1875年4月，清廷敕封時任陝甘總督的左宗棠為欽差大臣，督辦新疆軍務，平定阿古柏叛亂，收復新疆。經過一年的準備，1876年4月，左宗棠在肅州（今甘肅酒泉）祭旗誓師西征，指揮約七萬人左右的清軍隊伍開始戡亂新疆的系列戰役。
早在1873年肅州光復後，左宗棠未雨綢繆，已遣鑲黃旗將領金順和漢人將領張曜所部兵馬先行出關。金順率陝甘八旗兵、綠營兵共四十五營，約四萬人。入疆後攻克瑪納斯（今昌吉州瑪納斯縣）北城，駐紮濟木薩（今吉木薩爾）。張曜率豫軍（嵩武軍）十四營，約一萬人，駐紮哈密從事屯墾，以備軍需。
清軍出征新疆（美術作品）
肅州誓師，左宗棠即命劉錦棠所率主力部隊陸續出關。一部赴哈密和張曜部會合，一部徑直西赴古城（今奇臺縣）駐守。劉錦棠部共二十五營馬步兵，計一萬七千多人。該部以湘軍為主，投誠的陝甘回民隊伍為輔，如河州（今甘肅臨夏）馬佔鰲部整編的三旗馬隊，陝回崔偉部整編的旌善馬隊。左宗棠又命徐佔彪所部蜀軍五營兵馬約七千人，出兵入疆，屯兵哈密西北部的巴里坤。由此，清軍在濟木薩及古城、巴里坤和哈密形成三足鼎立態勢，遙相呼應，以備出戰。
清軍入疆駐防及北疆戰役示意圖
按照左宗棠先取烏魯木齊，扼守全疆關鍵的部署。1876年8月，劉錦棠駐古城部移師濟木薩和金順部會合。開始攻擊烏魯木齊外圍屏障古牧地（烏魯木齊市米東區）。清軍進駐古牧地以北無人防守的阜康城，見叛軍在古牧地層層設堡壘固守，便以遠走戈壁繞行烏魯木齊之計迷惑叛軍。待叛軍鬆懈，清軍乘夜進攻，拔取層層關卡，攻克古牧地堅城。擊斃叛軍約六千餘人，俘獲二百餘人。據守烏魯木齊的阿古柏部下白彥虎、馬人得聞訊，留大部人馬堅守城池，二人先行帶少數隨從向東南方向逃竄至托克遜（今吐魯番市托克遜縣）。
劉錦棠根據在古牧地城中繳獲的叛軍往來書信判斷烏魯木齊兵力空虛，因而乘勝追擊。兵至烏魯木齊迪化城（漢城），清軍佔領城北居高臨下之山崗，架設大炮，猛轟守城叛軍。炮火猛烈，敵軍死傷嚴重，無可堅守，棄械宵遁。北山炮臺後得美名"一炮成功"。清軍因勢收復迪化城、鞏寧城（滿城）和回部起事首領妥明給自己修築的"王城"。叛軍大懼，烏魯木齊以西昌吉、呼圖壁守兵全部棄城逃跑。阿古柏從南疆北上的援軍聞聽清軍勢如破竹，不敢再進，駐在達坂城（今烏魯木齊達坂城區）觀望態勢。
烏魯木齊迪化城北“一炮成功”景點
金順部在劉錦棠入疆前，已克復瑪納斯北城。但南城久而未下。駐塔爾巴哈臺（今塔城）的伊犁將軍榮全部協助攻擊，敵我雙方傷亡甚重。1876年11月，劉錦棠派遣十一個營的隊伍援助攻城，擊斃守城叛軍將領。叛軍部眾出城詐降，被清軍全殲。
瑪納斯南城收復後，除俄國佔據的伊犁外，北疆全境基本光復。此時，大雪封山，天寒地凍，行軍攻戰均為不便，敵我雙方均進入休整備戰狀態。
阿古柏乘機召集北疆的散兵遊勇彙集至達坂城，會合南疆北上的援軍休整。達坂城扼天山南下之路，成為阿古柏防禦烏魯木齊清軍南下的第一道防線，由阿古柏的大總管愛伊德爾胡裡率兵把守。托克遜則系烏魯木齊南下必經關口，阿古柏和其次子海古拉親自帶兵據守，是為抵制清軍的第二道防線。白彥虎、馬人得則被派去堅守吐魯番，以防哈密清軍西進。
1877年4月，春暖冰消，萬物復甦。清軍即兵分三路出擊達坂城、托克遜和吐魯番，劉錦棠部由烏魯木齊向東進；張曜部由哈密西進；徐佔彪部由巴里坤和古城之間南下。兵貴神速，清軍僅僅用了十幾天的時間就攻克了這三個進入南疆的戰略要地。
清軍炮戰圖（美術作品）
大約冬季過得太久，幾個月不見清軍動靜，叛軍從達坂城外湖泊中引水環繞城池作為護城河，鬆懈無備，高枕無憂。清軍深夜涉水過河雲集城下。天亮叛軍才發現被包圍，驚慌失措在城牆上亂髮槍炮射擊，不成章法。清軍一面重炮猛彈攻城，一面派人阻斷其外援。有炮彈擊中城中火藥房，煙火沖天。叛軍彈盡，開東門潛逃未果，死傷無數，大總管愛伊德爾胡裡以下一千二百餘人束手就擒。
阿古柏聞達坂城失守，遂帶其子海古拉先行逃竄。留守城池餘部則四處搶掠人畜資財，裹挾群眾準備南逃。劉錦棠部火速圍追堵截，至托克遜城下與叛軍展開白刃戰，號鼓齊鳴，殺聲震天，血濺三尺，屍骨遍野。叛軍力不能敵，舉火自焚糧食彈藥，絕塵而去。
徐佔彪、張曜部兵臨吐魯番，叛軍在城外十餘里列陣對抗。清軍步兵正面挺進衝鋒敵陣，騎兵兩面包抄合圍砍殺。叛軍陣亂，紛紛潰逃。清軍追至城下，城內叛軍傾巢出動，拼死力戰清軍。先前潰散叛軍亦掉頭助力攻擊清軍。敵我酣戰難分難解時，劉錦棠派出的援兵馬步兵六營長途奔襲而至，清軍裡外夾擊，大敗叛軍，收復吐魯番。白彥虎先行逃竄，馬人得率部萬餘人跪地投降。
阿古柏從托克遜南逃至喀喇沙爾（今焉耆），1877年5月身死此地。據分析可能死於服毒、他人投毒或中風等幾種原因。還有英國人的資料說阿古柏酒後和部下打架，不幸被打死了。為奪王權，阿古柏長子伯克胡裡戕殺其兄弟海古拉，攜阿古柏屍身西去喀什噶爾（今喀什）將其埋葬。
遠赴新疆的糧餉運輸隊伍
吐魯番收復後，南疆門戶洞開。清軍休整隊伍，籌措秋糧。1877年9月，劉錦棠部雄獅南指，開赴南疆。張曜部隨後跟進。徐佔彪部則返回巴里坤和古城駐防。由於收復的烏魯木齊、昌吉、呼圖壁、瑪納斯、達坂城、托克遜等各地各城均派兵遣將駐防，清軍南下的隊伍大約只有兩萬人左右。
白彥虎為阻清軍南下，築壩蓄水，使焉耆城外的開都河蔓延數百里。10月，劉錦棠部長途繞行一百多里，兵臨焉耆。白彥虎虜掠百姓西竄，焉耆不戰而復。但城中水深數尺，房屋盡毀。劉部西進追擊，收復庫爾勒。但一如焉耆，城內空無一人。更向西，行進九百餘里，攻克庫車。沿途收容難民群眾十餘萬，交後勤部隊妥善安置。南疆各族群眾久受阿古柏肆虐，聞清軍南下，"簞食壺漿，以迎王師"。清軍由庫車再西進，白彥虎收攏回軍及阿古柏殘部殊死抵抗，結果大敗，遺屍遍野而逃。
清軍穿越沙漠西進阿克蘇，回部十萬餘眾開城投降。阿古柏殘部向西南葉爾羌（今莎車）逃匿，白彥虎則西遁烏什（今烏什縣）。由於左宗棠指示務必抓獲阿古柏和白彥虎，現阿古柏已死，白彥虎則成了重點目標。清軍舍阿古柏殘部，集中兵力追擊白彥虎部，攻克烏什。白彥虎脫逃，重金賄賂俄國邊境守軍，由俄境竄出，又南下通過浩罕國境，進入南疆境內，返回喀什噶爾。至此，南疆焉耆、庫車、阿克蘇和烏什等南疆東四城全部收復。
清軍南疆進軍路線圖
清軍一路南下挺進，和闐阿古柏偽政權伯克（地方官員）尼牙斯召集部眾，攻取葉爾羌策應清軍。阿古柏長子伯克胡裡率兵馳援葉爾羌，攻打尼牙斯隊伍。在喀什噶爾投降阿古柏的原清軍守備何步雲乘機率部反正，宣佈效忠清廷。何步雲算是個投機分子！阿古柏昔年攻打喀什噶爾漢城時，其率部投降。帶領手下三千多名士兵皈依伊教，並把女兒嫁給阿古柏。因而得到重用，被阿古柏委任為守護喀什噶爾回城的將領。
伯克胡裡擊潰尼牙斯，復佔和闐後率部回師。聞聽何步雲反叛，遷怒於行軍途中英吉沙爾（今英吉沙縣）群眾，將該城漢人盡行屠戮。又命返回喀什噶爾的白彥虎集中喀什噶爾所有兵力攻打何步雲。何步雲苦不堪言，派人北上求救於清軍。
12月，劉錦棠部兵分兩路抵喀什噶爾漢城，一路駐城北，一路駐城東。喀什噶爾漢城則由伯克胡裡守衛城池東北，白彥虎守城東。清軍未攻，叛軍軍心已亂，相繼棄械逃竄，殺一儆百也無力控制。伯克胡裡和白彥虎密謀留死黨據城頑抗牽制清軍，兩人先行出逃。是夜，二人城中縱火製造混亂，乘機逃出。兩路清軍合圍攻城，何步雲率部下助戰，叛軍潰散四竄，清軍順利攻克喀什噶爾漢城。清軍遣兵分路追擊伯克胡裡和白彥虎，但兩人憑藉地形熟悉，先後潛入俄境。阿古柏之妻及四個小兒子、白彥虎部下一千餘人被清軍俘獲。嗣後清政府屢次與俄國交涉要求引渡該兩人回國，但被俄國政府拒絕。
劉錦棠兵進喀什噶爾時，同時派另一部進軍葉爾羌。喀什噶爾光復當月，葉爾羌和英吉沙爾順利收復。1878年1月，收復和闐。南疆西四城遂告平定。
清軍收復新疆進軍路線示意圖（先北後南）
左宗棠"緩進急戰，先北後南"的戰略方針在新疆戡亂中效果顯著。自1875年受命西征，經過一年的餉銀、糧草、部隊和武器等方方面面的籌劃準備，於1876年4月正式調兵遣將出徵。8月開始作戰，歷時一年零四個月，即收復新疆全境（伊犁除外），這還沒有扣除攻取吐魯番之前近六個月的冬季休整期以及進入南疆之前籌備秋糧的四個月休整期。按照作戰時間來算，平定天山北路，歷時約一百一十天；平定吐魯番歷時約十三天；平定南疆東四城，歷時約四十二天；平定西四城，歷時約五十天。
左宗棠新疆戡亂的過程，稱之以"閃電戰"，名副其實。1878年，外國人辦的報紙評論左宗棠收復新疆的戰役時說，"平時歐人輕料中國，謂中國人不能用兵，今觀中國之恢復回部（新疆），足令吾歐人一清醒也。"
左宗棠塑像
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