孙毓汶出生在山东济宁的一个官宦世家，曾祖父、祖父、父亲都是清朝高官。
咸丰六年，孙毓汶参加科举考试，当时舆论普遍看好的状元人选，一是孙毓汶，一是翁同龢。翁同龢也出自名门，祖上与孙家是世交。孙家看着翁同龢是夺魁的最大对手，在殿试前一日，将翁同龢请到家中吃饭，美酒佳肴，一通猛灌，将翁同龢灌的烂醉如泥。翁同龢酒醉之后，老爹翁心存却有准备，已经弄好了解酒药和人参汤，翁同龢吃了之后，第二天殿试时如有神助，精力特别充沛，下笔如有神，得了一甲第一名，孙毓汶得了第二名。此事在京师官场传的沸沸扬扬，由此翁同龢得了个雅号“人参状元”。
照理说，孙毓汶考中第二名榜眼，虽是妾室所生，在家族中也可以扬眉吐气了。但他事实上并非如此，他的堂哥孙毓溎早在道光二十四年就高中状元，此后历任高官，在孙氏家族中很有权威。
咸丰八年，孙毓汶父亲去世，返回济宁老家丁忧，此时他的嫡母已去世，他就动起脑筋，想将自己的生母给扶正。依照礼法，在正房去世之后，如果经过全族同意，可以将偏房扶正，此后也就摆脱了小妾的身份，可以扬眉吐气。孙毓汶以为凭自己在科举上的成就，可以让族人欣然同意。不想此时堂哥孙毓溎的老婆在家主持内政，对此表示反对，此事不了了之。
自从帮母亲扶正的努力失败之后，孙毓汶就一直对济宁孙氏比较冷淡。他的门生外任为济宁知府，特意去拜访他，询问对济宁孙氏家族有没有需要照顾的。不想孙毓汶反应冷淡，反而交代对孙氏族人要严加管教，违法者必须严加惩戒。孙毓汶一直将母亲带在身边，以便尽孝。光绪元年，他的母亲重病不起，他食不甘味、寝不解衣，服侍母亲。生母病故之后，棺椁运回济宁之后，孙氏族人却提出，棺椁不得入祖坟，不得与孙毓汶的父亲合葬。孙毓汶此时也出离了愤怒，他穿着孝服，跪在母亲灵柩前写下奏章，请两宫皇太后帮自己做主。慈禧看了孙毓汶的奏折后大为同情，就将孙毓汶生母封为一品夫人。得到慈禧的站场之后，孙毓汶扬眉吐气，将父亲的棺椁从祖坟中起出，迁往新坟与母亲合葬。发丧当日，孙毓汶搞了一场隆重的丧事，让所有孙氏族人目瞪口呆，此后孙毓汶与济宁丁氏族人断绝来往。出于对慈禧的感激，在官场上孙毓汶惟慈禧是从，无比忠心。
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