要求通商时，清王朝还是做傲慢地以“天朝物产丰盈，无所不有，原不藉“夷货”以通有无”，“而加以拒绝。这一史实说明了清王朝是如何顽固地实行“闭关政策”的！这就不仅严重地破坏了海外交通事业，也阻碍了中外的经济、文化的交流。
（三）倭寇的侵扰劫掠，危害了泉州地区人民生命财产的安全，泉州港的海外交通贸易也深受影响
十四世纪中时，日本的武士、浪人，勾结中国的流氓，借通商名义，扰骚我国山东、江苏、浙江、福建、广东等省沿海地区，史称“倭寇”。从洪武初年起，沿海各省濒海州县，备受倭寇的劫掠，明王朝认为海道可通倭寇，因此就再次申严海禁。到了嘉靖年间，倭寇更大举骚扰我东南沿海。泉州地区从洪武三年（1376年）六月，开始受到倭寇骚扰，以后寇警时传，也以嘉靖间为最甚。从嘉靖三十六年（1557年）到四十五年前后十年中，泉州所属各县，先后遭受倭寇不同程度的骚扰；南安、永春、安溪的县城，都被倭寇攻陷过，以嘉靖三十九年（1560年）为例，“正月，倭寇南安、英山等处……一支由浔美（在泉州东门外）登岸焚劫，仍至车桥（在泉州城南江边），官军拒之，一支由法石登岸焚劫，亦至南门城下而去。四月，倭攻（惠安县的）崇武……据城四十余日，燔军民居，大掠而去。五月，倭犯同安……六月，倭复由南安诗山入塔口隘。七月，倭数千掠入安溪，屯四十日，公署民房，烧毁殆尽”，由于倭寇的抢掠烧杀，激起各地人民的奋力抗击。在抗倭斗争中，涌现了不少动人的事迹，如嘉靖三十八年三月十一日，倭寇侵犯安平；嘉靖四十三年正月，倭寇犯泉州境，转扰安平，都受到人民的抗击而败退。又如嘉靖年间，有小股倭寇骚扰惠安的獭窟岛，被渔民陈时和为首的岛上人民所击退。后倭寇数百人再次登岛，陈时和父子领导岛上人民又给予痛击！他们用船头桅、斧头等，消灭倭寇数十人，并当场打死了倭寇一个头目。由于敌我力量悬殊，陈时和父子在激战中负了重伤，壮烈牺牲。后来，岛上人民为陈时和父子建亭立碑，以表彰他们的功绩。他们抗倭的英名，至今还在民间流传着。
明王朝为了对付倭寇的骚扰，在沿海兴建了一些防御设施。明太祖曾派江夏侯周德兴巡视东南沿海，相度地形，督造了一些“卫”、“所”、“城”等防御工事，并在沿海修筑了一些报警用的“烟火台”，如泉州附近就有崇武城、永宁卫、中左所，等等。又当时也出现一些能率领各地人民英勇抗倭的民族英雄，如俞大猷（泉州人）、戚继光等，时称“俞龙成虎”。
倭寇的骚扰使我国沿海地区的工农业生产遭受破坏，人民的生命财产，也受到严重的损失。在倭寇侵扰期间，中日间的官方贸易，几乎陷于停顿——当时，日本的封建王朝正在实行所谓“锁国”政策，极力限制对外通商——南洋诸国来华贸易的商船，也因经常受到倭寇的劫掠而大为减少。虽然当时民间商人的“走私”贸易仍很活跃，泉州港的海外交通贸易出现了新的特点，但是，在倭寇骚扰的影响下，泉州港海外交通贸易的范围和规模，越来越缩小了。
（四）元末明初泉州地区发生了破坏性的连年战乱，对泉州港海外交通贸易的破坏，是很严重的
西方殖民主义者的东侵，使世界海上交通贸易发生了新的变化；明清封建王朝对海外交通贸易采取“禁”的政策，阻碍了海外交通事业的发展，倭寇的骚扰，破坏了我国沿海地区的社会经济和对外贸易。这三者都是带有普遍影响的原因。但明清时期泉州港的海外交通之所以从极盛走向衰落，除了上述三个带普遍性的原因之外，还有它的特殊的历史原因，这就是元末明初泉州发生了严重的战乱，以及国内航运条件的变化，影响最为厉害。
泉州地区从汉唐直至元初，基本上没有发生过大规模的、较有破坏性的战乱。这种相对较为稳定的社会环境，有利于社会经济的繁荣和海外交通贸易的发展，但是从元朝末年起，泉州地区遭受了破坏性的连年战乱，这就是元末泉州地区的色目人（泛指西域各国的人们）武装集团的叛乱和混战。
元末农民革命战争爆发之后，元王朝到处招募地主武装以镇压农民军。留居泉州的某些色目人趁机纠集起来，组成了称为“义兵”的武装集团，他们的头目赛甫丁和阿迷里丁，曾被封为“万户”，至正十七年（1357年），赛甫丁和阿迷里丁相继据泉州叛乱。后来，他们被元朝招降，并参与镇压农民起义军：赛甫丁还因“功”被提升为行省参政到了福州。至正二十六年（1366年）赛甫丁又在福州叛乱，被击败后再次“航海还据泉州”。又，至正二十二年，元朝在泉州的总诸蕃互市的那兀纳，也据泉州叛乱。而且这些色目武装集团之间又在泉州互相攻杀，连年混战。直到至正二十六年，效忠元朝的陈友定率领另一支地主武装攻入泉州，才平定色目武装集团的叛乱。元朝灭亡后，陈友定盘据泉州顽抗，“明命汤和讨陈友定，平之。始定泉州府”。这连续十多年的战乱，泉州地区的社会经济遭受了破坏，泉州港的海外交通贸易也无法顺利进行。
广大人民对于充当元朝统治者帮凶的色目人，早就恨之入骨。因此，在反元的起义斗争中，人们对于色目人也加以打击以至驱逐；宋元时来泉州经商以及侨居泉州的海外各国商人，也在被反对之列。加以前述色目武装集团间的连年混战，于是阿拉伯、波斯等国商人，便纷纷离泉归国。这对泉州港的海外交通贸易事业的发展，其破坏也是严重的。
明代，泉州地区不断受到倭寇的侵扰和焚劫，破坏了海外交通贸易的正常开展，已见前述。到了清代，由于满洲贵族对汉族人民的残酷掠夺（如圈地）和杀戮（如屠城），因而激起了汉族人民的普遍反抗。其中以郑成功的海上起义声势最大。清王朝为了镇压这支反抗力量，从顺治四年（1647年）郑成功起兵海上到顺治十八年（1661年）郑成功进兵复台，前后十多年间，清王朝连年对闽南一带用兵，并多次袭击安平，对沿海地区恣意掳掠烧杀。如顺治五年，清兵在同安屠城，一下子就杀了五万多人。当时流传的民谣说是“泥鳅死半途，同安血流沟。嘉禾（即厦门）断人种，安平成平埔（意即被抢光、杀光、烧光）”。特别是上述顺治十八年的下令“迁界”，为祸更烈
明清时期泉州地区先后发生了这些破坏性严重的战乱，对泉州的社会经济和海外交通的破坏极大。这是泉州港在我国海外交通贸易史上地位日趋下降的特殊性的原因。
（五）国内海道航运条件的变化，改变了泉州港在海外交通贸易方面的中转地位
宋元时期泉州港的进出口商品种类繁多，数量浩瀚，是当时世界东方的最大的吐纳港口，就进口的舶货如香料、药物等来说，每艘海舶入港时的运载量总是数以万计的。虽然其中相当部分是作为“贡品”献朝廷或为朝廷的专卖品，但大部份还是作为商品转销到各省去的。而国内各省的外销名产如龙泉青瓷、苏杭丝绸、四川药材等，也大量地先集中到泉州港，然后远销到海外去。可以说，泉州港是中外贸易的主要中转站之一。
作为国内外贸易的大吐纳港，与各省之间的水陆交通运输的畅通，是个重要的条件。福建是个背山面海的省份，全省山地面积约占总面积的四分之三，北有仙霞、西有武夷二大山脉，把福建与浙江，江西和广东三省隔离开来：而戴云山脉则纵贯中部。三大山脉构成了福建丘陵地带。福建的海岸线颇长，又有不少天然港湾。由于地理条件的限制，福建与相邻各省的陆路交通运输，向来都较不畅通；而海上交通历来却较为发达。早在春秋战国时期，居住在这里的越人，就“以船为车，以楫为马”。东汉时期，福建已是我国海上交通的港口之一，“交趾七郡贡献、转运，皆从东冶泛海而至”。三国时的吴国，特在福建设专管造船的建安典船校尉。吴国把犯罪的人送到这里造船。温麻船屯（遗址在今福州闽江口附近）就是当时的大造船场。此后历经两晋、南北朝到隋、唐，福建的海上交通和海外贸易，越来越繁荣。五代以后，泉州港便以刺桐港之名驰誉中外。为了适应日益繁荣的海外交通贸易的需要，历代的统治者——特别是宋、元二代，都注意发展福建的国内海道航运事业。
北宋初期，宋王朝只在广州及两浙路的杭州、明州置市舶司，当时泉州“商人出海外蕃国贩易者”，必须“诣两浙市舶司请给官券”。可见当时福建与两浙间的海上往来必定十分繁忙。到北宋中期，泉州已成为一个“有蕃舶之饶，杂货山积”的海港，元祐二年（1067年）泉州正式置市舶司之后，海外贸易的发展，促使泉州与两浙等北方港口航运的频繁更可想见。南宋吴自牧在《梦梁录》中记述，两浙海商“若欲船泛外国买卖，则自泉州便可出洋”。书中还指出，当时杭州海商“只到台、温、泉、福买卖，未曾过七洲、昆仑等大洋。若有出洋，即从泉州港口至岱屿门，便可放洋过海，泛往外国”。又，建炎间南宋的官员反映说：“自来闽广客船并海南蕃船，转海至镇江府买卖至多”。宋王朝还规定，市舶司“抽解”和“博买”的船货，都必须纲运“上供”。按南宋的规定，泉州市舶纲运到杭州限三月程。南宋的泉州港，既是江浙海商贸迁货物或转海出洋的重要港口，又是闽广纲运上供“蕃货”和中外海商转贩舶货的中转站，国内海道航运自然也就更加繁荣起来。
元王朝在发展海外交通贸易的同时，也很注意发展国内的航运事业，并且逐步形成一套航运管理制度。元世祖“用伯颜之言，岁漕东南粟，由海运以给京师。始自至元二十年（1288年），至于天历、至顺（1328-1333年），由四万石以上增而为三百万石以上……”，海道运粮的迅速增多，表明了航运的发达。至元二十年元王朝就设置“海道运粮万户府”，以“掌每岁海道运粮供给大都”，到了至大四年（1311年），“海漕之利，盖至是博矣”。当时各行省运粮，并根据道程远近，分别规定每石的“脚价钱”。为了加强水陆交通管理，元王朝早就设立“站赤（意即驿传）”制度，规定“凡站，陆以马以牛，或以驴，或以车，而水则以舟……其官有驿令，有提领……”至元十九年四月，诏给扬州、鄂州、泉州等行省每省铺马圣旨（朝廷发给的驿传玺书）五道，同年十月又增给西川、京兆、泉州等省铺马圣旨十道。到至元二十五年，发给福建的铺马圣旨增至二十四道。泉州所给铺马圣旨的增多，就反映了泉州对内航运的发达。至元二十六年，“行泉府所统海船万五千艘……自泉州至杭州立海站十五，站置船五艘，水军二百，专运番夷贡物及商贩奇货”。《经世大典·站赤》也有同样的记载称：“自泉州发舶，上下递接”泉州舶货和外国来使。上述史料表明，元代泉州与各行省间的交往，主要仍是靠海运，经由泉州港进口的大量舶货，主要也是由海道转贩到各地去。
泉州港的对内交通运输既然主要靠海道，因而国内海道航运的发达与否，就直接影响贸易品的运转。宋元时期泉州港国内航运畅通的有利条件，到了明清时期就产生了根本变化：倭寇的骚扰影响了海上交通运输的安全；明王朝的禁海，更使海运事业几乎陷于停滞状态。即使在明王朝取消海禁之后，泉州也只是“仅通琉球”的港口。到了清代，在遭受了“禁海”和“迁界”的浩劫之后，泉州更被限定为只能与国内的鹿港作“对口贸易”。因此，泉州港在中外贸易活动中的中转站的作用，已经消失了。特别是在康熙二十三年（1684年），清王朝在厦门正式设立海关以后，泉州港作为中外贸易的中转站的地位，就让给厦门港了。
以上是从社会历史方面，分析明清时期泉州港海外交通贸易衰落的主要原因。如果从自然地理方面说来，港口（包括河道）的逐渐淤塞，也会影响泉州港海外交通贸易事业的发展的。例如，晋江和洛阳江都携带有大量的陆源碎屑，在顺流入海时不断淤积，特别是在两江汇流入海的后渚、蟳埔一带，更属快速沉积区，每年平均沉积的速度约为4.6毫米。这可以从泉州湾宋代海船出土时海泥堆积的厚度加以说明。从残船体上部——即自海滩表面至船舱上沿，海泥层堆积的厚度为2.10-2.30米，加上船舱内的上层和中层上半部分（因为中层的下半部出土的香料木放置比较规整，少数还捆绑着绳子，所以中层的下半部应是原来堆放货物的高度）海泥堆积层的厚度约为0.9-1.15米，这就是说，七百年间，从海滩表面到船舱内中层上部的沉积厚度达3米以上。由此可见其沉积速度是很快的。此外，“港湾的淤塞，在沿海地区是与新构造活动特征密切相关的。就泉州地区来说，沿海地段的差异性振荡式的缓慢上升活动起主要控制作用”；海岸每年平均约上升1毫米左右。湾相淤积和海岸上升，就更加速了港口的淤塞。不过，港口的淤塞只能说是造成泉州港海外交通衰落的极为次要的原因之一，起决定性的还是社会历史方面的原因。因为，船舶航运频繁，淤积的速度就会缓慢些；而船舶航行次数锐减了，淤积的速度也就加快了。这二者是互为因果的。
总之，由于明清封建王朝对海外交通贸易，采取了“闭关主义”的种种限制；而泉州地区又一再发生前所未有的破坏性的战乱，影响了农业手工业和海外交通的发展；加以国内海道航运条件发生了根本的变化。这三者是来自内部的破坏泉州港海外交通正常发展的原因。加上了西方殖民主义者东侵后，世界海上贸易出现了新的形势；而明代泉州又受了倭寇的不断骚扰和破坏。这二者是来自外部的危害了泉州港海外交通事业继续发展的原因。因此，明清时期泉州港的海外交通贸易就越来越走向衰落，并且先被漳州的月港所取代，以后更让位于厦门港了。其结果是：宋元时期作为世界上最大贸易港之一的泉州港，到了明清时期，就由国际性的贸易大港，逐渐衰落下来，终于变成为一个地区性的港口了。
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