1875年4月，清廷敕封时任陕甘总督的左宗棠为钦差大臣，督办新疆军务，平定阿古柏叛乱，收复新疆。经过一年的准备，1876年4月，左宗棠在肃州（今甘肃酒泉）祭旗誓师西征，指挥约七万人左右的清军队伍开始戡乱新疆的系列战役。
早在1873年肃州光复后，左宗棠未雨绸缪，已遣镶黄旗将领金顺和汉人将领张曜所部兵马先行出关。金顺率陕甘八旗兵、绿营兵共四十五营，约四万人。入疆后攻克玛纳斯（今昌吉州玛纳斯县）北城，驻扎济木萨（今吉木萨尔）。张曜率豫军（嵩武军）十四营，约一万人，驻扎哈密从事屯垦，以备军需。
清军出征新疆（美术作品）
肃州誓师，左宗棠即命刘锦棠所率主力部队陆续出关。一部赴哈密和张曜部会合，一部径直西赴古城（今奇台县）驻守。刘锦棠部共二十五营马步兵，计一万七千多人。该部以湘军为主，投诚的陕甘回民队伍为辅，如河州（今甘肃临夏）马占鳌部整编的三旗马队，陕回崔伟部整编的旌善马队。左宗棠又命徐占彪所部蜀军五营兵马约七千人，出兵入疆，屯兵哈密西北部的巴里坤。由此，清军在济木萨及古城、巴里坤和哈密形成三足鼎立态势，遥相呼应，以备出战。
清军入疆驻防及北疆战役示意图
按照左宗棠先取乌鲁木齐，扼守全疆关键的部署。1876年8月，刘锦棠驻古城部移师济木萨和金顺部会合。开始攻击乌鲁木齐外围屏障古牧地（乌鲁木齐市米东区）。清军进驻古牧地以北无人防守的阜康城，见叛军在古牧地层层设堡垒固守，便以远走戈壁绕行乌鲁木齐之计迷惑叛军。待叛军松懈，清军乘夜进攻，拔取层层关卡，攻克古牧地坚城。击毙叛军约六千余人，俘获二百余人。据守乌鲁木齐的阿古柏部下白彦虎、马人得闻讯，留大部人马坚守城池，二人先行带少数随从向东南方向逃窜至托克逊（今吐鲁番市托克逊县）。
刘锦棠根据在古牧地城中缴获的叛军往来书信判断乌鲁木齐兵力空虚，因而乘胜追击。兵至乌鲁木齐迪化城（汉城），清军占领城北居高临下之山岗，架设大炮，猛轰守城叛军。炮火猛烈，敌军死伤严重，无可坚守，弃械宵遁。北山炮台后得美名"一炮成功"。清军因势收复迪化城、巩宁城（满城）和回部起事首领妥明给自己修筑的"王城"。叛军大惧，乌鲁木齐以西昌吉、呼图壁守兵全部弃城逃跑。阿古柏从南疆北上的援军闻听清军势如破竹，不敢再进，驻在达坂城（今乌鲁木齐达坂城区）观望态势。
乌鲁木齐迪化城北“一炮成功”景点
金顺部在刘锦棠入疆前，已克复玛纳斯北城。但南城久而未下。驻塔尔巴哈台（今塔城）的伊犁将军荣全部协助攻击，敌我双方伤亡甚重。1876年11月，刘锦棠派遣十一个营的队伍援助攻城，击毙守城叛军将领。叛军部众出城诈降，被清军全歼。
玛纳斯南城收复后，除俄国占据的伊犁外，北疆全境基本光复。此时，大雪封山，天寒地冻，行军攻战均为不便，敌我双方均进入休整备战状态。
阿古柏乘机召集北疆的散兵游勇汇集至达坂城，会合南疆北上的援军休整。达坂城扼天山南下之路，成为阿古柏防御乌鲁木齐清军南下的第一道防线，由阿古柏的大总管爱伊德尔胡里率兵把守。托克逊则系乌鲁木齐南下必经关口，阿古柏和其次子海古拉亲自带兵据守，是为抵制清军的第二道防线。白彦虎、马人得则被派去坚守吐鲁番，以防哈密清军西进。
1877年4月，春暖冰消，万物复苏。清军即兵分三路出击达坂城、托克逊和吐鲁番，刘锦棠部由乌鲁木齐向东进；张曜部由哈密西进；徐占彪部由巴里坤和古城之间南下。兵贵神速，清军仅仅用了十几天的时间就攻克了这三个进入南疆的战略要地。
清军炮战图（美术作品）
大约冬季过得太久，几个月不见清军动静，叛军从达坂城外湖泊中引水环绕城池作为护城河，松懈无备，高枕无忧。清军深夜涉水过河云集城下。天亮叛军才发现被包围，惊慌失措在城墙上乱发枪炮射击，不成章法。清军一面重炮猛弹攻城，一面派人阻断其外援。有炮弹击中城中火药房，烟火冲天。叛军弹尽，开东门潜逃未果，死伤无数，大总管爱伊德尔胡里以下一千二百余人束手就擒。
阿古柏闻达坂城失守，遂带其子海古拉先行逃窜。留守城池余部则四处抢掠人畜资财，裹挟群众准备南逃。刘锦棠部火速围追堵截，至托克逊城下与叛军展开白刃战，号鼓齐鸣，杀声震天，血溅三尺，尸骨遍野。叛军力不能敌，举火自焚粮食弹药，绝尘而去。
徐占彪、张曜部兵临吐鲁番，叛军在城外十余里列阵对抗。清军步兵正面挺进冲锋敌阵，骑兵两面包抄合围砍杀。叛军阵乱，纷纷溃逃。清军追至城下，城内叛军倾巢出动，拼死力战清军。先前溃散叛军亦掉头助力攻击清军。敌我酣战难分难解时，刘锦棠派出的援兵马步兵六营长途奔袭而至，清军里外夹击，大败叛军，收复吐鲁番。白彦虎先行逃窜，马人得率部万余人跪地投降。
阿古柏从托克逊南逃至喀喇沙尔（今焉耆），1877年5月身死此地。据分析可能死于服毒、他人投毒或中风等几种原因。还有英国人的资料说阿古柏酒后和部下打架，不幸被打死了。为夺王权，阿古柏长子伯克胡里戕杀其兄弟海古拉，携阿古柏尸身西去喀什噶尔（今喀什）将其埋葬。
远赴新疆的粮饷运输队伍
吐鲁番收复后，南疆门户洞开。清军休整队伍，筹措秋粮。1877年9月，刘锦棠部雄狮南指，开赴南疆。张曜部随后跟进。徐占彪部则返回巴里坤和古城驻防。由于收复的乌鲁木齐、昌吉、呼图壁、玛纳斯、达坂城、托克逊等各地各城均派兵遣将驻防，清军南下的队伍大约只有两万人左右。
白彦虎为阻清军南下，筑坝蓄水，使焉耆城外的开都河蔓延数百里。10月，刘锦棠部长途绕行一百多里，兵临焉耆。白彦虎虏掠百姓西窜，焉耆不战而复。但城中水深数尺，房屋尽毁。刘部西进追击，收复库尔勒。但一如焉耆，城内空无一人。更向西，行进九百余里，攻克库车。沿途收容难民群众十余万，交后勤部队妥善安置。南疆各族群众久受阿古柏肆虐，闻清军南下，"箪食壶浆，以迎王师"。清军由库车再西进，白彦虎收拢回军及阿古柏残部殊死抵抗，结果大败，遗尸遍野而逃。
清军穿越沙漠西进阿克苏，回部十万余众开城投降。阿古柏残部向西南叶尔羌（今莎车）逃匿，白彦虎则西遁乌什（今乌什县）。由于左宗棠指示务必抓获阿古柏和白彦虎，现阿古柏已死，白彦虎则成了重点目标。清军舍阿古柏残部，集中兵力追击白彦虎部，攻克乌什。白彦虎脱逃，重金贿赂俄国边境守军，由俄境窜出，又南下通过浩罕国境，进入南疆境内，返回喀什噶尔。至此，南疆焉耆、库车、阿克苏和乌什等南疆东四城全部收复。
清军南疆进军路线图
清军一路南下挺进，和阗阿古柏伪政权伯克（地方官员）尼牙斯召集部众，攻取叶尔羌策应清军。阿古柏长子伯克胡里率兵驰援叶尔羌，攻打尼牙斯队伍。在喀什噶尔投降阿古柏的原清军守备何步云乘机率部反正，宣布效忠清廷。何步云算是个投机分子！阿古柏昔年攻打喀什噶尔汉城时，其率部投降。带领手下三千多名士兵皈依伊教，并把女儿嫁给阿古柏。因而得到重用，被阿古柏委任为守护喀什噶尔回城的将领。
伯克胡里击溃尼牙斯，复占和阗后率部回师。闻听何步云反叛，迁怒于行军途中英吉沙尔（今英吉沙县）群众，将该城汉人尽行屠戮。又命返回喀什噶尔的白彦虎集中喀什噶尔所有兵力攻打何步云。何步云苦不堪言，派人北上求救于清军。
12月，刘锦棠部兵分两路抵喀什噶尔汉城，一路驻城北，一路驻城东。喀什噶尔汉城则由伯克胡里守卫城池东北，白彦虎守城东。清军未攻，叛军军心已乱，相继弃械逃窜，杀一儆百也无力控制。伯克胡里和白彦虎密谋留死党据城顽抗牵制清军，两人先行出逃。是夜，二人城中纵火制造混乱，乘机逃出。两路清军合围攻城，何步云率部下助战，叛军溃散四窜，清军顺利攻克喀什噶尔汉城。清军遣兵分路追击伯克胡里和白彦虎，但两人凭借地形熟悉，先后潜入俄境。阿古柏之妻及四个小儿子、白彦虎部下一千余人被清军俘获。嗣后清政府屡次与俄国交涉要求引渡该两人回国，但被俄国政府拒绝。
刘锦棠兵进喀什噶尔时，同时派另一部进军叶尔羌。喀什噶尔光复当月，叶尔羌和英吉沙尔顺利收复。1878年1月，收复和阗。南疆西四城遂告平定。
清军收复新疆进军路线示意图（先北后南）
左宗棠"缓进急战，先北后南"的战略方针在新疆戡乱中效果显著。自1875年受命西征，经过一年的饷银、粮草、部队和武器等方方面面的筹划准备，于1876年4月正式调兵遣将出征。8月开始作战，历时一年零四个月，即收复新疆全境（伊犁除外），这还没有扣除攻取吐鲁番之前近六个月的冬季休整期以及进入南疆之前筹备秋粮的四个月休整期。按照作战时间来算，平定天山北路，历时约一百一十天；平定吐鲁番历时约十三天；平定南疆东四城，历时约四十二天；平定西四城，历时约五十天。
左宗棠新疆戡乱的过程，称之以"闪电战"，名副其实。1878年，外国人办的报纸评论左宗棠收复新疆的战役时说，"平时欧人轻料中国，谓中国人不能用兵，今观中国之恢复回部（新疆），足令吾欧人一清醒也。"
左宗棠塑像
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