原始社會由於生產力水平低下，原始人對於認識客觀世界的能力受到限制，他們對於風雨、雷電、山洪、地震，以至某些疾病等現象，因為不能解釋和無能為力，或以為都是某種神秘的力量在主宰，於是形成了“神”的概念。不能解釋，無疑是無知與愚昧；無能為力，也容易產生屈服的心理。於是祈求、禱祝的事情就出現了。這便是原始人早期的、先於宗教的迷信活動。
到了原始社會的末期，由於生產工具的改進而提高了生產力，有了剩餘勞動，有了私有財產，出現了階級分化。此時便產生了利用迷信活動維護統治階級切身利益，為統治者說教和服務的“巫”。巫的手段，本來是以能夠溝通天人並代表鬼神發言，但有些巫同時也竊取了廣大勞動者創造的醫藥知識財富，而兼管起醫藥治療的事務。這在殷墟書契中“醫字或作毉”可證明這種“醫、巫”混雜的局面。又如：《山海經·海內西經》 :“開明東，有巫彭、巫抵、巫相、巫陽、巫履、巫凡皆操不死之藥以距之”，是有六巫；而《山海經·大荒西經》 :“大荒之中， 有山名豐沮玉門，日月所人，有靈山巫咸、巫即、巫盼、巫彭、巫姑、巫真、巫禮、巫抵、巫謝、巫羅十巫，從此升降，百藥爰在”；合而計之，是有十六巫。然而其中，能確指為醫的，只有巫彭、巫咸二巫。如《說文·工部》：“古者，巫彭初作醫”，《呂氏春秋·審分覽》 :“巫彭作醫”；《世本》 :“巫咸作醫”， 同上：“巫咸，堯臣也，以鴻術為帝堯之醫”等，都可證明巫同時兼醫。
祖國醫藥學的發展，經過夏商進一步的積累，經驗日趨豐富，到了春秋時期，已漸向成熟發展，在春秋時期之前，醫學與巫術是不可避免地並存著，同時也是不可避免地鬥爭著的。從春秋中葉起，社會已孕育著新舊勢力的更替，人們從實踐經驗中認識到天命鬼神的虛幻無憑，逐漸對神權產生了懷疑。在許多領城裡，都出現了否定天命鬼神的事例，如齊國大旱，齊景公想向山神、河伯那裡求雨而問使臣晏嬰，晏子當時回答說：“山以石為身，以草木為發。天久不雨，發將焦，身將熱，山神不願下雨嗎？河以水為國，以魚鱉為民，天久不雨，國將亡，民將滅，河神不願下雨嗎？"齊景公聽了也只好作罷。
這時，在意識形態方面，作為否定天命鬼神的陰陽五行學說也有了進一步的發展。如《周易·繫辭》中的“一陰一陽之謂道”，意味著天是按照一陰一陽的規律發展變化著，只要掌握住道(規律)，天是可以理解的，所以在《周易·乾卦》裡又說：“先天而天弗違，後天而奉天時”，實足說明在這裡已摒棄了天道不可知論了。至於五行學說，到了西周末年，史伯則又在《尚書·大禹謨》：“六府(水火金木土谷)”和《洪範·五行》的基礎上，發展成“以土與金木水火雜，以成百物”了。至春秋時，宋國子罕則謂：“天生五材(指金木水火土)，民並用之，廢一不可”，則是認為金木水火土這五種物質，是人類生活中不可缺少的東西，認為它是構成萬物的基本因素了。以上這些，說明他們都在試圖按自然界的本來面目說明自然。這一切，也都為醫學對巫術的鬥爭提供了有力武器和理論依據。
在這一時期，直接反映巫醫之爭的事例如齊景公病，想求神保佑。晏嬰認為：“ 疾病是由生活不謹慎引起，求神是無用的”。再如，鄭國子產，亦認為“疾病是由飲食哀樂所成，與鬼神無關”，而春秋末年的孔夫子，畢生不談“怪力亂神”，並且在疾病將死的時候，還拒絕了弟子子路“請禱”。這都說明了當時人們對鬼神致病的觀念已經發生了動搖。
其它再如反映在病因上的秦醫和的“六淫致病說”；在診斷上的《周禮》“以五氣、五聲、五色視其生死”，在治療上的《周禮》“著藥、 颳去膿血、去其腐肉”，以及對疾病施用攻、養、療、節諸法。這一切，說明醫學已經戰勝巫術並自成體系地獨立存在；那麼，專職醫生的登場、周代醫事制度的建立與健全、醫學的分科、全都是醫學與巫術鬥爭勝利的結果。
由於在我國曆史上，醫、巫混雜的時間比較長，直到西漢末楊雄的《太玄·恆卦》中：“上九疾，其疾，巫醫不失”，仍在反映著這種事實；因而我國資產階級醫史學家為它所迷感，同國外醫史家一樣地把本末倒置了。須知，迷信產生於愚昧和無能而聽命於鬼神，科學則是智慧和勞動鬥爭而改造世界，豈能混而一之呢？
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