摘要
無法檢測到過早的動脈粥樣硬化嚴重阻礙了個性化治療預防冠心病的實施。全面瞭解動脈蛋白網絡及其在動脈粥樣硬化早期的變化，可以確定新的用於疾病檢測和改善治療目標的生物標記物。
研究結果
圖1
圖1：人類LAD蛋白的加權共表達網絡分析。
a：基於拓撲重疊矩陣(TOM)的相異度量的層次聚類，通過模塊分配編碼的LAD蛋白顏色鄰接圖。為清楚起見，僅顯示具有至少一條邊(鄰接測量(K))>97.5%瓦片的節點(蛋白質)(n-544)。
b：左圖顯示當鄰接冪參數β=10時，無標度拓撲最接近；右圖顯示鄰接(K)與β=10時Prob(K)的對數對數圖，證實了表達蛋白質連接性的冪律關係。
c：對50個90%隨機樣本的數據進行模塊分配，該數據說明了蛋白質表達模式的模塊結構的總體穩定性。顏色是根據簇大小分配的，簇大小可以隨每個隨機樣本而變化。因此，實際的顏色分配可能會因運行而異，但模塊成員資格保持相對穩定。
d：頂級非冗餘圍棋條款，帶有Bonferroni校正的p值和每個模塊的樣本蛋白質。
圖2
圖2：正常LAD和AA樣本中線粒體蛋白的比較。
對完全正常的LAD和AA樣本(每個解剖區域30例)進行DIA-MS分析，並調整年齡、性別、MYH11、RABA7A、TERA、G6PI。線粒體蛋白組LAD與AA的p值：脂肪酸代謝，p=0.04；氧化磷酸化，p<0.0001；三氯乙酸，p<0.0001；有絲分裂，p<0.0001。
圖3
圖3：LAD蛋白混合數據的凸性分析。
a：99份LAD樣本中上調標記蛋白(UMP)混合表達的熱圖。
b：估計99個LAD樣本中NL1、NL2、FS和FP的比例。
c：UMP亞群體特異性表達的熱圖。
d：關於第i個蛋白質表達讀數‘x’的數學描述，其為存在於異質樣本中的不同組織類型‘s’中的蛋白質表達的加權和，由混合比例‘a’加權。
e：散射空間中混合操作的幾何形狀，其產生壓縮和旋轉的散射單形，其頂點主存亞群特定的UMP並且對應於混合比例。
圖4
圖4：病理蛋白質組表型。
a：病理學家對FP、FS和正常組織進行分級的等級聚類和主成分計分圖，結合CAM得出的四種不同經驗組織類型的比例估計。虛線圓圈表示第一主成分兩端的樣本(2：1)，第一主成分分隔纖維斑塊和正常動脈組織。
b：944動脈蛋白的log(褶皺變化：FP/Normal)與log(t-test Q值)的火山圖。黑色數據點表示摺疊變化<1.7(或<1/1.7)和Q值<0.05的蛋白質。(未顯示-log(Q值)>10的兩個蛋白質。)。
c：滿足面板b中記錄的摺疊變化和Q值標準的N=88個蛋白質的光譜計數值的熱圖。單個蛋白質列在補充表8和9中。
d：與上游主調節器的影響一致的顯著上調和下調的蛋白質的組合網絡圖。
e：預測的疾病過程及其附屬蛋白被纖維斑塊中上調和下調的蛋白顯著過度表達。
圖5
圖5：LAD纖維斑塊蛋白的差異依賴網絡分析。
a：圖描述了FP和正常樣本之間的蛋白質網絡的重新佈線。在FP樣本中，綠色節點下調，紅色節點上調。綠色邊緣在正常樣本中表示顯著的相關性，但在FP樣本中不是。紅邊表示FP樣本中的顯著相關性。黑色方塊表示不同的網絡“中樞蛋白”(即。與FP和正常樣品中的網絡夥伴有不同偶聯的蛋白質。)。
b：差異網絡中樞蛋白的GO項分析表明，TCA蛋白顯著富集(p=4.8×10-6)。具有MS數據的TCA循環蛋白可用於額外的分析。在調整了看家蛋白、年齡和性別後，FP樣本中用紅框表示的每一種蛋白質的數量都低於正常樣本。
c：FP與正常LAD標本中TCA蛋白的統計比較。
結論
人類動脈蛋白質組可以看作是一個複雜的網絡，其結構特徵隨著解剖位置和動脈粥樣硬化的存在或不存在而有很大的不同。
這些數據表明，在動脈粥樣硬化早期，線粒體蛋白丰度顯著降低，同時也確定了血漿蛋白的一個子集，這些蛋白對血管造影定義的冠心病有很高的預測作用。DOI：10.1161/CIRCULATIONAHA.118.034365.
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