暗部由第二代火影千手扉間所建立的暗殺戰術特殊部隊，簡稱暗部，由火影直接指揮，這是當初二代火影千手扉間所建立的一個特殊的特務組織，之後其他忍者村也相繼模仿，對忍界產生了深遠的影響。
暗部雖然是一個特殊的組織，但是這個組織隸屬於火影的名下，一切任務和機密行動都得聽從火影的指揮，而後到了猿飛日斬當上火影之後，他因為心慈手軟，最終坑害了木葉好幾代火影。
當上猿飛日斬接任火影的位置之後，團藏就成為了暗部的首領，因為團藏是自己的好友，並且當初他的夢想也是火影，所以三代火影對於團藏有些許的愧疚之情，所以團藏的任何行動三代都不輕易過問，這就導致暗部的勢力越來越大，幾乎到了和火影持平的位置。
由於暗部的成員都是從村子裡篩選出的優秀忍者，所以很多優秀的忍者都成為了團藏的手下，之後他們被團藏給洗腦，最終成為了團藏手中的一枚棋子，當暗部逐漸壯大之後，團藏的野心也隨之增大，他甚至想要暗殺三代火影猿飛日斬，企圖將他的火影位置奪過來，但是最終被三代火影給看穿，因為三代火影實在是太善良了，所以他並沒有對團藏採取任何行動，這種做法無疑是助長了團藏囂張的氣勢。
大蛇丸入侵木葉村之時，三代火影深陷苦戰，當時團藏得知了這一消息之後並沒有出手，他將大部分的精英忍者都按兵不動，最終三代火影在和大蛇丸的戰鬥中犧牲了，一直以來他的仁慈反而是害了自己，團藏根本就沒有把三代火影當作是朋友，他的目標一直都是火影的位置。
三代火影死後，作為“三忍”之一的綱手接任了第五代火影的位置，而後她也被暗部的制度給坑壞了，綱手雖然是火影，但是她手中的權利並不大，三代火影死後，團藏更加肆意妄為了，大部分的精英忍者都被納入到了他的名下。
當佩恩入侵木葉時，綱手帶著僅有的幾位部下苦苦奮戰，最終查克拉消耗殆盡陷入到了昏迷的狀態，而後當時的團藏則在暗中觀察著木葉村的一舉一動，他盼望著綱手能夠儘快死去，這樣的話自己就可以作為救世主拯救木葉村，火影的位置也就隨之而來了。
除了將兩位火影坑了之外，團藏還將宇智波一族的很多忍者都給坑壞了，當時宇智波一族出現了很多優秀的忍者，宇智波鼬以及宇智波止水都曾加入到木葉暗部當中，當時他們也是想為木葉村奉獻出自己的一份力量，然而團藏卻動起來了歪心思。
當時宇智波一族準備發動政變，在宇智波一族計劃發動政變的前夕，止水計劃用別天神阻止宇智波的政變，但在計劃實施前被志村團藏偷襲，失去右眼，為了避免別人為了搶奪他的左眼而引發爭鬥，同時也為了幫助宇智波鼬開啟萬花筒寫輪眼，他將眼睛和最強幻術“別天神”託付給鼬，最後跳下南賀河自盡而亡。
另外一位宇智波成員宇智波鼬也因為暗部的機制問題被坑了，當時三代火影想以和平談判的方式解決宇智波政變，但是團藏卻不同意，因為當時團藏的勢力已經非常壯大了，三代火影的話對於團藏起不了任何作用。
最終志村團藏之後找到了宇智波鼬，以鼬的弟弟宇智波佐助的性命作為交換讓宇智波鼬誅滅全族並對佐助保密，自己以叛忍的身份蒐集對木葉不利的情報，為了保護村子防止其他國家趁虛而入，也是為了止水的意志和弟弟的性命，鼬在痛苦與煎熬中被迫接受了滅族任務。
如果說當初三代火影心狠一點，將暗部的權利轉移到自己的手中，那麼團藏根本就不敢這麼肆意妄為，木葉也不會一次又一次陷入到危機當中，辛虧團藏在和佐助的戰鬥中死去了，不然的話第六代火影卡卡西以及第七代火影鳴人都很有可能在關鍵的時候被團藏給坑一把。
