1994年，球隊獲得首屆職業化頂級聯賽亞軍。季中，球隊客場6-1大勝上海申花隊，創造了球隊聯賽客場贏球紀錄。
1995年，球隊將二隊出售，此後成績逐年下滑。
1998年，受球員轉會及球員儲備不足等因素影響，球隊在甲A聯賽中名列第14，排名墊底，第三次從頂級聯賽降級。該年中國足協舉辦首屆全國U-23足球錦標賽，二隊奪得冠軍。
1999年，太陽神集團與廣州市體委續簽5年合約，在甲B聯賽中獲得第八。
2000年，球隊在最後一輪面對保級直接競爭對手取勝，艱難保級。
2001年初，太陽神退出，浙江的吉利集團贊助球隊，廣州足球歷史上第一次由省外企業接盤。球隊的情況開始好轉並在該賽季取得第四名的成績，但未獲得升級資格，吉利集團於是也退出了贊助行列。
2002年，廣州足球隊由廣州市足協託管，並由廣州市香雪製藥有限公司冠名，球隊冠名為廣州香雪製藥足球隊。由於該年取消聯賽升降級，球隊遂以鍛鍊新人為目的，最終獲得聯賽倒數第二，由於該年沒有升降級，仍留在甲B。
2004年，廣東日之泉集團入主球隊，並由廣州中一藥業冠名，球隊冠名為廣州日之泉中一藥業隊。
2006年初，廣州醫藥集團有限公司以90%股份與廣汽集團、蘿崗區政府與廣州足球發展中心四家為股東成立股份制“廣州醫藥足球俱樂部”。聘任名帥戚務生執教。
2007年，球隊提前三輪升入中國足球超級聯賽，時隔9年第四次升入頂級聯賽，並獲得當年甲級聯賽冠軍，時隔26年再度獲得次級聯賽冠軍。
2008年，球隊冠名廣州醫藥中一足球隊首次征戰中超聯賽。賽季中，球隊在客場0-6大比分輸給長春亞泰隊，創造球隊職業聯賽最大比分失利紀錄。最終以10勝10平10負第9名的成績完成賽季。
2009年，球隊冠名廣州醫藥白雲山足球隊。同年底，在中國足壇打黑風暴中被揭發曾經在2006賽季先後兩次參與打假球，球隊被處罰，降入中甲聯賽。球隊第四次從頂級聯賽降級。
2010年初，廣藥集團正式退出，股權轉讓給廣州市足球發展中心，俱樂部暫時由廣州足協託管。
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