在2019年UEG週上發表的一項新研究報告說，18種常用藥物類別廣泛影響腸道微生物組的分類結構和代謝潛能。在研究參與者中還發現了八類藥物可增強抗菌素耐藥性機制。
格羅寧根大學醫學中心和馬斯特裡赫特大學醫學中心的研究人員研究了41種常用藥物類別，並評估了以人群為基礎的隊列，IBD患者和IBS患者與健康對照人群混合的1883個糞便樣本。研究人員比較了吸毒者的分類學和代謝功能配置文件，以非吸毒者，看著單一用藥的效果，然後合併用藥。觀察到的變化可能會增加腸道感染，肥胖以及與腸道微生物組有關的其他嚴重狀況和疾病的風險。
腸道菌群是生活在腸道中的微生物種群。它包含數十萬億種微生物，其中包括至少1000種不同的已知細菌。人體腸道菌群的數量受許多不同因素的影響，包括藥物治療。在過去的15年中，微生物組受到了越來越多的關注，許多研究報告了不僅在肥胖，糖尿病和肝病以及癌症和神經退行性疾病期間腸道菌群的變化。
發現有對微生物影響最大的藥物類別包括：
- 質子泵抑制劑（PPI）—用於治療消化不良，影響歐洲人口的11％至24％。PPI還用於治療消化性潰瘍， 幽門螺桿菌根除，胃反流和Barrett食道。
- 二甲雙胍-用於治療2型糖尿病，影響10％的歐洲成年人
- 抗生素-用於治療細菌感染，每年歐洲34％的人口服用抗生素
- 瀉藥-用於治療和預防便秘，影響17％的歐洲成年人
PPI使用者的腸道菌群顯示出上消化道細菌的數量增加，脂肪酸產生增加，而二甲雙胍使用者的潛在有害細菌大腸埃希氏菌（E. coli）水平更高。
研究人員還發現，具有附加的七個藥物類別均與在腸道中的細菌種群顯著變化有關。患有IBS的人使用某些抗抑鬱藥（稱為SSRIs）與大量潛在有害細菌物種Euillus ramulus有關。口服類固醇的使用與高產甲烷菌有關，而肥胖與BMI升高有關。
首席研究員Arnau Vich Vila在評論中說：“我們已經知道某些藥物的效率和毒性受胃腸道細菌組成的影響，並且腸道菌群與多種健康狀況有關；因此，至關重要了解哪些是腸道微生物藥物使用的後果。我們的工作突出考慮腸道的作用的重要性菌群設計治療和還指出，新的假說可以解釋與用藥相關的某些副作用時。”
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