比老幹部更讓諸葛亮頭疼的，卻是他的好搭檔，劉備的大功臣——法正。
劉備平定益州後，大功臣法正被封為蜀郡太守，揚武將軍（成都市長兼軍分區司令，掛中將銜）。法正是很有個性的人物，當初他在劉璋手下，不受主公待見，也和同僚結了些仇。現在一朝權在手，頓時耀武揚威，快意恩仇。過去人家給他的好處，他加倍報答；過去人家跟他有點矛盾，他也加倍報復。有時候一天之中，竟然擅自殺了好幾個有私仇的人。
有人報告諸葛亮說：“法正這麼亂來，您不能不管啊。趕緊稟告主公，約束一下他吧。”
諸葛亮回答：“哎，說起法正呢，那可是咱大功臣啊。當初咱主公劉備落魄的時候，困居荊州一地，北有曹操，東有孫權，身邊的孫夫人也是個定時炸彈，實在窘迫得很。後來靠了法正的奇謀和內應，幫助主公奪取益州，咱主公從此得以展翅高飛。法正他立下這麼大的功勞，稍微囂張快意一些也是理所當然，我怎麼忍心抑制他呢？”
這件事兒讓諸葛亮頗遭詬病。功臣就可以公報私仇，擅自殺人麼？你諸葛亮講求的是嚴格執法啊，居然說出這種話來！
然而諸葛亮也有他的無奈。首先他的職權只是署左將軍府事，沒有權力直接處置法正，要處置法正就只能稟明劉備決斷。而一旦上報劉備，就直接引起了同僚之間的訴訟。劉備對法正是相當親信和倚重的，不大可能為這事兒嚴懲法正，最大的可能也就是勸導幾句，不了了之。
但以法正這種心胸狹窄的脾氣，為了爭個面子，很可能在訴訟時跟諸葛亮對頂起來，把事情越鬧越大。這樣，實質性的處罰收不到，反而惡化了同僚關係，對大局沒有任何好處。
所以諸葛亮選擇了“裝聾作啞”。這無論如何都逃不開“枉法”的指責，只是這本非諸葛亮的本心。他不是蜀漢政權的老大，劉備才是。
甚至另外還有種可能，諸葛亮之前或許已經就此事私下稟明瞭劉備，而劉備因為偏愛法正敷衍了事，諸葛亮無可奈何，這才對外板起一副“人情”面孔，說幾句酸溜溜的話。
總之，在亂世裡，“正義”的原則也不是每次都能堅持的。面對法正的胡作非為，諸葛亮能採取的有效手段，或許是旁敲側擊，委婉的提醒法正一下；又或者攛掇趙雲之類的直腸子漢去勸法正。這也是沒有辦法的辦法。
法正是管不著的，但在管得著的地方，諸葛亮可毫不手軟。
剛剛打下成都，諸葛亮就針對益州法紀鬆弛，秩序混亂的現狀，制定了嚴峻的法規。這使得那些習慣在劉璋統治下“自由自在”的民眾和士人頗有不滿，一時之間，怨聲載道。
法正是瀟灑得很的，他一邊自個隨便殺人，一邊還勸諸葛亮說：“亮哥，當年漢高祖劉邦打進關中，廢除秦朝的嚴刑峻法，給關中父老‘約法三章’，老百姓都很感激。今天咱們依靠武力打下了益州，您不給老百姓恩惠，反而制定嚴厲的法律約束他們，這不太好吧？”
諸葛亮心頭早憋了一肚子火，他就有板有眼回答：“這兩者背景是不同的。漢高祖那時候，秦朝本身的法律太嚴苛，老百姓被壓迫得活不下去了，所以漢高祖打下關中，反其道而行之，制定寬鬆的法律，讓人民喘口氣。劉璋則相反，他的毛病就在於自己太軟弱昏暗，法律鬆弛，下面的文武官員乃至老百姓都不把政令放在眼裡，於是造成有權的官官相衛，有錢的無法無天，無錢無權的也偷奸耍滑，這麼上下一起折騰，政府和社會秩序混亂，最後大家一起吃虧。一味的施恩無度，只會讓這恩德氾濫貶值。所以我制定嚴厲的法律，對不法行為加以約束，恩惠並舉，才能恢復秩序。”
於是諸葛亮繼續把他的法制建設推行下去。老百姓最初的埋怨牢騷當然是少不了的，但法律不因為牢騷而消減。等到大家漸漸從劉璋時代“有法不依”的狀態中脫離，習慣於遵紀守法，也漸漸就感受到了，作為普通老百姓和官員，還是有法可依，執法必嚴才好。大家行動上雖然受了些約束，但基本利益也得到了更好的維護。法正聽了諸葛亮這番話，也老實了不少。
關於這事兒，南朝史學家裴松之有異議，認為哪有說靠嚴刑峻法來治國的？甚至進而懷疑這段記載的真實性。這還是古人的侷限性，認為法律就是壓制民眾的，所以嚴厲的法律就是不好的，反動的。事實上按現代的法治精神，只要制定的法規本身是合理的，執行時是公正的，那麼針對具體的情況嚴格一些不是壞事。
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