清朝皇帝、後宮自皇后為首的諸妃嬪以及還未成年皇子都住在紫禁城。清兵入關之後，就居住在明代北京皇宮，清朝初期皇帝即住在乾清宮，這是按照明朝的舊例，明朝有十四個皇帝都是住在乾清宮。乾清宮是後三宮(乾清宮、交泰殿、坤寧宮)的首殿，在乾清門內，建於永樂十八年(1420)，順治帝、康熙帝均在此居住並處理日常政務，《日下舊聞考》有“乾清門之內為乾清宮，皇帝召對臣工，引見庶寮皆御焉。宮廣九楹，深五楹，正中設寶座，左右列圖史璇衡彝器。”
值得一提的是，乾清宮也是清代大行皇帝停靈之處，另外雍正朝後開始建立秘密立儲制度，密旨也是藏於乾清宮的正大光明匾額下。雍正初亦居於此宮，之後移居養心殿，此後清代列為皇帝都在養心殿起居，該殿西暖閣“三希堂”則為處理庶務之所，一直到清亡。慈禧太后垂簾聽政也在此殿。
坤寧宮為漢族宮殿建築之精華。屬於北京故宮內廷後三宮之一，坤寧宮在交泰殿後面，始建於明朝永樂十八年(1420年)，正德九年(1514年)、萬曆二十四年(1596年)兩次毀於火，萬曆三十三年(1605年)重建。清沿明制於順治二年(1645年)重修，十二年(1655年)仿盛京瀋陽清寧宮再次重修。嘉慶二年(1797年)乾清宮失火，延燒此殿前簷，三年(1798年)重修。
與明代不同的是，清代的坤寧宮按滿洲舊俗正門開在偏東位置(或與遊牧族東向拜日信仰有關)，並將該殿擴大。其西暖閣被改為祭神場所，冬暖閣即為皇帝大婚的洞房，康熙、同治、光緒均在此大婚。清朝時期，真正在坤寧宮中住過的皇后就只有幾位，分別順治帝廢后孝惠章皇后，康熙帝孝誠仁皇后、孝昭仁皇后等。
清朝妃嬪們按等級分別居住在其他的宮殿中。比如西六宮，即故宮後三宮西側的永壽宮、翊坤宮、儲秀宮、太極殿、長春宮、鹹福宮，著名的慈禧太后在為蘭貴人時即在此生下同治帝。另外西六宮中鹹福宮一般是品位較高的皇貴妃的寢宮，乾隆帝晚年也曾居於此處。與此相對，後三宮東側為東六宮，即景仁宮、承乾宮、鍾粹宮、延禧宮、永和宮、景陽宮。康熙皇帝就生於景仁宮。承乾宮原來是東宮貴妃的寢宮，但清朝皇后一般都是不住坤寧宮，而是承乾宮。鍾粹宮也曾住過皇后。另外康熙出生的景陽宮後來在順治朝被改為藏書之地，後殿被闢為“御書房”。
而清朝皇子們的住所，皇子出生後多隨生母居於東、西六宮，直到五、六歲時，離開生母寢宮，居於乾清宮東西側的東、西五所。成年受封后，再由內務府在宮外分配居所。
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