自波斯战争以后，希腊形成了雅典和斯巴达对立的局面。公元前431年，雅典与斯巴达之间发生了长达二十七年的伯罗奔尼撒战争。在此期间，雅典为了对抗斯巴达，曾实施坚壁清野政策。不幸，公元前430年，雅典发生了瘟症，仅两年工夫，雅典人口便被病魔夺去了三分之一，将军伯里克利也被这次瘟疫夺去了生命。
自此以后，雅典便陷入党派之争，产生了一些煽动政治家，有的借鼓吹战争取得大权，有的靠呼吁和平掌握政权，雅典政治极为混乱。此外，雅典时常向提洛同盟国课征赋税，使得提洛同盟国逐渐叛离了雅典，雅典的势力日渐下降。
公元前415年，雅典市民在亚西比德（Alcibiades）的煽动下，居然答应出兵远征西西里。载着六千步兵的舰队要出发时，发生了一件奇异的事，一夜之间，雅典街道上赫尔墨斯神像的头部都不见了。市民们怀疑是亚西比德所为，因此，远征军到达西西里后不久，亚西比德就被召还，要被处以死刑。他逃亡到斯巴达，劝斯巴达出兵援助西西里的叙拉古。斯巴达听从他的建议，出兵援助叙拉古。公元前413年，雅典远征军全军覆没。
这次战争失败后，雅典政治由民主政治逐渐走向寡头政治，亚西比德再度掌握雅典政权。这时，波斯也有意恢复在伊奥尼亚的统治权，意图利用斯巴达来打击雅典。公元前408年，斯巴达在波斯的经济援助下，成立了一支大舰队。斯巴达与雅典的舰队首先在伊奥尼亚发生海战，亚西比德率领的雅典海军吃了大败仗。
公元前405年秋天，雅典从黑海沿岸输入谷类的粮道被斯巴达海军切断，雅典城被包围。雅典终于在公元前404年向斯巴达无条件投降。战后，雅典在斯巴达的武力干涉下，于公元前404年成立了三十人的寡头政治。公元前403年，雅典虽然又恢复民主政治，但此后已无法再现伯里克利时代的光荣。伊奥尼亚也落入波斯的统治之中，希腊已无法恢复对这个地方的主权。
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