在太平天國運動的鼓舞下，北方的捻軍，南方的天地會，西南、西北地區的苗、彝、回、維吾爾等民族、東北地區的蒙古族紛紛加入反抗鬥爭的行列，匯成了以太平天國為中心的全國性農民起義洪流。轟轟烈烈的反抗鬥爭呈現出此起彼伏、波瀾壯闊的形勢。其中捻軍起義，規模僅次於太平天國運動，堅持戰鬥16年，戰場遍及皖、豫、魯、晉等18省，與太平軍南北呼應，牽制了大量清軍。而陝甘、青海、新疆回族民眾的武裝起義及張秀眉領導的貴州苗民抗稅起義，杜文秀領導的雲南回民起義等等，都在各自區域內，頑強地打擊了封建統治勢力，使清統治者陷於顧此失彼、窮於應付的被動局面。各族民眾風雨同舟，頑強鬥爭，但因起義隊伍缺乏有效配合，裝備和供給等比較落後，起義先後失敗
清軍在幫辦團練大臣袁甲三的統率下先攻破王圩，後又圍剿佔據鄧圩的捻軍。咸豐七年（1857年）閏五月二十八日，清兵將聚踞姚圩籬笆集等處的遊捻擊斃300餘人，生擒50餘人，捻軍首領劉老淵派去接應的部下亦被官兵擒殺。六月初十日，捻軍百餘人再次於虔家樓遭遇清軍的圍殲。劉老淵在姚圩李八莊等處築壘，亦被清軍攻破。二十三日鄧圩捻軍因內訌，投降者開門迎敵，捻軍首領李寅、劉破頭等人被清軍梟首。
咸豐八年（1858年）四月初，副都統、幫辦河南軍務勝保督清兵圍攻被捻軍佔據的六安州城。十一日，捻軍出城襲擊清軍新營，勝保親率步兵、騎兵分路抄截，繞至風凰橋、尚家廟一帶。次日，捻軍再擁大隊人馬與清軍奮戰，清兵以大炮轟擊，並沿途追殺，屍陳遍野。當夜，清兵抵六安城下，連放噴筒火箭，豎雲梯強攻，六安城破。捻軍被殺者3000餘人，逃出城後，又被追兵堵殺2000餘人。首領張樂行叔父張玉明被殺，清兵統領楚勒剛阿也中炮身亡。
咸豐九年（1859年)，清軍向臨淮關進逼。十二月十五日，苗沛霖渡過淮河堵截臨鳳要路，張得勝由東路攻至關下。十七日，幫辦大臣袁甲三親自督清兵攻關。十八日，清兵馬隊衝擊捻軍陣營，關內捻軍傾巢而出，列兵河邊。雙方經兩晝夜激戰，臨淮關終被清兵攻佔。此役捻軍死傷數千人，被擒萬餘人，淮河兩岸堡壘40餘座被毀，首領顧九龍等人被擒害，捻軍佔據的鳳陽城隨即失守。
咸豐十一年（1861年）夏，江南各路捻軍先後進軍山東。搶渡運河後，自泰安直奔濟南，聲勢浩大。八月十五日，僧格林沁親督清軍圍剿捻軍佔據的湖山泊以南孫家鎮等地。雙方沿臨朐、諸城、沂水一線惡戰不斷。初十日，黑旗軍、捻軍合力抗敵，在沂河東岸與清軍德愣額部激戰，捻軍傷亡萬餘人，幾被清兵剿殺殆盡。捻軍遭受重創。
同治元年（1862年）初 ，亳州以東捻軍會合其它幾路大舉向西進軍，一路上勢不可擋。正月二十四日，僧格林沁親督馬隊追剿，至杞縣許岡，雙方激戰，死傷無數。二月初三日，僧格林沁又督軍分三路圍剿趙寨捻軍，捻軍挖深壕相拒，鏖戰4個時辰後，捻軍敗走。此次戰役，雙方死傷上萬人。
同治元年（1862年 ），陳玉成在廬州寫給賴文光等人部署協同作戰的信。
同治二年（1863年）三月，盤踞兩淮、屢叛屢降的苗沛霖見僧格林泌大軍離開院北，遂拒絕了清廷“散練歸農”的命令，再次帶領他的十兒萬團練舉兵抗清，陷潁上，破壽州，圍攻蒙城。十一月，僧格林沁重新進攻皖北，又奪取了皖北、皖南大部分失地，苗練陷於絕境，在四面楚歌中大敗於蒙城。苗沛霖被部下所殺，其部隊大部分被清軍殲滅，小部分逃亡河南，參加捻軍。苗沛霖團練從此羶滅。
同治五年（1866年）秋天，捻軍在殲滅僧格林沁的蒙古鐵騎後，於河南許州分兵兩路。由遵王賴文光率領的東捻軍，在中原地區堅持抗清鬥爭。同治六年，經贛榆戰役、壽光彌河戰役，接連受挫 ，數萬人戰死，東捻軍主力損失殆盡。十二月，賴文光率殘部衝破六塘河防線，南下江蘇境內，不斷遭到清軍堵擊。因人數過少，屢撲運河而未果。十一日，在揚州東北灣頭瓦窯鋪，為淮軍吳毓蘭部擊敗，賴文光被俘，十六日就義於揚州。東捻軍就此覆滅。
同治七年（1868年)，西捻軍領袖、梁王張宗禹率部轉戰西北、華北，經商河大戰、濟陽玉林鎮大戰，主力部隊損失上萬。六月二十日，清軍劉松林部於鹽山、滄州等處圍追堵截。西捻軍殘部數千人搶渡運河失敗，退往荏平南鎮，猝遇劉銘傳、郭松林部阻擊，遂倉促應戰。張宗禹率數十騎突圍，其兄張宗道、其子張葵兒、捻軍首領陳大老坎等被清軍生擒斬首。
南鎮戰役，捻軍全軍覆沒，只有領袖張宗禹突出重圍。清軍繼續捜索，卻不見其下落。李鴻章、
劉銘傳等謊稱已查明張宗禹在徒駭河邊投水而亡，但在其私人函件中卻無奈地承認張宗禹穿秫鳧水,不知所終。張宗禹為捻軍老沃王張樂行族侄，英勇善戰，因打死僧格林沁、擊敗過曾國藩和左宗棠而威名遠揚，綽號“小閻王”，是捻軍後期鬥爭的領袖人物。他的失蹤，標誌著捻軍起義的最終結束。
淮軍以淮南地主團練為基礎，兵將多為安徽人。咸豐末年，李鴻章在曾國藩支持下，按湘軍章程編練淮軍。初有步隊13營，勇夫7000餘。次年調赴上海，勾結外國侵略者鎮壓太平軍。四年後發展到六七萬人，成為鎮壓捻軍的主力。後又僱傭英法軍官，配備洋槍洋炮，釆用西法訓練，營制、戰術等多方面變化，發展為兒與湘軍分庭抗禮的獨立集團，成為晚清建立的具有近代色彩的陸軍部隊。
同治元年（1862年)，即太平軍馳騁江南大地、上海吃緊的時候，這支輕騎隊組建了，成為李鴻章統帥的淮軍的“友軍”。
《淮軍平捻記》作者周世澄行伍淮軍多年，為表淮軍戰績，據親身經歷以及有關疏章、文報、時論等撰成此書。記事起於同治四年（1865年 ）李鴻章赴徐州部署剿捻，迄於七年秋張宗禹西捻軍兵敗荏平。正文依年月日詳述淮軍在安徽、山東等地鎮壓捻軍的經過，附記二卷載淮軍軍制、兵餉、軍儲等情況，是研究淮軍歷史和捻軍活動的重要史料。
張曜（1832—1891年)，字亮臣，號朗齋，直隸大興人。初為縣丞，後在河南固始辦團練，參與鎮壓太平軍和捻軍。咸豐十一年（1861年）以功授河南布政使，旋以目不識丁被參劾，改總兵加提督銜。此後發憤讀書，始通文墨。同治八年（1869年）率嵩武軍赴甘肅、寧復鎮壓回民軍。
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