在太平天国运动的鼓舞下，北方的捻军，南方的天地会，西南、西北地区的苗、彝、回、维吾尔等民族、东北地区的蒙古族纷纷加入反抗斗争的行列，汇成了以太平天国为中心的全国性农民起义洪流。轰轰烈烈的反抗斗争呈现出此起彼伏、波澜壮阔的形势。其中捻军起义，规模仅次于太平天国运动，坚持战斗16年，战场遍及皖、豫、鲁、晋等18省，与太平军南北呼应，牵制了大量清军。而陕甘、青海、新疆回族民众的武装起义及张秀眉领导的贵州苗民抗税起义，杜文秀领导的云南回民起义等等，都在各自区域内，顽强地打击了封建统治势力，使清统治者陷于顾此失彼、穷于应付的被动局面。各族民众风雨同舟，顽强斗争，但因起义队伍缺乏有效配合，装备和供给等比较落后，起义先后失败
清军在帮办团练大臣袁甲三的统率下先攻破王圩，后又围剿占据邓圩的捻军。咸丰七年（1857年）闰五月二十八日，清兵将聚踞姚圩篱笆集等处的游捻击毙300余人，生擒50余人，捻军首领刘老渊派去接应的部下亦被官兵擒杀。六月初十日，捻军百余人再次于虔家楼遭遇清军的围歼。刘老渊在姚圩李八庄等处筑垒，亦被清军攻破。二十三日邓圩捻军因内讧，投降者开门迎敌，捻军首领李寅、刘破头等人被清军枭首。
咸丰八年（1858年）四月初，副都统、帮办河南军务胜保督清兵围攻被捻军占据的六安州城。十一日，捻军出城袭击清军新营，胜保亲率步兵、骑兵分路抄截，绕至风凰桥、尚家庙一带。次日，捻军再拥大队人马与清军奋战，清兵以大炮轰击，并沿途追杀，尸陈遍野。当夜，清兵抵六安城下，连放喷筒火箭，竖云梯强攻，六安城破。捻军被杀者3000余人，逃出城后，又被追兵堵杀2000余人。首领张乐行叔父张玉明被杀，清兵统领楚勒刚阿也中炮身亡。
咸丰九年（1859年)，清军向临淮关进逼。十二月十五日，苗沛霖渡过淮河堵截临凤要路，张得胜由东路攻至关下。十七日，帮办大臣袁甲三亲自督清兵攻关。十八日，清兵马队冲击捻军阵营，关内捻军倾巢而出，列兵河边。双方经两昼夜激战，临淮关终被清兵攻占。此役捻军死伤数千人，被擒万余人，淮河两岸堡垒40余座被毁，首领顾九龙等人被擒害，捻军占据的凤阳城随即失守。
咸丰十一年（1861年）夏，江南各路捻军先后进军山东。抢渡运河后，自泰安直奔济南，声势浩大。八月十五日，僧格林沁亲督清军围剿捻军占据的湖山泊以南孙家镇等地。双方沿临朐、诸城、沂水一线恶战不断。初十日，黑旗军、捻军合力抗敌，在沂河东岸与清军德愣额部激战，捻军伤亡万余人，几被清兵剿杀殆尽。捻军遭受重创。
同治元年（1862年）初 ，亳州以东捻军会合其它几路大举向西进军，一路上势不可挡。正月二十四日，僧格林沁亲督马队追剿，至杞县许冈，双方激战，死伤无数。二月初三日，僧格林沁又督军分三路围剿赵寨捻军，捻军挖深壕相拒，鏖战4个时辰后，捻军败走。此次战役，双方死伤上万人。
同治元年（1862年 ），陈玉成在庐州写给赖文光等人部署协同作战的信。
同治二年（1863年）三月，盘踞两淮、屡叛屡降的苗沛霖见僧格林泌大军离开院北，遂拒绝了清廷“散练归农”的命令，再次带领他的十儿万团练举兵抗清，陷颍上，破寿州，围攻蒙城。十一月，僧格林沁重新进攻皖北，又夺取了皖北、皖南大部分失地，苗练陷于绝境，在四面楚歌中大败于蒙城。苗沛霖被部下所杀，其部队大部分被清军歼灭，小部分逃亡河南，参加捻军。苗沛霖团练从此羶灭。
同治五年（1866年）秋天，捻军在歼灭僧格林沁的蒙古铁骑后，于河南许州分兵两路。由遵王赖文光率领的东捻军，在中原地区坚持抗清斗争。同治六年，经赣榆战役、寿光弥河战役，接连受挫 ，数万人战死，东捻军主力损失殆尽。十二月，赖文光率残部冲破六塘河防线，南下江苏境内，不断遭到清军堵击。因人数过少，屡扑运河而未果。十一日，在扬州东北湾头瓦窑铺，为淮军吴毓兰部击败，赖文光被俘，十六日就义于扬州。东捻军就此覆灭。
同治七年（1868年)，西捻军领袖、梁王张宗禹率部转战西北、华北，经商河大战、济阳玉林镇大战，主力部队损失上万。六月二十日，清军刘松林部于盐山、沧州等处围追堵截。西捻军残部数千人抢渡运河失败，退往荏平南镇，猝遇刘铭传、郭松林部阻击，遂仓促应战。张宗禹率数十骑突围，其兄张宗道、其子张葵儿、捻军首领陈大老坎等被清军生擒斩首。
南镇战役，捻军全军覆没，只有领袖张宗禹突出重围。清军继续捜索，却不见其下落。李鸿章、
刘铭传等谎称已查明张宗禹在徒骇河边投水而亡，但在其私人函件中却无奈地承认张宗禹穿秫凫水,不知所终。张宗禹为捻军老沃王张乐行族侄，英勇善战，因打死僧格林沁、击败过曾国藩和左宗棠而威名远扬，绰号“小阎王”，是捻军后期斗争的领袖人物。他的失踪，标志着捻军起义的最终结束。
淮军以淮南地主团练为基础，兵将多为安徽人。咸丰末年，李鸿章在曾国藩支持下，按湘军章程编练淮军。初有步队13营，勇夫7000余。次年调赴上海，勾结外国侵略者镇压太平军。四年后发展到六七万人，成为镇压捻军的主力。后又雇佣英法军官，配备洋枪洋炮，釆用西法训练，营制、战术等多方面变化，发展为儿与湘军分庭抗礼的独立集团，成为晚清建立的具有近代色彩的陆军部队。
同治元年（1862年)，即太平军驰骋江南大地、上海吃紧的时候，这支轻骑队组建了，成为李鸿章统帅的淮军的“友军”。
《淮军平捻记》作者周世澄行伍淮军多年，为表淮军战绩，据亲身经历以及有关疏章、文报、时论等撰成此书。记事起于同治四年（1865年 ）李鸿章赴徐州部署剿捻，迄于七年秋张宗禹西捻军兵败荏平。正文依年月日详述淮军在安徽、山东等地镇压捻军的经过，附记二卷载淮军军制、兵饷、军储等情况，是研究淮军历史和捻军活动的重要史料。
张曜（1832—1891年)，字亮臣，号朗斋，直隶大兴人。初为县丞，后在河南固始办团练，参与镇压太平军和捻军。咸丰十一年（1861年）以功授河南布政使，旋以目不识丁被参劾，改总兵加提督衔。此后发愤读书，始通文墨。同治八年（1869年）率嵩武军赴甘肃、宁复镇压回民军。
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