萬曆親政後的第一樁震撼大事，就是清算改革家張居正，把已故的張居正論罪搞臭還不算。竟還大張旗鼓的抄家：可憐張居正全家老小被圍在宅院裡拷打，十多人在斷水斷糧裡餓死。刑部尚書潘季馴等人憤然上書抨擊，揭開張居正家“飢死數十人”的慘狀，滿朝文武頓時譁然，萬曆皇帝也灰頭土臉，只能下令停止“追贓”，劃出水田供養張居正家老人，算是了結了這樁恩怨。
但對潘季馴的“打臉”，萬曆卻耿耿於懷。了結了張居正案後，萬曆又假模假樣下令，說查查張居正家“飢死數十人”是怎麼回事，心領神會的太監張誠草草查了一番，就上奏說張家只是有兩人上吊。這下萬曆就逮住由頭了，一本正經質問潘季馴：你不是說張居正家死了幾十人嗎？這不才死了兩個嘛，你幾個意思？
這下潘季馴慘了，先被萬曆痛罵，然後又被萬曆授意言官彈劾，天天鬧的不消停。這位明代最傑出水利學家，親手以黃河治理工程撐起中興大業的功臣，先受盡了痛罵，然後扛著“懷無君之心”的罪名，黯然罷官回家。
如此操作秋後算帳，也常被看做萬曆的“帝王心術”。可問題是，身為帝王，聰明勁都用在這方面，換來的，必將是能臣的黯然離去，加劇的逆淘汰。
萬曆親政後，一個常年困擾的難題，就是缺錢。為什麼會缺錢？一大原因，就是萬曆太放飛。
比如剛清算完張居正後，萬曆就“放飛”了一把：當年張居正改革時裁撤掉的大批冗官冗職，萬曆大手一揮全數恢復，從中央到各省，一口氣塞進了大批“白吃飯”崗位。隆慶至萬曆早期十六年“機構精簡”成果付之東流。接著又再接再厲，到萬曆二十年時，硬是又多塞了一百九十二個新官職。曾經高效的大明官僚體制，從此臃腫不堪。
更不難理解，為什麼曾經裝備精良的明軍，到時萬曆晚期卻連火器都無錢維護操練，許多裝備年久失修，白白爛在倉庫裡。待到薩爾滸戰役打響前，好些所謂的“精銳”，連訓練都沒幾次，好些人上戰場前才摸到刀槍……
大明的衰亡，原因很多，繞不開的一條，就是“放飛”外表下，萬曆皇帝的有權任性！
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