在歷經了革命洗禮之後的英國，伴隨著斯圖亞特王朝的復辟也進一步宣告了其封建時代已進入到最後階段。這一階段的英國既夾雜著政治經濟上的革命色彩，又殘留著濃厚封建專制的味道。同時，這一特殊時期的宗教政策也因時事變化而呈現出鮮明的獨特性。
一、斯圖亞特王朝早期，統治者們對於宗教的不同態度為英國的宗教鬥爭埋下了導火索
16世紀的宗教改革從亨利八世開始，經過愛德華六世的激進和瑪麗的反動，到伊麗莎白時期得到改善，基本確立了國教在英國的統治地位，成為英國曆史上劃破黑夜的閃電。
蘇格蘭王詹姆斯六世入主英國後，龐大複雜的宗教背景讓他深切意識到國教對於鞏固王權的重要性。他像都鐸王朝的歷任君主一樣把國教視作君主制的強大同盟者。因此，英國國教便全力支持國王為“教會首腦”。
詹姆斯一世堅持他安立甘教首腦的立場，在1604年發佈公告禁止天主教神父的一切活動，並對拒不參加國教儀式的天主教徒制定了嚴厲的懲罰措施。面對窘迫的局勢，天主教徒密謀實施“火藥計劃”以摧毀王室，乘機奪權。不料計劃敗露，遭到議會下達的“叛逆”者法令的謀殺。
詹姆斯一世在其統治期間既不支持天主教，也無意傾向清教。他推行長老會組織與主教制相結合的制度，他委派若干主教抵制民主的教侶會議和評議會。面對清教徒提出的簡化禮節、改革國教的主張，他顯示出堅定的態度。
詹姆斯一世極力宣稱“沒有主教，就沒有國王”。在他執政期間，國教地位得到鞏固，政權也因國教的發展而得到穩定。但將不改信國教的清教徒一律驅逐出境的法令極大激怒了清教徒，並由此產生了更為激進的浸禮宗。
英王詹姆斯一世的兒子查理一世繼位後出於對亨利八世及伊麗莎白等創造的革新宗教的崇拜，他不僅給予天主教以自由權，更是重建了一個少數派——阿米尼安派，其宗教信仰與天主教幾近相同，並且推行了一系列具有天主教色彩的宗教政策。
但是長期對天主教的縱容和天主教徒的增加，也引起了議會的普遍不滿。這一時期，英國的反清教傾向日益加劇，並在全國範圍內開展清洗清教徒的運動。大批清教徒遭受高等法庭的審訊，甚至為逃避迫害，留之海外。對清教徒的大肆破害，掀起了清教運動的高潮，激化了封建王朝與清教徒間的矛盾。
二、斯圖亞特王朝在社會各種政治力量的妥協下成功復辟，矛盾的宗教政策貫穿於查理二世統治的25年間
自17世紀清教運動盛行以來，英國國內的清教徒、國教徒以及天主教徒之間的分歧愈加激烈，且各教派之間的矛盾也由於國內政局動盪而更顯尖銳。
此時，對於統治一個剛剛復辟的政權來說，最重要的就是要將因宗教矛盾而分歧的國民重新團結起來。因此，新上任者查理二世便不得不採取了促進英國國教與長老派宗教達成協議的方法。
查理二世對所有維護國家安定的教派的寬容和自由政策，實則延續了克倫威爾護國政府時期的做法。他授予一些溫和的少數清教徒以主教的職位，甚至要求給予他們以召開宗教會議的自由。
復辟後，從形式上看，國教恢復了原有的地位，主教和教會法庭都恢復了。但從查理二世即位後一直持續地採取溫和的宗教舉措來看，教會的地位遠不如從前。
或許在查理二世統治的25年間同大多數非國教教徒的關係在政治上是穩定的，地方官員也極少是非國教徒。但他又對非國教徒採取殘酷的壓制措施。在看似寬容的背後，恰恰隱含著這位國王在對待宗教問題上的矛盾性。
此後，頒佈的一系列法律法典，使得英國人民在宗教信仰上產生了分裂。本來想推動英國國教實現對宗教事務的壟斷，卻反而使之處於與幾個派別互相敵對的地位。
三、詹姆斯二世即位後採取極端的宗教政策引發了嚴重後果，“光榮革命”由此爆發
詹姆斯二世巧妙地利用了查理二世因順應逆境和奉行屈辱的外交政策為斯圖亞特王朝取得的勝利。他的即位似乎振興了他所維護的天主教等在英國以衰敗的事業。為了使自己能成為名副其實的國王，他要在思想上使全體人民重新昄依天主教，他就必須要全力徹底清除新政勢力。
如果說查理二世是一個現實主義者，那麼詹姆斯二世則早已堅定了他極端的政治統治態度。他是英國國教會的最高統治者，他擁有必要時可以行使的最高權力，更甚的是，他還是虔誠的天主教信仰者。因此，出於對天主教的忠誠與熱愛，以及想全面恢復天主教的迫切想法，在他即位後，便立即對清教徒進行更加血腥的迫害，掀起了大規模地迫害蘇格蘭新教徒的宗教迫害運動。
“繼續維持按法制創建起來的現存的教會和政府的統治，”這是詹姆斯二世即位後的第一句話，可時隔半年，他就多次鎮壓人民起義，更是在無形中把恢復他的精神支柱——天主教的計劃提上日程。
期間，他無視《宣誓法》，任命天主教徒擔任高級文武官職，大力推行天主教義，試圖恢復天主教的合法地位。一系列自以為是的行為，為“光榮革命”的爆發埋下了禍根。
四、光榮革命標誌英國宗教鬥爭走向衰亡，同時人民的權利得到了保障，英國也實現了從神權政治向世俗政治的轉變，這種質的轉變促成了英國主權的產生
17世紀早期，宗教政策一直體現著斯圖亞特傳統的“君權神授”思想，因此政府在宗教方面的各種政策都是為君主專制統治服務的。但是，這種“寬容”政策的推行卻在無意中激化了議會反對派與君主制之間的矛盾，並最終點燃了革命的導火線。
復辟時期的宗教政策對斯圖亞特王朝早期和克倫威爾時期的宗教政策都有一定的借鑑和延續。但是，處在特殊歷史時期的宗教政策因時事變遷也有自身的特點。
查理二世的“寬容平和”與詹姆斯二世的“血腥極端”傾向雖有不同，但也都是在英國當時的政治經濟基礎之上所採取的必要舉措。總之，一定時期的文化是一定時期的政治經濟的生動反映，是對前代政策的漸進發展和適應調整。
查理二世與詹姆斯二世都進行過迫害清教徒的運動。查理二世頒佈法典剝奪清教徒的官職，詹姆斯則直接通過武力鎮壓來清除清教勢力。儘管如此，在這一時期，英國的君主也在一直試圖化解各教派之間的矛盾，並獲得了一定的效果。
譬如查理二世發表《佈列達宣言》和《伍賽斯特宣言》，推動了國教與非國教之間的融合相處。詹姆斯二世上臺初期，也曾延續過查理二世的相關舉措，努力讓各派達成共識。
承認各派的合法地位、授予國教徒與非國教徒職位、與新教國家聯姻等一系列寬容政策使得這一時期雖然仍教派林立，但英國的宗教分歧卻有所緩和。
復辟時期，王位繼承權因宗教信仰問題而曾一再發生爭議。查理二世掌權後期和詹姆斯二世時期的宗教政策也因王位紛爭而成為17世紀後期社會的矛盾焦點。
由於不同於以往以血緣和身份來決定王位繼承歸屬，這時宗教信仰的限定就為國家的政治穩定和對外關係的處理提供瞭解決方案。同樣，伴隨著政治民主化的發展，宗教信仰也朝著寬容的方向轉化。
英國的宗教問題往往與其政治力量、各方利益緊密相連，而在斯圖亞特王朝復辟時期的宗教政策表現得尤為顯著。極強的政治針對性，一直影響著英國憲政的發展。暴君政治和天主教是王權統治的外衣，前者是對人民自由權利的侵犯踐踏，後者是對民族利益的直接傷害。不計後果地重塑天主教權威，最終宣告著暴君政治已走到歷史的盡頭。
1688年的光榮革命不僅是英國革命的完結篇，也是英國宗教改革發展史上宗教鬥爭衰亡的重要標誌。從此，人民的權利重新得到保障，“自由”成為英國憲政中不可分割的重要組成部分，英國也實現了從神權政治向世俗政治的轉變，這種質的轉變促成了英國主權的產生。
同樣，這一轉變也為後來的革命與政治民主化發展奠定了自由民主的基礎。可見，宗教在時代的潮流下朝著更加寬容多元和方向一致的道路發展，更是在推動著英國曆史前進的過程中發揮了無可替代的重要作用。
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