芽孢和光合，芽孢類型的產品水產上用的是最多也最廣泛，這並不是因為芽孢一定比光合好，這是為什麼呢，從2個角度來看，第一站在生產者的角度，芽孢桿菌產生孢子容易，好保存好運輸，關鍵是產生孢子的工藝簡單成本低，只要是稍微有生物技術的人再加上設備，隨便就可以投辦一個廠，註冊一個商品，生產產品。第二，站在養殖戶的角度，活化使用簡單，買來產品以後，打開包裝，加水活化就可以，大部分正規廠家的產品說明都是要求加水活化的，而且是要求充氣活化。在這兩點上，光合細菌是完敗的，所以市場上光合的佔有率以及普及程度都沒有芽孢高。
對於商家，生產出光合來是非常簡單的甚至比芽孢更簡單，關鍵是保存，這個和活藻的保存是一樣的，如果是直接以液體活菌的方式保存，其活力從出廠到使用的這一段時間，隨著時間的延長，其活力會降低到非常微弱，這點，我做過實驗，選不同品牌的商品菌做種源，接種在合適的培養基和條件下培養，有的品牌無法培養起來，有的則是經過長達半個月的時間才生長起來，那麼這個時候有人就會說，某某品牌的光合細菌非常的好，5公斤的一桶40元，一畝用1公斤下去藻類馬上死了，水變清了，嘿嘿，你見到的是水變清了，藻類也確實死了，但是你以為你用的就是真正的光合細菌？因為他是大品牌，所以你深信不疑不信，你做實驗，看你用的這種，能不能在光合培養基上面培養起來？？於養殖戶來講，大部分的養殖戶用什麼產品都是有市場決定的，市場則是由商家決定的。從這點來說光合細菌當然就無法被廣大的養殖戶所接受，其二，自己做培養基培育光合，確實是比較繁瑣，不比芽孢那麼來的簡單。
EM菌，說到這個EM菌，如果單從調水的作用上，我是不會提到他的，說到他，不是因為他真正多有用，而是他確實就像神話一樣籠罩在很多養殖戶心頭，不過這個神話是由市場編造的，真正的好的EM菌在內服的功能是不可否定的，特別是在家畜養殖上，但是也絕對沒有神話中說的那麼厲害，我想這點用過他的養殖戶最有發言權。那麼在水產調水上，我想說的是，調水要的是活菌，EM菌到底是活菌還是活菌產物。每一種類型的細菌都有不同要求的條件，比如芽孢需要氧氣，光合需要光能，放線菌光合菌適應偏鹼性條件，乳酸酵母適應偏酸性，而且各種細菌之間的拮抗作用更是複雜多元，大家對照下，現在很多的所謂的EM都是教大家，簡單的用種加紅糖密封發酵，嘿嘿，真是太幼稚了，真正的EM菌，確切的說是活菌代謝產物，而不是活菌。
那麼這個時候一定又有同學說，某某品牌的EM菌 乳酸菌，用於水體，用量少，效果好，這個時候，我又想說，你以為的你以為乳酸菌和酵母菌就不說了，和EM一樣內服功能強大，至於調水作用，瞭解下汙水處理方面的知識，你看有沒有哪個數據資料顯示，用這些菌做生物汙水處理的。再就是你去了解下這有沒有哪個是從水體環境去富集分離這2種菌的。從這點可以說明，乳酸和酵母於水體的定植力是非常微弱的。那麼最後說說芽孢和光合調水的功能和特性，簡單來說，芽孢來的快去的也快，光合來的慢，但是維持持久，於水體的定值力比芽孢要強，為什麼這麼說呢，兩者其實都是水體中的原始土著菌，都可以從池塘水體環境中富集到，但是兩者的區別就在於，芽孢典型的異養菌，對水體營養條件要求高，所以當池塘富營養化條件理想的時候，大量的芽孢桿菌繁殖和代謝有機物和耗費氧氣，淨水的時候，其水體的可被芽孢利用的營養物質也被消耗殆盡，這個時候，芽孢會以孢子的形式出現，孢子是沒有任何淨水力的，所以說，芽孢來的快去的也快，而光合則是典型的光能自養生物加兼性生物，是一類以光作為能源、能在厭氧光照或好氧黑暗條件下利用自然界中的有機物、硫化物、氨等作為供氫體兼碳源進行光合作用的微生物。光合和藻類的生態位置很接近，由於對養分的要求相對寬鬆，（光、無機養分、無光、有機養分）所以能很好的以活菌的形式而且光合也必然是活菌的形式定植於池塘。
對於使用後的效果，兩者之間也是不同的。芽孢作用於有機質積累多的池塘迅速轉化有機物為無機養分，（大部分的異養菌代謝過程都是這樣），這時水體無機養分迅速升高，透明度會有所變高，此時如果水體藻類基礎良好，天氣也正常，那麼水會迅速變肥，其實先不要定論是否變肥，只能說藻類大量生長，水質變濃，如果是有益魚魚類增值的藻類可以說是變肥，反之，則只能說變濃。如果此時水體藻類基礎差，或是下菌後又恰好遇到陰雨天，那麼此時，必然會氨氮亞鹽升高，如果不開增氧，水質會更加不適應魚類生長，所以也是為什麼有的養殖戶用了芽孢發生死魚。即是偶然也是必然。光合用於水體以後，如果是養殖前期，池塘的積累不多或是上年的積累物質水溫沒有起來，沒有被釋放，這個時候用光合以後特別是大量用以後，和藻類爭奪營養，藻類會很快被抑制，迅速把水變清，這點絕對不是我們養殖戶所喜歡的結果，所以說，前期用光合，可以少量，或是和結合無機肥一起使用，和無機肥配合使用是比較好的途徑，可以把簡單的廉價的肥料轉化為營養豐富的浮游生物，對雜食性特別是濾食性魚類。單獨的無機肥往往只是把水變濃，而不是真正的變肥。那麼，養殖中後期，特別是精養池塘，池塘每日投入變多，加上池塘底部大量的積累物質在溫度起來以後迅速被異養菌分解釋放為無機養分，這個過程就和芽孢分解轉化過程是一樣的了，這個時候用光合，量就可以適當加大，至於還需不需要配合無機肥，就要看實際情況，靈活掌握了。最後，本著一個從事養殖一線的我，告訴大家，不要想今天用這個菌，明天又用那個菌，就普通調水來說，堅持用好芽孢或是光合就夠了，你看哪個省錢就用哪個，普通養殖一定要控制成本，減少折騰。好多的養殖戶就是喜歡瞎折騰。累了人不說更賺不到錢。
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