甲午之前，經過三十年洋務的積澱，清朝海軍的規模，一度達到亞洲第一、世界第四，然而，中日海戰中，大清海軍的精華——北洋艦隊，幾乎一夜之間就灰飛煙滅。威海戰敗後，一度聲勢煌煌的北洋水師就僅存“康濟”一艘練習艦而已，朝中清議者紛紛以慘敗來彈劾、斥責以李鴻章為首的洋務派怯戰畏敵、誤國賣國。輿論壓力下，清政府不僅將總理海軍事務衙門及海軍內外學堂全部停撤，而且其後將北洋海軍的武職實缺，自提督以下至外委計315名，也概行裁撤，士兵被一律遣返。
無論如何，那都是大清海軍最早培養出的一批現代海軍人才，他們或戰亡或自殺殉國，倖存者中，葉祖珪待罪天津。多數史料裡，邱寶仁、林國祥不知所向。薩鎮冰回到原籍福州，當時他父母已逝，薩夫人陳氏不久後也去世，37歲的薩鎮冰從此孑然一人。史料記載薩鎮冰為官清廉，不蓄私產，此時竟囊空如洗，處境悲慘，連兩個子女也無法撫養，只能在城內應縉紳之聘，教授各子弟西學，以維持家計。
這一切的一切，都預示著大清帝國似乎沒有近代海軍了，但事實並非如此。從甲午戰敗時起，到1898年年末，三年多的時間內，清政府一口氣從國外購買各種艦艇23艘。大清海軍在湖廣總督張之洞、兩江總督劉坤一、新疆巡撫陶模等有識之士的努力下，在艱難中復建。1896年，清政府決定重建北洋海軍，由總理衙門負責海軍建設，後來又在陸軍部設海軍處。
海圻艦全體船員
1896年5月總理衙門指定許景澄向德國訂購的3艘穹甲巡洋艦中的最後一艘“海琛”號軍艦北上駛抵大沽，海琛是最後來華的一艘，此後一直是清末主力艦之一。照片中的“海琛”號官兵陣容齊整，軍服規範，顯然已是一支現代軍隊。另外兩艘“海容”、“海籌”已分別先期駛抵大沽。3艘軍艦排水量均為2950噸，航速大於20節，功率7500匹馬力。火力系統包括克虜佰式150毫米口徑炮3門，105毫米口徑炮8門，60毫米口徑炮2門，魚雷發射管1個。
1897年夏天，在英國訂購的“海天”、“海圻”號巡洋艦到達大沽。外形看這兩艦有點像日本巡洋艦“吉野”號，排水量4300噸，功率17000匹馬力，航速24節。配有阿姆斯特朗式8英寸口徑炮2門，4.7英寸口徑炮10門，47毫米口徑炮12門，37毫米口徑炮4門，魚雷發射管5個。按期到達我國的還有德國實碩廠製造的“海龍”、“海青”、“海華”、“海犀”號魚雷艇。5艘巡洋艦、4艘魚雷艇，使重興海軍的實力猛增了18000餘噸。尤其“海天”、“海圻”屬於二等巡洋艦，是我國近代海軍史上，僅次於“定遠”、“鎮遠”的大噸位軍艦，對於復興海軍，能夠起到核心力量的作用。
海圻
至此北洋水師的主力作戰艦艇包括巡洋艦“海天”號、“海圻”號、“海容”號、“海琛”號、“海籌”號，魚雷炮艦“飛霆”號、“飛鷹”號，驅逐艦“海龍”號、“海青”號、“海驊”號、“海犀”號。
在1900年的八國聯軍侵華戰爭中，北洋水師置身事外，參加“東南互保”協議。4艘海龍級驅逐艦因維修留在船廠，未參加“東南互保”，在打退敵多次進攻後，被八國聯軍俘獲。
1909年，清廷海軍部整編全國海軍，將能夠出海作戰的艦艇編為巡洋艦隊，內河作戰艦艇編為長江艦隊。北洋水師各艦被編入巡洋艦隊。
清帝遜位後，巡洋艦隊更名為海軍第一艦隊。“護法運動”期間，第一艦隊部分主力艦脫離北京政府，南下廣東參加護法，成立護法艦隊。“護法運動”失敗後，護法艦隊主力北上投靠軍閥張宗昌，編為渤海艦隊，留在廣東的小型艦艇編入廣東海軍。渤海艦隊之後被奉系軍閥張作霖併吞，編入東北海軍，取得過對南京政府海軍的幾次勝利，東北易幟後改稱海軍第三艦隊。
“九一八事變”後，第三艦隊主力被迫寄居青島，因籌餉問題爆發“嶗山事件”，巡洋艦“海圻”號、“海琛”號，訓練巡洋艦“肇和”號南下廣東，投靠軍閥陳濟棠，組成粵海艦隊。不久，因陳濟棠對粵海艦隊的打壓，“海圻”號、“海琛”號兩艦叛離陳濟棠，被南京政府收編，“肇和”號之後同其餘廣東海軍艦艇一起被改編為海軍第四艦隊。留在山東的原東北海軍艦艇，在抗戰中全部自沉。
當初沒有南下參加“護法運動”的部分第一艦隊艦艇，於1927年改編為南京政府海軍第一艦隊。
全面抗戰爆發後，第一艦隊在損失全部大型艦艇後，艦隊人員帶著拆卸下來的艦上武器沿長江西撤，在田家鎮、石牌等要塞佈防阻擊日軍。抗戰勝利後，原第一艦隊遺留人員和原汪偽海軍人員合併為海防艦隊，後因軍艦數量增多，拆分為海防第一艦隊和海防第二艦隊。
1949年4月23日，海防第二艦隊部分軍艦在南京笆斗山附近江面起義，加入人民解放軍，最終編入華東軍區海軍，成為人民海軍的一部分。海防第一艦隊和部分海防第二艦隊艦艇則隨蔣介石集團逃往臺灣。
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