孫恩起義雖然是中國歷史上第一次以南方沿海地區為基地，對內陸朝廷的起義戰爭，但絲毫沒有成為海洋帝國的希望。
孫恩起義前後發生過數次戰鬥，其基本經過都是一個模式的：義軍被官軍在陸戰中擊敗，然後逃入島上。然後趁著官軍鬆懈，從海島上殺回，佔據一些邊緣縣城，掠奪周邊物產。最後，被聞訊趕來的官軍再次擊敗，退回海島。
從這些戰鬥中，大家就可以發現孫恩的那些沿海小島基地，其實根本沒有支持他建立地方強權的基礎。這也是為什麼官軍懶得去追擊到島上，而島上的幾百號人都必須定期到大陸上打劫的原因。如果幾個島嶼，連維持幾百上千號人的能力都沒有，談什麼建立海洋帝國呢？
中國在隋唐之前，南方的經濟開發一直是非常有限的。而且這種開發，主要集中在長江流域的平原地帶。更為南方的地區，不僅只有小塊被開發後依附中央的農業飛地，周圍還有不少少數民族組成的山寨和山城。就算孫恩控制了浙東一些地方，也基本要在官軍和蠻族部落之間被夾擊。
另一方面，由於中國古代航海技術的薄弱，所以在技術上也無法支撐起一個強大的海洋帝國。當時中國沿海搞近海航行的主要是被漢族與中央歧視的蠻族沿海居民為主。而對外有限的海洋貿易，主要是印度人在負責。後來的法顯就從孟加拉坐印度商船出航，經過錫蘭島和南洋群島，一路回到山東的明州。這樣的遠距離航海技術，此時的中國是沒有的。
所以你讓孫恩在控制某個沿海縣城和幾個小島後，就建立一個海洋帝國，是絕無可能的事情。既沒有足夠的資源，又沒有足夠的技術手段來進行維持生存的長距離貿易。就算獨立發展數十年，都只能說一個貧困的地方勢力。這樣的群體，不做海盜很難。
最後，孫恩死後的更大起義，事實上是在新領袖盧循的指揮下，走了另類路線。殘存的義軍航海漂到廣州，進行了堅決的路上北伐路線。這個時候，義軍才真正的成規模。船舶才造的更大。這種根本無法用於遠海的平底樓船，只能用來在內湖水網間打呆仗。
義軍的最後一戰，就堪稱人類大規模水面戰歷史上的奇葩。官軍和義軍都在內湖裡，大造樓船，並用上面的拍竿互相敲擊。一場驚心動魄的大水戰，就在敲打、撞擊中開始，在無法航海的平底船碎了一地後結束。
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