美国独立战争结束时，虚弱的美国中央政府急于解决债务和经济萧条问题，而同时又没有能力征税。因而，国会视美国海军为奢侈品，命令其解散。至1785年，所有的美国战舰都被卖掉或挪作他用。
美国海军的官兵们只好从事商船上的职业，但他们很快发现，赢得独立的同时，他们失去了以前作为英国臣民所享受的特权。美国人无法在英属的殖民地进行贸易，同时英国也限制了从美国进口原材料的数量。
十八世纪，摩洛哥、阿尔及尔、突尼斯和的黎波里均受奥斯曼帝国控制。对他们来说，俘获的船只、俘虏的赎金和贡金是主要的收入来源。航海国家通过交纳贡金可以使其商船免遭袭击。甚至连有足够强大海军能摧毁这些强盗老巢的英国、法国和荷兰也根据要求支付保护费，一方面是因为这样做比护航或交战更合算些，另一方面是因为这一制度阻碍了贸易竞争对手。那些穷得付不起钱和没有力量报复的国家的商船一进入这些海盗出没的水域往往是凶多吉少的。
1784年，摩洛哥人俘获了一艘美国船。次年，阿尔及利亚人又俘获两艘，并使全体船员沦为奴隶。因此在海盗的威胁下，美国商人强烈希望自己国家建立一支海军，来保护他们的商业利益。在政府中又分为两派，一派是以华盛顿总统的财政部长亚历山大·汉密尔顿领导的、主要代表东北部商界利益的联邦党人。他们愿意也急于利用武装力量保护其赚钱的买卖。另一派是与联邦党人相对立的是代表南方和内地手工业工人和地主的利益、由国务卿托马斯·杰斐逊领导的共和党人。对他们来说，海军是耗资巨大的工程。另外，他们争辩说，建立海军将意味着向全国征税，而获利的却是新英格兰的商人和货主们。
尽管两派意见截然分歧，国会内外争论激烈，但是还是在争吵中规定了《海军法》，这部法规规定购买或建造6艘快速帆船。虽说大多数联邦党人看来，这部法规是不够理想的，但它毕竟建立了美国海军。
最终在实际操作中，美国国会容许自建3艘“快速帆船”，1797年“美国”号(44门炮)、“星宿”号(36门炮)和“宪法”号(44门炮)投入海军服役。
法国大革命开始后，英国急于干涉法国革命，因此越来越依赖于美国的粮食和海运业来养活本土的人民和殖民地。1797年，英美两国签订《杰伊条约》，条约中英国调整了他们之间的海事关系，英美关系趋于缓和。
法国在大革命开始后，同样急需进口美国的粮食和原料，因此对于英美两国的《杰伊条约》非常愤怒。法国督政府允许法国私掠船抢劫美国商船。在1797年这一年中，法国就扣押了300多艘美国商船。
而美国为了中立于英法之间的战争，曾派出外交代表与法国政府商谈法国版的“杰伊条约”，但是因为法国外长的私自索贿行为，激怒了美国人，美国民众听说后提出了“宁愿花几百万元进行防御，也不进贡一分钱”的口号。
正因为这一外交事件，却促成了海军的建设，在1798年国会批准完成已经停工的“总统”号(44门炮)、“国会”号(36门炮)和“切萨皮克”号(36门炮)。美国海军达到了6艘满编的要求。在1798年7月，国会为了报复法国批准了美国战舰或私掠船可以在公海上扣押和夺取法国的任何船只。于是，美国投入到一场有限的未经宣战的战争：对法国的准战争。
在1798年到1800年三年间，美国战舰打败了对手，俘获了80多艘法国舰船，有说服力地向世界证明美国海军是一支需要认真对付的力量。在1800年的总统大选中杰斐逊和他的共和党人接管了政府，并在国会赢得多数席位，之后就宣布停止战争，美法之间的三年对抗就此结束了。
上台后的共和党人，以战争结束为由，将海军裁减到平时编制，除了“企业”号和13艘快速帆船以外，所有的美国战舰都被卖掉。海军军官也相应减编，保留现役的军官薪水则明显减少。当人们以为美国海军就此会销声匿迹之时，北非海盗国家的要求和傲慢态度再次挽救了海军。
1801年的黎波里和突尼斯的统治者要求增加贡金。当美国快速帆船“乔治·华盛顿”号到达阿尔及尔交纳岁贡，位于阿尔及利亚炮台的大炮之下时，奥斯曼帝国官员强迫它暂时加入自己的部队。同时由于 的黎波里帕夏没有得到所要求增加的贡金，于是命令士兵砍倒美国领事馆的旗杆，以这种北非海盗惯用的方式宣布交战。
共和党人总统杰斐逊明白，这此得寸进尺的要求会越来越大，为了保护美国海运业，他于1801年春向地中海派了一个海军分舰队，由五艘战舰组成。同时征得英国总督的批准，可以在直布罗陀建立停泊基地。
1801年7月，装备12门炮的“企业”号与海盗船、装备14门炮的“的黎波里”号遭遇。经过3小时的交战，“的黎波里”号失去了抵抗力，海盗们请求宽恕。他们中20人被击毙、30人受伤。幸运的“企业”号无一人伤亡，船体和索具也未受损害。舰长安德鲁·斯特里特上尉无权收缴战利品，他仅给“的黎波里”号留下一根桅杆一张帆，任其在海上漂流。
1802年美国政府命莫里斯率领5艘快速帆船和几艘小点的舰到达地中海，准备封锁的黎波里。但是莫里斯行动不力，在年末被杰斐逊总统撤了职务。
1803年美国第三次派往地中海的海军分舰队仅有两艘快速帆船：“宪法”号和“费城”号。来支援之前的美国舰队。在与地中海的舰队汇合后，与的黎波里经过长达一年的海战，最终的黎波里帕夏主动提出只要15万美元赎金，以后再不要贡金。但是被舰队指挥拒绝，在经过了一年多的战争之后，帕夏终于投降了。
美国独立战争十年之后，为保护美国扩展海上贸易，美国海军诞生了。但是美国海军的诞生主要是为了保护美国商船和船员免遭北非海盗船劫掠。但是英法之间战争的爆发及各自封锁美国与另一方贸易的战争直接证明了建立美国海军是正确的。
然而共和党人的政策还是使海军受到损害，但是美国海军保留了两方面的优势：第一，美国海军舰船是世界同型舰中最好的，如著名的“宪法”级快速帆船；第二，拥有一支训练有素的军官队伍，他们满怀职业理想。这些优势使是美国历史上最值得纪念的一页。
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