選擇抗真菌藥物時應主要基於以下兩方面考慮：
首先，應儘可能尋找和明確感染部位，積極開展與其相關的臨床合格標本的收集、真菌塗片、培養、真菌G試驗等，以期獲得微生物學證據，一旦明確致病菌即可根據感染部位、感染嚴重程度、患者基礎情況、病原菌種類及其藥敏試驗結果等確定個體化治療方案。
其次，對於嚴重感染患者，在病原菌未明確前，可根據患者所在病區病原菌及其耐藥流行情況，給予經驗性抗真菌治療，一旦明確病原菌，再根據經驗性治療的效果及體外藥敏試驗結果調整給藥方案。
目前國內已上市並常用於治療侵襲性念珠菌病的抗真菌藥物有三唑類藥物（氟康唑、伊曲康唑、伏立康唑、泊沙康唑）、棘白菌素類藥物（卡泊芬淨、米卡芬淨）、多烯類藥物（兩性黴素B及其脂質製劑），以及嘧啶類藥物（氟胞嘧啶）。
皮膚黏膜念珠菌病可局部用藥，全身用藥適用於局部用藥無效以及發生侵襲性念珠菌病時。侵襲性念珠菌病患者應選擇靜脈給藥，必要時可聯合用藥，有指徵時需進行外科手術治療，同時還應對患者全身各器官（特別是腎臟和肝臟）功能障礙程度進行評估和監測，及時調整治療方案。
由於念珠菌菌種和藥敏試驗結果各異，治療藥物選擇和預後也有所不同，因此菌種的鑑定和藥敏試驗十分重要，如克柔念珠菌對氟康唑天然耐藥，葡萄牙念珠菌對兩性黴素B天然耐藥，光滑念珠菌對常用唑類抗真菌藥物敏感性下降，甚至對棘白菌素類藥物耐藥也有報道，耳念珠菌呈多重耐藥。此外，每種抗真菌藥物均有其獨特的理化特性、PK/PD特點，以及不同程度的不良反應，加之許多真菌感染高危患者常合併其他疾病，需要接受多種藥物治療，因此，關注藥物間相互作用也極其重要。同時應積極治療可能存在的基礎疾病，調節機體免疫功能。
根據前述分級診斷，採取相應的抗真菌分級治療策略，包括預防治療（prophylaxis therapy）、經驗性治療（empirical therapy）、診斷驅動治療（preemptivetherapy）和目標治療（targeted therapy），據此選擇相應的治療藥物。
主要針對血液病中易發生侵襲性真菌病的急性髓性白血病和異基因造血幹細胞移植患者。
目前首選藥物為泊沙康唑口服混懸液（高等級，強推薦），其次為伏立康唑、伊曲康唑、米卡芬淨、卡泊芬淨等（ 高等級，中等推薦）。
對於實體器官移植的部分高危患者，也推薦使用抗真菌藥物預防，但移植器官不同，其預防藥物選擇也不盡相同，如肝移植出現腎衰竭需要血液濾過治療、再次肝移植術、暴發性肝衰竭、終末期肝病模型（MELD）評分≥ 30分等患者，其繼發真菌感染以念珠菌感染和麴黴感染為主，藥物選擇除考慮其抗菌活性外，還要考慮其不良反應和藥物相互作用，故主要推薦氟康唑用於念珠菌病高危患者的預防（ 中等級，強推薦），棘白菌素類藥物用於念珠菌和麴黴感染的高危患者預防（ 低等級，弱推薦）。
肺移植高危患者以麴黴感染最為多見，其次為念珠菌感染，主要選用伏立康唑或伊曲康唑預防。小腸或胰腺移植圍術期患者以念珠菌感染多見，對於其高危人群多采用足量氟康唑預防（ 低等級，強推薦）；而普通心臟、腎移植患者通常不需要抗真菌藥物預防（ 低等級，強推薦）。
一般入住ICU患者通常不建議使用常規抗真菌藥物預防（中等級，中等推薦），但對於複發性消化道穿孔、腹部大手術吻合口漏患者可酌情考慮用氟康唑預防。
是指有念珠菌病高危因素患者，已出現感染臨床特徵而採取的抗真菌治療。較多見於血液惡性腫瘤高強度化療或異基因造血幹細胞移植患者，因持續發熱伴粒細胞缺乏，充分抗菌藥物治療無效後給予抗真菌治療，亦稱之為發熱驅動治療。此類患者以麴黴感染最常見，其次為念珠菌感染，藥物選擇主要針對麴黴，同時也需對念珠菌有效，推薦選用棘白菌素類藥物或伏立康唑或兩性黴素B脂質體（ 中等級，強推薦）。
美國國立綜合癌症網絡（NCCN）腫瘤相關感染的臨床實踐指南推薦持續粒細胞缺乏伴發熱患者，如果發現口腔念珠菌病，可早期給予氟康唑經驗性治療[30]（ 中等級，強推薦）。
經驗性治療也可用於非粒細胞缺乏的高危患者，多見於ICU或實體器官移植患者，以念珠菌常見，但有多項臨床研究顯示其療效並不理想，因而歐洲重症與感染學會不建議對這類患者常規推薦經驗性治療（ 低等級，強推薦）。
發熱伴念珠菌病高危因素患者出現血流動力學不穩定時，應在24 h內及時給予棘白菌素類藥物經驗性抗真菌治療（中等級，強推薦）。
是指有念珠菌病高危因素患者出現感染的臨床特徵，並有病原學非確診檢查陽性結果時給予的抗真菌治療（中等級，強推薦）。
診斷驅動治療的目的在於儘早控制感染、降低病死率，但仍可能有部分患者因不是侵襲性真菌病而導致過度抗真菌治療，增加真菌耐藥性和不良反應的發生，且增加醫療費用。目前念珠菌病非確診檢查主要為真菌G試驗，另外，甘露聚糖抗原/抗體檢測、mNGS檢測等病原學檢測方法已在進一步臨床研究中，有望成為新的診斷方法。真菌G試驗結合念珠菌評分和定植指數可顯著提高侵襲性念珠菌病的診斷效率。
對於有念珠菌病高危因素，病情危重患者推薦棘白菌素類藥物治療（中等級，強推薦）；病情相對穩定、近期未使用過唑類藥物或已知氟康唑敏感菌株，可予以足量氟康唑治療（中等級，強推薦）；如為耐藥菌株，可選用伏立康唑或兩性黴素B治療（中等級，強推薦）；抗真菌治療5 d左右應進行初步療效評估（低等級，強推薦）。
侵襲性念珠菌病一旦確診，可根據感染部位、藥敏試驗結果和經驗性或診斷驅動治療的效果選用抗真菌藥物。推薦首選棘白菌素類藥物（高等級，強推薦）。棘白菌素類藥物不常規推薦用於中樞神經系統和泌尿系統念珠菌病，以及念珠菌眼內炎等念珠菌病的治療。
病情相對穩定、近期未使用過唑類藥物或已知氟康唑敏感菌株，也可以考慮使用足量氟康唑治療（高等級，強推薦）；難治性病例也可應用伏立康唑或兩性黴素B。對於近期有使用棘白菌素類藥物治療4周以上者，應警惕發生耐藥的可能（低等級，強推薦）。
抗真菌治療療程通常需結合患者感染的嚴重程度、致病菌種類、耐藥性及臨床療效等因素綜合決定。
以上內容摘自：中國成人念珠菌病診斷與治療專家共識組.中國成人念珠菌病診斷與治療專家共識.中國醫學前沿雜誌（電子版）.2020,12(1):35-50.
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