德国人对战略轰炸的研究早在二战开始之前就已经开始了，德国人也曾设想过通过重型轰炸机远程奔袭敌人后方，通过无休止的轰炸来破坏敌人的有生力量。德国人不是没有重型轰炸机，但他为什么没能出现在人们的视野中，其中有着很多曲折。
1935年德国公然宣称将重建新的德国空军，当时的德国空军办公室主任沃尔特·韦弗尔将军要求组建以4发轰炸机为主力的战略轰炸机部队。他的思想在很大程度上受到意大利杜黑将军《制空权》论的影响，韦弗尔和杜黑一样，认为重型战略轰炸机部队在战争中将起到决定性的作用，在德国空军内部，这种观点可算异类。而当时在德国，只有道尼尔和容克斯公司有能力设计和制造重型轰炸机。两家公司因此得到德国空军部授予的研制重型轰炸机的合同，受命各自建造两架原型机。
Ju89V1正在进行实验这是第一架进行正式试飞的德军重型四发轰炸机
道尼尔公司的设计方案受到了Do-17的影响。容克斯公司方面，首席设计师恩斯特·岑德尔决定以Ju-86作为技术蓝本。这可能是一个重大的失误，因为Ju-86从没得到纳粹空军的认可。
但无论是道尼尔，还是容克斯，在研制重型轰炸机方面都面临同一个障碍———动力系统，或者简单的说，当时德国的发动机生产商还不能提供可靠的高性能大功率发动机。最终，道尼尔公司选择了布拉莫公司的322型发动机，容克斯公司则选择了新的戴姆勒-奔驰DB-600A发动机，最大输出功率为960马力。布拉莫-322的前身SAM-22B在亨克尔He-46上使用时已经显示出其原始设计的缺陷—运转过程中存在严重的振动问题，安全性值得怀疑。而容克斯公司看中的DB-600A则受到DB-601发动机生产的冲击，在戴姆勒-奔驰公司内部处于非优先地位，进展缓慢。对于容克斯来说，最好的选择可能是他们自己研制的最大输出功率为1075马力的新型Jumo-211A发动机，但它当时刚刚投产，而且测试中也显示还有某些技术问题没有解决。因此，容克斯公司修改了设计方案，决定以Ju-89V1原型机和V2原型机为蓝本研制新的重型轰炸机。
Jumo-211A发动机，容克公司本想将这型发动机安装到Ju89轰炸机上，但是由于韦弗尔将军的意外身亡计划被搁置
1936年6月3日，韦弗尔将军在德累斯顿附近坠机身亡。此时，道尼尔公司和容克斯公司的4发重轰炸机原型机已经处在制造阶段。韦弗尔将军的身故给德国空军未来发展方向带来了深远的影响，是德国空军发展的转折点。他的继任者凯瑟林将军对空中作战没有任何概念，最重要的是，他对战略轰炸致胜论并不感兴趣。他认为德国最需要的是尽快建立一支结构完整的空中力量，而不是耗费时间等待遥遥无期的战略轰炸机研制完成。作为务实主义者，凯瑟林认为战争即将爆发，德国空军必须在最短的时间内装备大量的轰炸机，能达到他的要求的只有结构简单、技术成熟、制造速度快的双发中型轰炸机。甚至4发重轰炸机巨大的燃料消耗也成为凯瑟林反对它的理由。在这样的背景下，容克斯公司和道尼尔公司的重型轰炸机项目前景都蒙上了一层阴影。
这是Ju89正在试飞时的场景，可以看到其巨大的机翼
1936年1月，德国空军对Do-19和Ju一89已基本不感兴趣了。Do-19和Ju-89的最大飞行速度都只能达到290公里/小时，离空军的要求有较大差距；此外，还有一个重要原因导致这两种机型的下马；当时，纳粹空军内部俯冲轰炸机派的意见已经开始占据上风，他们认为德国轰炸机的水平轰炸精确度达不到要求，轰炸机必须具备俯冲轰炸能力。这样的要求对于4发重轰炸机而言几乎是不可能达到的。
1936年12月Ju-89V1原型机完成了它的首飞。飞行测试过程中，容克斯公司又对其气动外形做了部分修改，如扩大了尾翼面。1937年初，Ju-89V2原型机制造完成并安装了DB-600A发动机。第三架Ju-89也已开始建造。Ju-89V1/2原型机的评估工作进展顺利，测试结果表明Ju-89的性能可以达到当时的标准水平。如果安装上功率更大的发动机，该机的性能还有更大的提升空间与同时代美国波音公司的B-17对比，可以发现后者性能明显优于Ju-89。然而，1937年4月29日，在戈林的命令下，Ju-89/Do-19项目被彻底中止、没有利用原型机进入生产准备阶段，也没有通过安装适合的发动机加以运行。而德国空军发展方向开始转向研制具备俯冲轰炸性能的新重型轰炸机上，这在当时技术背景下，这几乎是不可能完成的任务。
两架Ju-89原型机保留了下来作为容克公司进行试验的母机，特别是作为后续机型Ju-90的测试平台。两架原型机在测试中表现出很好的性能，事实上，Ju-89V2原型机在1938年6月4日和8日创下了2项飞行高度世界纪录：5000公斤载荷情况下达到9312米的飞行高度，在10000公斤载荷下飞行高度达到7242米。岑德尔则被批准使用Ju-89V3原型机的部件和机体来建造大型商用客机。这样，Ju-90V1原型机在被毙掉的Ju-89项目上诞生了。
Ju89V1正在服役，其参加了之后入侵挪威的战役，作为运输机运载武器弹药，之后就再也没有这两架飞机的消息了
战争爆发后，所有的Ju-89都被德国空军征用，作为运输机参加了对挪威的入侵。这些飞机都在这次行动中损失掉了，因为之后的行动中再也找不到它们出现的身影。
1939年初，德国军方再次对远程海上巡逻机产生了兴趣，主要的需求动力来自德国海军，德国海军希望其未来在大西洋的行动中能够得到远程作战飞机的掩护。为此，福克·武尔夫公司被要求在Fw-200客机基础上改进研制海军用远程作战飞机。德国空军同时还要求建造双发的He-177，但必须具备俯冲轰炸能力。然而，它一直没能完全达到这一标准。
He177型重型轰炸机，由于德国空军过于苛刻的要求，使得其在设计中也漏洞百出，直到战争结束也未解决
早在容克斯公司进行Ju一89研制项目期间，德国汉莎航空公司就对其产生了浓厚兴趣，希望将它作为运输机使用。1935年，德国空军作出决定：容克斯公司在完成Ju一89V3原型机建造后须将其转交给汉莎航空公司，供后者做飞行测试之用。这说明，可能在当时，德国空军就已经准备将Ju-89V3作为纯粹的运输机项目发展。1937年4月，德国空军放弃了Ju-89项目。而汉莎航空公司在1936年初提出了对大型客机的需求，要求客机最多可搭载40名乘客，巡航速度300公里/小时，航程2000公里。容克斯公司很快以Ju-89V3为技术蓝本，完成并递交了设计方案，其中机翼、气动控制面和起落架直接从Ju-89上照搬过来，未作任何改动。但机身结构完全重新设计。新的方案被定名为Ju-90。
1936年4月，Ju-90V1原型机开工建造。由于部分部件来自建造了一半被停下来的Ju-89V3原型机，因此Ju-90V1的工期比较短，只用了16个月，原型机就开出了组装车间。绰号“德绍的大家伙”，动力系统为4台戴姆勒一奔驰DB-600A1发动机，单台最大输出功率1050马力，持续输出功率为800马力。Ju-90采用了现代化的铝合金承力蒙皮结构，机翼后缘安装了缝翼。
Ju90继承了Ju89的一些设计，但针对Ju89的缺点进行了一定的改进，另外该机作为运输机对机身进行了改造
1937年8月28日Ju-90V1原型机进行了首飞，试飞员是齐默曼上尉。飞行测试显示飞机设计没有重大问题，只是垂直尾翼面积需要加大。另外，它们适合空气动力学的平衡，使操作更容易。Ju-90V1原型机也在试飞中创下了两项飞行高度世界纪录：5000公斤载荷条件下达到9312米的飞行高度；10000公斤载荷下升限达到7242米。
DB601发动机，是Bf109的心脏，由于要保证这型发动机的产量DB600计划被搁置了
但和Ju-89一样，Ju-90项目也命途多舛。第一个打击来自于由于带有燃油喷射装置的DB-601发动机获得了奔驰公司的内部生产优先权，原因是DB-601是德国空军部批准的Bf-109战斗机专用动力系统，在生产上拥有绝对优先权。因此，DB-600的测试.生产、改进都被搁置。所以，接下来的两架Ju-90V2原型机和V3原型机不得不改装BMW-132H发动机，这种发动机最大输出功率只有880马力，持续输出功率560马力。安装BMW-132H发动机的Ju-90被称为Ju-90B，小批量生产了10架，由于发动机的缘故，它们显然不能表现出令人满意的性能。但汉莎航空公司只收到了订购的8架Ju-90B中的4架，其余4架被德国空军拿走了。南非航空公司订购了2架安装BMW-132H发动机的Ju-90B。但随着战争爆发，合同中止。
作为客机的Ju90，其拥有出色的航程和承载量，但也因为发动机的无奈，未能达到设计要求
对汉莎航空公司的第二个打击更严重：Ju-90V2原型机在1938年5月交付汉莎航空公司，随后飞往非洲接受远程飞行及热带环境测试。1938年11月21日，在一次恶劣气候条件下起飞时，飞机一侧的2台发动机同时失灵，飞机坠毁在巴瑟斯特。汉莎航空公司3名最好的飞行员在事故中遇难。只有3名机组人员幸免。
由于Ju-90B的性能难以令人满意，容克斯公司最后又制造了第四架原型机——Ju-90V4。相比前三架，Ju-90V4更换了机翼，采用了结构更结实的起落架和功率更大的发动机。新的机翼实际上分为两段：根部和中部为矩形平直翼型；外翼段则为锥形。原计划准备采用BMW-139发动机，但由于BMW-801发动机具有优先权，BMW-139的生产受到影响。随后制造完成的u-90V5原型机就装备了新型BMW-801发动机，起飞时的最大输出功率达到1580马力。除发动机外，V5事实上与V1-V4原型机完全一样。大概是该机的机身结构不能承受重量和推力都有所增加的动力组件，在验收试飞中，飞行员驾驶的飞机空中解体。没人确定到底发生了什么。
BMW-801发动机，该型发动机安装在FW190战斗机上，所以能提供给容克的发动机少之又少
1939年4月，德国空军要求容克斯公司在Ju-90基础上进行进一步发展，研制军用运输机。Ju-90V6和V7成为军用运输机项目的原型。它们被装上了新的机翼和改进过的气动控制面，尾翼部分和起落架设计也做了修改。并在飞行测试过程中按照军用标准完成了整合和调试。在机身地板上安装了液压装卸滑道，可以使得货物装卸更加方便。指挥车、轻型侦察车和轻型半履带牵引车或20毫米高炮可依靠自身动力直接开入货舱，在空中飞行时，装卸滑道也可以开启，便于空投。V6和V7原型机都安装有完整的自卫武器系统，包括1座DL-131炮塔；1个装有MG-15航炮的尾炮位以及1座装在机身下方吊篮内炮塔。此外，在机身中部两处都加装了侧向开火的航炮。
在Ju90基础上进行改造的Ju299型轰炸机，在JU90的设计上进行了局部修改增加投弹仓和自卫武器
Ju-90V7被认为实际上是Ju-290项目的试验平台。Ju-90V7在地中海接受了战火的考验，并证明了它可靠的性能。随后，德国空军又订购了V8原型机。Ju-90V8是作为轰炸机项目发展的，它也被称为Ju-90S。V8在1941年9月首飞。德国空军部此后还订购了2架原型机（V9和V10），但似乎二战开始后，它们的制造工作就停顿下来。直到1941年，德国空军部再次要求容克斯公司继续进行Ju-90运输机的发展，并订购V11和V12两架原型机。
汉莎航空最终提供了12架Ju-90，但只有6架在1939年9月欧战爆发前交付。它们连同后续交付的6架在战争爆发后被德国空军征用。12架Ju-90都参加了挪威的入侵行动，后来，其中的一些回到汉莎航空进行了几个月的商用飞行，但最终，所有Ju-90都加入了德国空军。
其实德国人对于战略轰炸的研究并不比美英等同盟国晚，但受制于战术战略的需要而且自身资源的匮乏，德国人不能像美英那样可以慢慢研究重型轰炸机。这也是德国人最终没有选择战略轰炸的原因之一。这也导致了在战争后期遭到英美轰炸时几乎没有还手之力的境地。
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