咸豐十年（1860年）英法聯軍入侵北京，《永樂大典》慘遭浩劫，部分毀於戰火，部分被搶，到光緒元年（1875年）時，存本已不到5000冊。光緒二十年，只剩下800餘冊。光緒二十六年，殘存的《永樂大典》在八國聯軍侵華戰爭中被肆意踐踏。到京師圖書館接收《永樂大典》時，到館的存本僅有60餘冊了。對此，《京華時報》曾刊登潘珊菊的文章透露，1954年蘇聯國立列寧圖書館送還中國《永樂大典》52冊。
“今由我國中央人民政府外交部轉來貴館惠贈《永樂大典》52冊，敬已如數點收入藏。貴館這一慷慨無私的贈送，生動表明中蘇兩國人民兄弟的偉大友誼日益深厚。”這是《中國與蘇聯關係文獻彙編》中記載的1954年7月8日，時任北京圖書館(現中國國家圖書館)館長馮仲雲就《永樂大典》一事致蘇聯國立列寧圖書館館長的一封感謝信，這也是這一歷史事件首次出現在該類重要的歷史文獻之中。
1954年，蘇聯國立列寧圖書館又送還中國52冊，而在此前後，多國相繼將這一中國國寶歸還中國。
《永樂大典》作為國家圖書館的四大專藏，收藏《永樂大典》已歷經百年，通過海外送還、政府撥交、藏家捐贈、員工訪求等途徑進行入藏。最近一次第222冊的入藏是在2013年。
館長在蘇聯發現《永樂大典》下落
根據時任蘇聯對外文化協會駐北京代理全權代表索科洛夫的個人日誌透露，時任北京圖書館副館長、俄文部部長張全新曾經看過列寧圖書館的館藏目錄，上面記有該館藏有中國《永樂大典》52冊。得到這一情況後，張全新立刻將這一信息報回國內。
北京圖書館館長馮仲雲在談話中與索科洛夫說，這些書冊以前藏在大連的日本圖書館。顯然，1945年日本投降後，蘇聯當局把它們作為敵產沒收了。中方非常樂意用北京圖書館珍藏的有歷史價值的其他圖書來換取這些《永樂大典》。
馮仲雲強調，他並非正式提出交換或歸還這些百科全書問題，而是請求把這個問題報告蘇聯方面。
1951年，蘇聯列寧格勒大學東方系將11冊大典贈還中國政府。文化部接收後即撥交當時的北京圖書館。
為紀念這一舉動，北京圖書館舉辦了一次《永樂大典》展覽，展覽極大地激發了各界群眾的愛國熱情。一些愛國人士和藏書單位紛紛將自己收藏的《永樂大典》交由北圖集中收藏。馮仲雲告訴索科洛夫，北京圖書館正打算把所有散落在中國和其他國家的中國古典百科全書《永樂大典》漸漸地收回來。
此後在1954年，蘇聯國立列寧圖書館又送還中國52冊，1955年，德意志民主共和國送還中國3冊，蘇聯科學院也通過中國科學院圖書館送還1冊。
歷經浩劫的《永樂大典》
《永樂大典》是中國百科全書式的文獻集。編撰於明朝永樂年間，全書22,937卷，11,095冊，約3.7億字。《永樂大典》屢遭浩劫，正本不知去向，副本今存不到800卷，約為原書的4%。《大英百科全書》稱之為“世界有史以來最大的百科全書”。
永樂年間修訂的《永樂大典》原書只有一部，現今存世的皆為嘉靖年間的抄本。《永樂大典》在明代即有遺失。乾隆三十八年(1772年)，在編纂《四庫全書》時，發現《永樂大典》已遺失缺失2422卷，約千餘冊。
清咸豐十年(1860年)，英法聯軍侵佔北京，翰林院遭劫掠，丟失大量《永樂大典》。光緒元年(1875年)修繕翰林院建築時，清查《永樂大典》不足5,000冊，《永樂大典》之所以迅速流失，主要是職員監守自盜，據說一人曾盜走百餘冊《永樂大典》。光緒二十年(1894年)六月翁同龢入翰林院清查時僅剩800冊，現今尚存約400冊，810卷，不到原書的4%。
而在收藏《永樂大典》的外國當中，日本的收藏是最多的。日本的東洋文庫號稱世界五大亞洲學研究中心之一，它的許多藏書都來源於中國。東洋文庫是接收英國人莫利遜的藏書起家的，在莫利遜文庫中就有他在庚子事變中得來的5冊《永樂大典》。
東洋文庫還委託北京等地書坊代購《永樂大典》。1943年，大連滿鐵圖書館的松岡洋右與東洋文庫一起，從湖州劉承乾嘉業堂處購得49冊《永樂大典》，這些《永樂大典》一直放在滿鐵圖書館，直到1945年大連被蘇聯紅軍佔領後，被當作戰利品運往蘇聯。
《永樂大典》的海外迴歸
中國國家圖書館從建館之初即致力於大典的蒐集與保護。百餘年來，在社會各界和幾代國圖人的不懈努力下，在中央政府的關懷下，通過政府撥交、海外送還、藏家捐贈、員工採訪等多種途徑，先後入藏《永樂大典》224冊，為已知存世《永樂大典》海內外最大藏家。
《永樂大典》的海外迴歸主要來自於蘇聯和德意志民主共和國。
根據資料顯示，《永樂大典》美國國會圖書館還藏有40冊，英國各地包括大英圖書館、英國牛津大學圖書館、英國倫敦大學亞非學院、英國劍橋大學等存有51冊，德國漢堡大學圖書館、德國科隆大學圖書館、德國柏林人種博物館等存有5冊，日本國會圖書館、日本東洋文庫、日本京都大學人文科學研究所、日本京都大學附屬圖書館、日本三理圖書館、日本靜培堂文庫、日本斯道文訓、日本大阪府立圖書館、日本武田長兵衛、日本石黑傳六、日本小川廣己和韓國舊京李王職文庫亦有蒐集。
1955年，德意志民主共和國總理格羅提渥訪華，將德國萊比錫大學圖書館所藏3冊《永樂大典》贈還中央人民政府，後被撥交北京圖書館（今國家圖書館）收藏。國內方面，魯迅、袁同禮、鄭振鐸、張元濟、趙萬里等人對於《永樂大典》入藏國家圖書館貢獻尤著，限於篇幅，不再詳述。
如今，《永樂大典》得到了前所未有的重視、保護、開發和利用。國家圖書館不僅對入藏的《永樂大典》給予了妥善修復與保管，還組織學者裒輯佚文，積極聯繫海內外藏家取得影像迴歸，並聯合影印出版，使得這一珍貴古籍能夠化身千百，服務社會。
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