1994年，球队获得首届职业化顶级联赛亚军。季中，球队客场6-1大胜上海申花队，创造了球队联赛客场赢球纪录。
1995年，球队将二队出售，此后成绩逐年下滑。
1998年，受球员转会及球员储备不足等因素影响，球队在甲A联赛中名列第14，排名垫底，第三次从顶级联赛降级。该年中国足协举办首届全国U-23足球锦标赛，二队夺得冠军。
1999年，太阳神集团与广州市体委续签5年合约，在甲B联赛中获得第八。
2000年，球队在最后一轮面对保级直接竞争对手取胜，艰难保级。
2001年初，太阳神退出，浙江的吉利集团赞助球队，广州足球历史上第一次由省外企业接盘。球队的情况开始好转并在该赛季取得第四名的成绩，但未获得升级资格，吉利集团于是也退出了赞助行列。
2002年，广州足球队由广州市足协托管，并由广州市香雪制药有限公司冠名，球队冠名为广州香雪制药足球队。由于该年取消联赛升降级，球队遂以锻炼新人为目的，最终获得联赛倒数第二，由于该年没有升降级，仍留在甲B。
2004年，广东日之泉集团入主球队，并由广州中一药业冠名，球队冠名为广州日之泉中一药业队。
2006年初，广州医药集团有限公司以90%股份与广汽集团、萝岗区政府与广州足球发展中心四家为股东成立股份制“广州医药足球俱乐部”。聘任名帅戚务生执教。
2007年，球队提前三轮升入中国足球超级联赛，时隔9年第四次升入顶级联赛，并获得当年甲级联赛冠军，时隔26年再度获得次级联赛冠军。
2008年，球队冠名广州医药中一足球队首次征战中超联赛。赛季中，球队在客场0-6大比分输给长春亚泰队，创造球队职业联赛最大比分失利纪录。最终以10胜10平10负第9名的成绩完成赛季。
2009年，球队冠名广州医药白云山足球队。同年底，在中国足坛打黑风暴中被揭发曾经在2006赛季先后两次参与打假球，球队被处罚，降入中甲联赛。球队第四次从顶级联赛降级。
2010年初，广药集团正式退出，股权转让给广州市足球发展中心，俱乐部暂时由广州足协托管。
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