一、業績指標選擇不合理
公司實施股權激勵是為了推動公司的長遠發展，在推行股權激勵過程中，有些公司常常有意或無意地選擇不合理的指標進行考核，這樣就違背了推行股權激勵的初衷，股權激勵成為了公司高管的造福工具。
業績指標不合理
二、降低激勵條件或激勵條件流於形式
降低股權激勵條件表現為業績考核門檻遠低於公司歷年水平或其中任何一年的業績水平。有些公司通過降低行權條件和行權價方式實現，如在股權激勵方案中設定限制性股票三年解鎖條件設置過低，再如以限制性股票為激勵方的上市公司，股票的授予價為二級市場的50%。上市公司降低激勵條件或激勵條件流於形式這種低門檻的業績考核，不僅不能起到激勵作用，甚至還存在大股東借股權激勵向激勵對象輸送利益的可能。
利益不平衡
例如：九陽股份為了適應內部產業結構調整及外部經濟環境條件的變化，在2011年2月決定以定向發行426萬新股的方式對246名骨幹啟動限制性股票激勵計劃。方案中規定只要2011-2013年公司淨利潤分別比上年上漲5%、6%、7%，被激勵對象就可以獲得股票。
另外，除行權條件過低外，其行權價也很低。九陽股份以公告日(2011年2月15)前20個交易日股票均價15.18的50%確定，每股行權價為7.59元，而前一個交易日收盤價為16.39元，這種定價方式與其他一些推出股權激勵方案的公司相比，折扣力度也大了許多。
同時該行權價格的作價方法也違反了《上市公司證券發行管理辦法》規定，定向增發股份價格不低於定價基準日前20個交易日公司股票價格的90%，也就是九陽股份股權激勵股票行權價應不得低於13.67元。
但是九陽股份卻以前20個交易日股票均價的50%作為行權價，顯然是違規的。對於這些股票激勵對象來說，最高僅7%的淨利潤增長率，預示著這些激勵對象即使不付出很多甚至不作為也能穩拿激勵股票，但這對於新高管和其他員工來說顯得很不公平，同時也違背了股權激勵的本意。因此在2011年8月16號股權激勵被緊急叫停。
三、缺乏激勵對象違規收益的追繳機制
如果激勵對象因為自身違規而喪失激勵資格，多數公司規定要依情況採取措施，以期權為例，常見條款是：違規後公司未授出的股票期權失效，未行權的部分不再行權，對於已行權的部分，按照授予價格回購。但是絕大多數公司沒有明確激勵對象違規收益追繳措施以及相應責任。此外，按照授予價格回購股份，有些情況下還會給激勵對象帶來“套利”機會，變懲為獎，適得其反。2011年證券市場上漢王科技高管的限售股的精確減持就是一個典型。
股權套利
例如：漢王科技2010年3月3號成功登上中小板，發行價41.9元，開盤價78元。同年5月24號股價高達175元，相比發行價漲3倍，根據股票交易的規則，上市公司年報、半年報、季報公告前30日內，以及業績預告、業績快報等公告前10日內，屬於上市公司信息披露的敏感期，這個時期也叫“窗口期”。
此期間公司高管人員買賣本公司股票的行為屬於違規。但是2011年3月4日，漢王科技9名高管的股票集體解禁，3月18日2010年報披露，而3月21日是實質意義上的首個解禁日，漢王科技9名高管利用報表披露的時間安排，精確減持150萬股股票。在高管減持股票後，漢王科技的壞消息接踵而至。
先是2011年4月19日公佈漢王科技第一季度業績虧損公告，緊接著是一季度報告虧損，2011年5月17日計提跌價準備，7月30日報告半年度鉅虧。雖然證監會在2011年12月22日立案調查漢王科技，主要是漢王科技涉嫌會計信息披露違規。然而，由於缺乏違規收益的追繳機制，目前該案如何定論，還不得而知。
四、激勵時間和人員選擇不透明
股權激勵的時間和人員選擇不透明主要出現在一些即將上市的企業中。有些即將上市的公司為了避免上市後股權激勵的高成本，在上市前1-2年就以極低的行權價格進行突擊股權轉讓和增資的股權激勵，這種低價與同期的另一次增資擴股價格存在巨大落差，再就是突擊入股的人員選擇上往往不夠透明，使得淨利潤和每股收益實質上在上市前已經被稀釋。這種情形已經引起了發審委的重點關注。2011年申請IPO被髮審委否決的樂歌視訊就是典型。
人員選擇不明
例如：樂歌視訊2011年在中小板IPO的申請被證監會、發審委駁回，主要原因是涉嫌上市前年前突擊增資擴股以極低的價格完成。2010年3月3日，樂歌視訊董事會決議通過，公司新增註冊資本67.34萬美元。新增的註冊資本全部由新股東聚才投資以現金認繳，增資價格為2.6103美元/股。
僅僅在半月後，公司新增註冊資本30.53萬美元。新增的註冊資本由新股東寇光武、高原以現金方式各自認繳50%，增資價格為4.7987 美元/股。僅相差半個月時間，但聚才投資的入股價格僅為兩自然人股東入股價格的54.4%。短時間內的兩次增資擴股，為何價格會有如此大的差異，這不得不讓人覺得蹊蹺。
樂歌視訊的招股說明書顯示，聚才投資的28名自然人股東均為樂歌視訊的高管。顯然，聚才投資是為完成股權激勵而成立的法人單位。雖然聚才投資名義上是樂歌視訊眾高管成立的公司，但其股權結構顯示，姜藝佔有其57.36%的出資比例，為聚才投資的控股股東。而其餘27名高管所佔出資比例，除副總經理景曉輝佔到5%，其餘均低於或等於2.5%。
同時，公司2010年的第二次增資所引進的投資人寇光武和高原也可以看成是股權激勵的對象，寇光武為上市公司煙臺萬華常務副總裁、財務負責人兼董事會秘書。高原曾擔任過上市公司外高橋的董事會秘書，此二人為公司實際控制人項樂宏在北大EMBA28班同學。
然而，股權激勵的初衷是為了激勵上市公司高管為股東創造更多財富，如果股權激勵選擇那些對企業發展基本沒有做出貢獻的外來人士，明顯是違背了股權激勵的本意。
五、等待期設置較短
統計發現，絕大多數公司的等待期都是激勵辦法規定的下限(1 年)，只有個別公司的等待期是1.5 年。等待期過短不利於體現長期激勵效應，甚至誘發激勵對象的短期行為，有悖於股權激勵的初衷。
根據普華永道2007 年全球股權激勵調查數據，在股票期權中，按照等待期長短劃分，等待期長度為3-4 年的一次性授予和3-4 年的分次授予佔比約為80%。顯然，我國民營上市公司設置的等待期相對較短。
六、沒有“意外之財”過濾機制
股票價格受到公司內在因素和市場整體因素的影響，而後者帶來的股價上漲與激勵對象的努力缺乏實質性聯繫，由此產生的收益一般被稱為“意外之財”。如果由於市場行情的變化導致公司股價大幅度上漲，高管即使經營較差，仍然能夠從股權激勵的行權中獲取豐厚的薪酬，如果對於高管的這種“意外之財”沒有過濾機制，則股權激勵機制發揮的作用有限。
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