在《我的陰陽兩界》中，陰陽之別是一個重要的分界標誌 ，王小波採用眾多意象，勾勒出王二和妻子小孫分處陰陽兩界的生活：王二蝸居地下室，生活在黑暗中；而小孫住在地上，代表光明的一面。
為表現這種差別，作者耗費大量筆墨來渲染小孫的“陽”：她皮膚白皙，衣服潔淨，沒有一絲灰塵。這樣一位沐浴在陽光下的女性，為了治療王二的陽痿搬到地下室，主動邁向“陰”。
想來也有趣，雖然各自象徵著陰陽，光暗兩種元素，王二和小孫所處的位置卻和他們的性別完全顛倒：王二是男性，卻陽痿，多年來活在黑暗中，此為陰；小孫是女性，本該為陰，卻站在陽的一方。
陰陽相互顛倒，正如當時社會大環境，王二因患陽痿被醫院的同事視作異類，終日隔絕在自己的小世界裡。
在傳統文化中，男性是“陽”的象徵，王二的陽痿象徵著他從陽到陰的的轉變。“地下室”代表封閉、黑暗，即為“陰”，它被用作雜物房，也隱射著王二社會邊緣人的地位。而他房門前擺放的一甕切除了陽具的人體標本，也對王二的陽痿現狀有所意指。
小孫治好了王二的陽痿，他們兩人的結合象徵陰陽調和。在老莊哲學中，世界本原為“道”，所謂“道生一、一生而、三生萬物”，陰陽由太初的混沌分化而成，小說中有一段小孫騎王二的情節， 騎在王二脖子上的小孫驚訝於兩人的嚴絲合縫，曾驚歎
王二，這感覺非常奇怪！好像是我把你生了出來！
這段話其實不無道理，故事最後，小孫成功醫好了王二的陽痿，讓他迴歸正常人行列，這種轉變可被視作由“陰”回到“陽”，獲得“新生”。依這層含義，小孫的確把王二“生”了出來。
從陰到陽，自然也有從
陽到陰。二十年前的王二還是一個健壯的青年。小說在敘述中穿插著主人公二十年前的經歷，當時王二的鄰居李先生就是活在“陰”裡的人，雖然他沒得陽痿，但已逐漸走向衰老，四十來歲的他的“屁股像個風乾的蘋果，皺皺巴巴的”，暗示青春年華逝去。實際上，李先生就是未來王二的投影，他們間年齡相差二十歲，時光荏苒，二十年後的王二，也到了他初遇李先生時的年紀，都變為社會的邊緣人物。
李先生花了大半輩子研究西夏文來證明他比大家都聰明，當他最終研究出成果，準備發表的時候，卻因自己並不屬於組織，而被集體排斥；王二因為得了陽痿，被周圍的人指指點點，只能逃到地下。
性分為兩種，一種討人喜歡，還有一種叫人討厭，十多年前的王二並不懂這一點，想的只有得到，所以當他看到前妻那“皺皺巴巴的大褲衩”，就“軟”掉了。
陰與陽的分界，也是“我們”與“他們”，有趣與無趣的分界。人生該是個尋找有趣的過程。在李先生看來，研究西夏文是有趣的，他為之努力了大半輩子，最後只落得孑然一身；對王二來說，翻譯Story of O就是件有意思的事，漫長的寂寞能給予他做任何事的自由——直至遇到小孫。
小孫給王二帶來了久違的白晝，令平淡如水的生活產生透出幾縷鮮活氣息，她將王二領到了燈光下。
小孫活在燈光下，而王二隻能待在陰影裡，他們之間原本涇渭分明，沒有融合的可能。但別人的阻撓反而促成他們的結合，為治好王二，小孫原打算先和他結婚，等治好了就立馬離婚，完成自己的研究。但他們的結婚申請卻被院裡的領導駁了回來。
書中曾提到湯恩比的歷史哲學，說人類歷史分為陰陽兩個時期，分別象徵著人類的原始狀態與文明時期，文明的出現令人類邁向陽的一面，所有的煩惱就由此而起。
陽代表了硬，指現代文明，由於婚姻涉及到分房問題，必須控制結婚人數，因此王二和小孫結婚的舉措被院裡領導百般阻撓。
兩人原本一陰一陽的分立因為結婚問題轉化為個人和群體的對立，王二和小孫變成了“我們”，聯結在一起，從而導致兩人的結合。
王二是幸運的，他遇到了小孫，見到“好的東西”，最終被“治”好，由“陰”重新遁入“陽”。但黑暗的另一邊不是什麼天堂，走向光亮處的王二還得為工作奔波。他被群體重新接納，過著平凡而又單調的生活。
《我的陰陽兩界》裡，“再過一百年”這句話反覆出現，一百年後北京城北京人究竟如何，我們無處知曉，在王小波的筆下，王二的北京籠罩在灰濛濛的煙霧中，模糊而遙遠，這座城市裡發生的一切猶如霧裡看花，讓人分不清現實與虛幻。
徘徊在陰陽之間的，絕不僅有王二一人。
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