康熙皇帝死後被尊為“聖祖仁皇帝”，從他在位六十一年的執政情況來看，基本上還是符合“仁”這一稱號的。為什麼說是基本上呢，因為康熙帝的一生也曾做過幾件“不仁”的事情。
俗話說：“金無足赤，人無完人”。即便是聖明如康熙者也會留下一些詬病，其實也不僅僅是康熙皇帝，歷史上許多明君同樣也有這樣那樣的不足，之所以會出現這樣的情況，其根源還是在於封建皇權的無上權力，皇權的不受限制就會留下後遺症。
歸結起來，康熙帝有三件事做的“不仁”。
第一，遷界禁海害民十餘年。
康熙元年、二年、三年，康熙帝三次下令“遷界禁海”，強行將沿海居民向內陸遷移，這個距離大概離開海邊三十里到二百里不等。這些世代居住生活在海邊的居民一直以打魚為生，可是到了內陸之後，他們失去了賴以生存的技能，很多家庭陷入了窘境。
而且，朝廷規定，不遷移的一律殺無赦；越過界線的，也殺無赦。不僅是在沿海，在全國範圍內，遼東、廣東很多居民都被遷徙。官府在邊界上建築短牆，立上界碑，並派重兵把守，一旦有越界者一律處死。此舉造成數以千萬計的百姓流離失所，死亡者以百萬計。
如果要是說康熙初年的遷界禁海還不是他的主意的話，那麼康熙親政後也一直秉持這個國策，這個政策整整持續了二十多年，可以說後面的這些時間中，康熙就有推卸不了的責任。很明顯，一個能夠允許這樣殘酷的政策存在了二十幾年還一度採取措施進行強化的人，是無論無何也與“仁”字沾不上邊的。
第二，三藩之亂中屠殺平民。
平定三藩是康熙帝最顯著的武功，歷史上對此都持正面評價。可是在這背後又隱藏了多少不為人知的血與淚的故事。三藩平定後，據《清史稿》記載，四川一省的戶口不過一萬八千餘丁，這還不及其他省一個縣的人丁。在戰爭中，大量平民死亡。
有戰爭就會有死亡，這本毫無疑義，可是這些平民大部分是被清軍屠殺的。時任瀏陽縣知縣曹鼎新就有記載：“自甲寅吳逆倡亂，以至王師赫怒，整兵剿洗，玉石難分，老幼死於鋒鏑，婦子悉為俘囚，白骨遍野，民無噍類。”
曹鼎新是朝廷命官，想必站在他的立場上說出來這番話應該是可以讓人相信的，聯繫到清初時清軍一向有屠殺平民的傳統，所以這類記載應該不假，如果朝廷的軍隊有大肆屠殺平民的行徑，那麼康熙帝這個“仁”字應該就要大打折扣。
第三，文字獄屠戮文人學者。
康熙、雍正、乾隆三個時期是文字獄頻發的高峰段。和兒孫比起來，康熙帝儘管在文字獄方面的嚴酷程度上最低，但有些案件的性質卻十分惡劣。其中戴名世的《南山集》案就是典型的冤案。
康熙五十二年（1713年），戴名世（人稱戴南山）的作品《南山集》被舉報為“語多狂悖”，其原因就是戴名世在他的《南山集》中引用了方孝標《滇黔紀聞》中的南明永曆年號，結果因此被斬。此案牽連甚廣，大約有三百餘人被流放。
康熙皇帝所處的時期，正是滿洲貴族吸收中原文化的關鍵時期，也是從關外野蠻時代向文明時代的一個過渡期。這種文化及行為上的脫變自然會伴生一些有毒的副產品，在滿洲貴族思想還未徹底改變之前，一些敵對的、極端、殘忍的行為就會暴露出來。康熙帝在這樣一個環境中自然也不能倖免。不過，從客觀上講，康熙帝仍然是封建時代的一位明君。
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