内阁之位最早出现在明代，作为朱元璋废除宰相后，辅佐皇帝处理国事的机构，一直延续到了清代。在这个过程中，内阁的地位也在不断地变化，直到军机处的诞生，开始直接对内阁的辅政功能产生影响，清朝也一直保持着军机处和内阁共生的现状。
军机处可以说是皇帝最亲密的直属机构，直接听取皇帝的指令形式。其存在的很大意义，就是为了加强皇权，能够帮皇帝的命令，最直接的执行到位，这里面大有取代内阁的意味。然而，为什么军机处成为中枢机构后，还不能将内阁取代？
在雍正设立了军机处之前，内阁一直都是清王朝的主要国事处理机构，这个机构从明代开始，一直沿用下来。内阁的设立最早能追溯到洪武年间，设置殿阁大学士以后，入直参与机务的，大多是翰林院出身，这就是内阁的最早组成。
当年朱元璋在杀害胡惟庸时，其目的就是为了废除沿用千年的宰相制度，使得权力完全集中在皇帝手中，实现真正的中央集权。然而，在失去宰相后，面对大量的国事奏折，朱元璋一度陷入了困境中。于是他在六部外，设立了一个独立的四辅官制度，成为帮助皇帝处理国事的秘书机构。
直到明成祖时期，才在四辅官制度的前提上进行升级，也开始有了真正的内阁制度。不过，这个时候的内阁仅仅是作为秘书的职能，其品级不高，不具备真正的实权。直到清兵入关后，在沿用了明朝的内阁，并加以升级，成为真正有实权的机构。
既然有了一个辅佐皇帝的内阁，为何还要设立军机处？
军机处最初设立的目的是因为雍正时期，西北战事频繁，由于内阁的主要目的就是审阅奏折，辅佐皇帝执政。面对大量的战争情报，雍正当心泄密，于是设立了军机处，地点在隆宗门，在里面办事的都是满族的亲王和大臣。
《清史稿》：雍正七年，用兵西北，虑泄机密，始设军机房，后改军机处。
不过，当战争结束后，雍正深感军机处的便捷之处，于是将其保留，并改名为“总理事务处”，专门处理皇帝的直属事务。直到乾隆时期，才在乾隆帝的授意下，将其改名回“军机处”。
其实，设置军机处还有另一个作用，因为内阁的权力日益增高，严重影响了皇帝的中央集权。乾隆为了能够更好地控制朝廷，所以将军机处重新启用，目的就是为了平衡内阁的权力，甚至有取代的意味。然而，军机处却并不能真正地取代内阁，甚至与之形成了共生的关系。
因为，军机处在设立之初，就是为了解决皇帝之不便。尤其是，一些关键时刻，皇帝无法直接找到内阁大臣，并要求他们执行政务。这时候，有一个军机处能够直接处理他的指令，是最为高效的存在，所以，军机处一直存在。
明代当时并没有军机处的存在，皇帝想要处理一下加急的事情，只能依靠宦官来执行。这种方式就间接的扩大了宦官的实权，从而出现了宦官乱政的事情发生。清朝为了避免此种情况发生，于是，设立了由满人组成的军机处，成为皇帝的心腹。
《清史稿》：自军机处创设以来，一切承旨书谕及办理各件，皆关系机要，此与前代所称平章军国重事相相仿，非专指运筹决胜而言。
其实，军机处还和内阁一直存在着交集，因为无论军机处处理皇帝的何种指令，最终的奏折依然会回到内阁这边进行审阅。同时，我们仔细翻看清朝历史，凡大学士往往都兼军机大臣，即管理内阁又掌军机处。
可以说，军机处和内阁就是皇帝处理事情的两个职能部门，不过两个部门的处理机密程度不同。不过，组成人员可以相似有重叠。
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【参考文献：《清史稿》】
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