宋元時期是泉州港海外交通史上的黃金時代。據成書於開禧二年（1206年）的趙彥衛的《雲麓漫鈔》記載，當時來泉州貿易的有大食、三佛齊等三十一個國家和地區的商人。而到嘉定十七年（1225年），趙汝適掌管泉州市舶司時，又發展到五十三個國家和地區。到了元代，竟發展到九十八個國家和地區。據史書記載，宋時由泉州進口的香料、藥物等商品達三百多種，出口的商品則有瓷器、絲綢、銅鐵器、糖、茶、酒、川芎、黃連、麝香，落枝幹等幾十種。曾入仕元朝的意大利旅行家馬可·波羅說，泉州港是當時世界最大的貿易港之一。比馬可·波羅晚半個世紀來泉州的摩洛哥旅行家伊本·巴都他也說，刺桐港（即泉州港）是當時“世界最大之港”，他目睹“港中有大船百餘，小船則不可勝數”。這些都是對宋元時期泉州港海外交通貿易極盛景況的讚譽，它反映泉州港商品交易的繁榮，表明當時我國南方的商品經濟已經有較充分的發展。
“中國封建社會內的商品經濟的發展，已經孕育著資本主義的萌芽”。然而，這種萌芽，是在封建主義還佔支配地位的歷史條件下出現的。宋元時期泉州地區商品經濟空前發展。例如居當時出口量第一的、備受海外各國人民所歡迎的瓷器，宋元時泉州所屬各縣都普遍生產。據晉江地區文管會一九七七年的普查統計，古泉州所屬各縣（不包括同安縣）已發現的古窯址共三百六十七處，其中宋元窯址就有一百三十二處，不僅窯數多，而且生產規模也有很大的。倒如一九七六年發的德化縣屈鬥宮窯址，發現了一道長57米，寬2米多，分為十七個窯室的分室龍窯（俗稱“雞籠窯”）的窯基。據有經驗的老窯工估計，這個窯每次可燒製近二萬件瓷器。其生產規模之大，可以想見。其他如紡織業、冶鑄業等，也都是相當發達的。並且出現了某些和農業相分離的手工業生產（如制瓷、焙茶、製糖、造船等），也有了初具規模的手工業作坊（如上述屈鬥宮窯）。此外，當時泉州社會似已有僱傭勞動出現了。象屈鬥宮那樣大規模的瓷窯，從備料、製坯、入窯、燒火到出窯等生產過程中，勢必要僱用大批的制瓷工匠。又如“泉南有巨賈南番回回佛蓮者，蒲氏之婿也。其家甚富，凡發海舶八十艘”。一個商人，就有八十艘海船，不僱用大量的舵工、水手等人員，是不可能的。根據上述情況，我們似乎可以說，宋元時期泉州地區已出現了資本義萌芽的因素了。
到了明代，泉州的社會經濟仍有所上升。特別是桑麻、木棉的廣泛種植，泉州的絲、棉、麻等紡織業都很發達。明王朝於宣德三年（1428年）在泉州設“染局”，遺址在今東街迎春門樓巷內，正統年間（1436－1449年）又在泉州設“織造局”，可見明代泉州的絲綢織染業是很興盛的。其他如瓷器、冶鑄、食品等傳統的手工業產品，也隨著商品經濟的發展而有所發展。泉州在宋元時期已經成為世界性的大貿易港，在我國資本主義萌芽的新形勢下，商業性農業（如種植棉、麻、茶、蔗等）和手工業產品的大部分，更當是作為在市場上交易的商品；特別是絲綢、瓷器、茶、糖、銅鐵器等傳統的外銷商品，更需要運到國內、外市場去進行交易。因此，海外交通貿易本來是應該有與之相適應的發展的。
可是，就在商品經濟越來越發達的明清時期，泉州港的海外交通貿易卻反而走向了衰落的階段。明清時期泉州港海外交通貿易的衰落，表現在下列三個主要史實上：
（一）福建市舶司由泉州遷往福州。泉州設市舶司從宋到明，達三百八十多年之久。到了明憲宗成化十年（1474年），明王朝下令把福建市舶司從泉州遷往福州，這就標誌著泉州港在我國海外交通貿易上地位的下降。事實表明，在明王朝建立一百多年之後，泉州港已由一個國際性的貿易大港，逐步下降為一個地區性的港口了。
（二）漳州月港的興起。明初，民間商人的海上“走私”貿易越來越活躍。當時，官商憑藉封建王朝的勢力壓迫民間商人。因此，宋元時期高度集中管理的後渚港，不適宜於民間商人的“走私”活動。於是，民間商人就採取分散的方式，轉移到官方勢力較薄弱或達不到的地方去活動。這樣一來，泉州灣內的其他各港口，都成為民間商人進行貿易活動的地方，而以安平港為最活躍。到了明中葉以後，更轉移到漳州的月港去進行交易。月港地僻一隅，是官方勢力難以控制的港口，因此，月港雖港道很淺，卻日益繁榮起來，取代了泉州港，成為閩南地區民間商人“走私”貿易的主要港口。
（三）清王朝在廈門設立海關。廈門原稱中左所，是泉州府所屬的同安縣的轄地，是明中葉以後中外商人進行貿易活動的一個新港口。萬曆間（1573-1620）明王朝就在廈門設“商引”以徵收“舶稅”。鄭成功、鄭經據廈門抗清時，與呂宋、日本、交趾，暹羅、英圭黎、萬丹、安南等，都進行海上貿易，康熙二十二年（1683年）清王朝佔領臺灣後，正式宣佈准許福建進行海上貿易和捕魚。康熙二十三年，清王朝正式在廈門設立海關，以“榷徵閩海關稅務”。這一史實，表明了泉州港作為對外通商港口的地位，又為廈門所取代，泉州港的海外交通貿易也更加衰落了。
為什麼在商品經濟比宋元時期已有更高度的發展、需要與國內外市場進行更廣泛交易的明清時期，泉州港的海外交通貿易卻反而由極盛逐步轉向衰落階段呢？我們認為，這是由於當時國內外海上交通貿易的形勢發生了新的變化、而泉州地區又發生了破壞性較大的戰亂所造成的。歸納起來，有以下幾個方面的原因：
（一）西方殖民主義的東侵，使東西方的海上通商出現了新的形勢，影響了泉州港的發展
公元十五世紀以後，歐洲有些國家如葡萄牙、西班牙、荷蘭、意大利等，先後發展成為殖民主義國家，並紛紛向東方擴張，搶佔殖民地，進行資本掠奪。這些殖民主義者表面上掛著做生意的招牌，實際上是在海上大幹劫船奪貨，甚至擄掠人口的罪惡勾當。正如馬克思所指出的，葡萄牙、西班牙等的殖民掠奪，“是用血和火的文字載入人類編年史”。作為中外海上通商大港的泉州，當然也是西方殖民者企圖染指的主要目標。葡萄牙人在侵佔澳門之前，就在明正德十一年（1516年）侵入泉州，設立“公行”，進行經濟侵略，引起群眾的憤恨。到嘉靖二十八年（1549）泉州人民群起搗毀“公行”，把他們驅逐出境。隨後又有荷蘭殖民者入侵泉州，結果也在泉州人民的反對聲中退了出去。
當葡萄牙人佔據澳門之後，繼之而來的西方殖民者也爭相佔奪土地，如西班牙人佔領了呂宋，荷蘭人佔領了印尼。特別是荷蘭殖民者更是野心勃勃，妄想獨佔對中國的貿易。萬曆三十二年（1603年），荷蘭侵入澎湖，要求互市未遂。天啟二年（1622年），荷蘭又據澎湖，犯中左所，進追圭嶼。據《熹宗天啟實錄》記載：“（天啟）三年，閩自紅夷（指荷蘭殖民者）入犯，就澎湖築城，脅我互市……儼然一敵國矣。”天啟四年，荷蘭退出澎湖，佔據我國臺灣，並設立商館。荷蘭殖民者所到之處，恣意剽掠屠戮，受到當地人民的劇烈反抗。如荷蘭殖民者侵入泉州府所屬的中左所時，晉江人王夢熊曾率眾用數十隻小艇，扮成漁船，暗藏火器，運近荷蘭大艦，因風縱火，焚燬荷船十多，荷軍被燒死、溺死的很多。荷軍有個頭目叫牛文來律的也被活捉了。荷蘭殖民者佔據臺灣時，明王朝派鄭芝龍打敗過他們。崇禎六年（1633年）鄭芝龍又在廈門打敗過荷軍，焚燬荷艦五艘，奪取荷艦一艘。到了順治十八年（1661年）鄭成功進軍復臺，荷蘭殖民者戰敗投降，退出臺灣。鄭成功驅荷復臺的鬥爭，得到臺灣人民的積極支援。這是我國人民在近代史上一次反侵略鬥爭的重大勝利。
西方殖民主義者的東侵，使國際上東、西方海上通商出現了新的形勢，對泉州港的海外交通貿易危害極大。宋元時期來泉貿易的外商，最主要的是阿拉伯、波斯商人。到了元末，由於泉州發生了延續十多年的戰亂，許多阿拉伯、波斯商人紛紛歸國。阿拉伯商人本來是亞、歐、非各國商人海上貿易的中介，他們控制東西方海上通商達八百年之久。到了十五世紀歐洲出現了殖民主義國家之後，這些歐洲國家迫切要求突破阿拉伯人的貿易壟斷。與此同時，阿拉伯國家本身也有新的變化，西亞的奧托曼土耳其帝國，控制了亞、歐間的交通，對東西方海上通商加以種種阻撓，迫使歐洲國家不得不另謀往東方的通路。於是，世界航海史上出現了哥倫布發現新大陸、奧斯·達·加馬發現了到亞洲的新航路。整個世界歷史發生了深刻的變化。至此，阿拉伯商人壟斷海上貿易的地位，就被新起的歐洲殖民主義國家所取代了。
東西方海上通商形勢的這種變化，嚴重地影響了泉州港海外交通貿易的發展。具體表現在：（一）航線和貿易主要對象的變化。宋元時期泉州的海外交通的主要航線是通西洋，直達西亞和東非：貿易的主要對象是阿拉伯國家。當時中外海上貿易是以三佛齊為中轉站的。到了明代，由於西方殖民者東侵，泉州的海外交通主要航線和貿易活動的主要範圍，縮小到印度洋及其以東的南洋諸國；貿易的主要對象是呂宋、日本和其他東南亞國家，而以呂宋作為中轉站。明代泉州港的官方海外貿易並且是被限定為“僅通琉球”，呂宋、日本等國家必須假借琉球的名義，才能來泉州進行所謂“貢賚貿易”。清代，泉州港的官方貿易甚至規定只能與國內的鹿港（臺灣）作“對口貿易”；（二）對外海上貿易方式的變化。宋元時期是外國商人（以阿拉伯商人為主）帶著貨物來華互市；而明代則是派出使臣——甚至帶著貨物（如鄭和下西洋），到海外去招徠貿易，進行商業活動的。由於航線、貿易主要對象和貿易方式等起了變化，就使泉州港的海外交通事業，勢必走向衰落。
（二）明清兩代封建王朝對海外交通貿易採取“禁”的政策，對泉州的海外通商事業破壞極大
明以前的歷代統治者對於海外交通貿易，向來都是採取“開”的政策的。唐、宋、元時期對來華貿易的外商更極表歡迎，並給予保護；對他們的商業活動、住居，習俗以至宗教信仰等，都給予尊重、照顧和提供方便。可是，到了明清時期，封建統治者對於海外通商，卻採取了和它們的前代迥然不同的“禁”的政策，具體表現在明初的“禁海”和清初的先“禁海”後“遷界”。
明王朝從洪武四年（1371年）起，多次下令“禁海”，禁止交通外邦；到了洪武二十七年，甚至下令禁止民間使用“蕃貨”，藉以斷絕外貨的銷路。明成祖時，更下令“禁造雙桅海船”，以防止人民揚帆出海。明初嚴禁私人出海貿易，強調海外通商要全由官方主辦。即使對官方貿易，也有種種限制。明王朝雖然宣佈對高麗、三佛齊、琉球，占城等十五個國家的來華互市，實行免予徵稅的待遇，稱為“不徵之國”；但是，就連這些享有免稅優遇的國家，仍然規定種種限制，如只能按照固定的期限、航道和人數，運載限定數量的香藥等物來華互市。這和宋元時期外商可以自由來華貿易，也是大不相同的。明王朝實行這種政策，勢必影響海外交通事業的發展。此外，明初雖在洪武七年（1374年）就在泉州設立市舶司，但泉州被限定“僅通琉球”。雖然其他國家仍然假琉球之名來泉互市，但是這種轉口貿易的做法，總是不利於泉州的海外通商事業的。再說，“海者，閩人之田”。“禁海”等於絕了沿海人民的生路。於是沿海商、民就採取“走私”的形式以反對禁海。這種所謂“走私”的民間海外貿易日益頻繁，並且發展成為明清兩代泉州港海外交通貿易的新特點。
清初的“禁海”和明代的禁止私人出海貿易，在性質、目的和做法上雖各有差異，但是它對海外交通貿易卻同樣產生了嚴重的破壞作用。清王朝的禁海和以後的“遷界”，雖然有國內外的種種原因，但最主要的是為了消滅海上起義的抗清力量。例如為了對付鄭成功領導的抗清運動，清王朝採取的是“武力鎮壓”和“經濟封鎖”兩種策略。“禁海”就是經濟封鎖的手段之一。清王朝認為鄭成功之所以能據廈、金兩島以“抗天下全師”，是因為有內地商民在糧食和其他物資的源源接濟。為了瓦解這股反抗力量，清王朝在順治十三年（1656年）三月宣佈“禁海”，規定凡是運糧食等物供應鄭成功的人，“不論官民，俱行奏聞處斬，貨物入官，本人家產盡給告發之人。其該管地方文武各官，不行盤詰擒緝，皆革職從嚴治罪。地方保甲通容不行首舉者，皆從死”。其立法是夠嚴厲的了！可是沿海群眾，不顧個人身家財產的安危，對鄭氏抗清運動的物質支持，仍是持續不斷。正如清統治者的自供：“內地商民作奸射利，與為互市。凡杉、桅、桐油、鐵器、硝磺、湖絲、軸、糧米，一切應用之物，俱恣行販賣供應“海逆’”。這就說明清王朝“禁海”的目的無法達到。
清朝統治者不甘心禁海的失敗，就採用了更殘酷的手段，於順治十八年（1661年）瘋狂地下令“遷界”。所謂“遷界”，就是強迫沿海各省濱海居民一律內遷，把離海三十里的地方劃為界外，凡屬界外的村莊、田宅、船隻，一律燒燬；並規定“片板不許下水，粒貨不許越疆”，使界外成為無人地帶，以圖困死聚集在海島上的抗清力量。以福建來說，“自閩安鎮起，北至海埕六百七十里，南至分水關一千一百五里，福、興、漳、泉四府，福寧一州所屬十九縣，劃為界外（的田地）多至二萬五千九百零四頃。膏腴棄為荒地，廬舍淪為廢墟：無數人民，流離顛沛”。這種清野式的遷界，其殘酷更有甚於禁海。
泉州緊鄰鄭成功的根據地廈門、金門和臺灣，是遷界的重點地區，受禍更慘。例如安海是鄭成功早期的根據地，多次遭受清兵的劫掠，對於禁海和遷界就有這樣的記述：“丙申（1656年）焚燬，化為灰燼；辛丑（1661年）遷界，鞠為茂草。無屋可居，無田可種。老弱轉死溝壑，壯者散居外鄉。抒空南國，霜招雪窖之瑰：淚酒西郊，露冷遷民之骨”真是悽慘至極！
清王朝的禁海和遷界，對泉州港的海外交通貿易破壞極大，明代民間商人“走私”出入的大小港口，都在禁海、遷界的範圍內，這就造成了泉州港的海外通商出現了時斷時續的狀態。儘管康熙二十二年（1683年）臺灣的抗清力量被消滅後，清王朝宣佈取消海禁；但對海外各國的來華貿易，仍是採取多方限制。直至一百多年後的乾隆五十八年（1793年），英國國王喬治三世遺使來華要求通商時，清王朝還是做傲慢地以“天朝物產豐盈，無所不有，原不藉“夷貨”以通有無”，“而加以拒絕。這一史實說明了清王朝是如何頑固地實行“閉關政策”的！這就不僅嚴重地破壞了海外交通事業，也阻礙了中外的經濟、文化的交流。
（三）倭寇的侵擾劫掠，危害了泉州地區人民生命財產的安全，泉州港的海外交通貿易也深受影響
十四世紀中時，日本的武士、浪人，勾結中國的流氓，借通商名義，擾騷我國山東、江蘇、浙江、福建、廣東等省沿海地區，史稱“倭寇”。從洪武初年起，沿海各省瀕海州縣，備受倭寇的劫掠，明王朝認為海道可通倭寇，因此就再次申嚴海禁。到了嘉靖年間，倭寇更大舉騷擾我東南沿海。泉州地區從洪武三年（1376年）六月，開始受到倭寇騷擾，以後寇警時傳，也以嘉靖間為最甚。從嘉靖三十六年（1557年）到四十五年前後十年中，泉州所屬各縣，先後遭受倭寇不同程度的騷擾；南安、永春、安溪的縣城，都被倭寇攻陷過，以嘉靖三十九年（1560年）為例，“正月，倭寇南安、英山等處……一支由潯美（在泉州東門外）登岸焚劫，仍至車橋（在泉州城南江邊），官軍拒之，一支由法石登岸焚劫，亦至南門城下而去。四月，倭攻（惠安縣的）崇武……據城四十餘日，燔軍民居，大掠而去。五月，倭犯同安……六月，倭復由南安詩山入塔口隘。七月，倭數千掠入安溪，屯四十日，公署民房，燒燬殆盡”，由於倭寇的搶掠燒殺，激起各地人民的奮力抗擊。在抗倭鬥爭中，湧現了不少動人的事蹟，如嘉靖三十八年三月十一日，倭寇侵犯安平；嘉靖四十三年正月，倭寇犯泉州境，轉擾安平，都受到人民的抗擊而敗退。又如嘉靖年間，有小股倭寇騷擾惠安的獺窟島，被漁民陳時和為首的島上人民所擊退。後倭寇數百人再次登島，陳時和父子領導島上人民又給予痛擊！他們用船頭桅、斧頭等，消滅倭寇數十人，並當場打死了倭寇一個頭目。由於敵我力量懸殊，陳時和父子在激戰中負了重傷，壯烈犧牲。後來，島上人民為陳時和父子建亭立碑，以表彰他們的功績。他們抗倭的英名，至今還在民間流傳著。
明王朝為了對付倭寇的騷擾，在沿海興建了一些防禦設施。明太祖曾派江夏侯周德興巡視東南沿海，相度地形，督造了一些“衛”、“所”、“城”等防禦工事，並在沿海修築了一些報警用的“煙火臺”，如泉州附近就有崇武城、永寧衛、中左所，等等。又當時也出現一些能率領各地人民英勇抗倭的民族英雄，如俞大猷（泉州人）、戚繼光等，時稱“俞龍成虎”。
倭寇的騷擾使我國沿海地區的工農業生產遭受破壞，人民的生命財產，也受到嚴重的損失。在倭寇侵擾期間，中日間的官方貿易，幾乎陷於停頓——當時，日本的封建王朝正在實行所謂“鎖國”政策，極力限制對外通商——南洋諸國來華貿易的商船，也因經常受到倭寇的劫掠而大為減少。雖然當時民間商人的“走私”貿易仍很活躍，泉州港的海外交通貿易出現了新的特點，但是，在倭寇騷擾的影響下，泉州港海外交通貿易的範圍和規模，越來越縮小了。
（四）元末明初泉州地區發生了破壞性的連年戰亂，對泉州港海外交通貿易的破壞，是很嚴重的
西方殖民主義者的東侵，使世界海上交通貿易發生了新的變化；明清封建王朝對海外交通貿易採取“禁”的政策，阻礙了海外交通事業的發展，倭寇的騷擾，破壞了我國沿海地區的社會經濟和對外貿易。這三者都是帶有普遍影響的原因。但明清時期泉州港的海外交通之所以從極盛走向衰落，除了上述三個帶普遍性的原因之外，還有它的特殊的歷史原因，這就是元末明初泉州發生了嚴重的戰亂，以及國內航運條件的變化，影響最為厲害。
泉州地區從漢唐直至元初，基本上沒有發生過大規模的、較有破壞性的戰亂。這種相對較為穩定的社會環境，有利於社會經濟的繁榮和海外交通貿易的發展，但是從元朝末年起，泉州地區遭受了破壞性的連年戰亂，這就是元末泉州地區的色目人（泛指西域各國的人們）武裝集團的叛亂和混戰。
元末農民革命戰爭爆發之後，元王朝到處招募地主武裝以鎮壓農民軍。留居泉州的某些色目人趁機糾集起來，組成了稱為“義兵”的武裝集團，他們的頭目賽甫丁和阿迷裡丁，曾被封為“萬戶”，至正十七年（1357年），賽甫丁和阿迷裡丁相繼據泉州叛亂。後來，他們被元朝招降，並參與鎮壓農民起義軍：賽甫丁還因“功”被提升為行省參政到了福州。至正二十六年（1366年）賽甫丁又在福州叛亂，被擊敗後再次“航海還據泉州”。又，至正二十二年，元朝在泉州的總諸蕃互市的那兀納，也據泉州叛亂。而且這些色目武裝集團之間又在泉州互相攻殺，連年混戰。直到至正二十六年，效忠元朝的陳友定率領另一支地主武裝攻入泉州，才平定色目武裝集團的叛亂。元朝滅亡後，陳友定盤據泉州頑抗，“明命湯和討陳友定，平之。始定泉州府”。這連續十多年的戰亂，泉州地區的社會經濟遭受了破壞，泉州港的海外交通貿易也無法順利進行。
廣大人民對於充當元朝統治者幫兇的色目人，早就恨之入骨。因此，在反元的起義鬥爭中，人們對於色目人也加以打擊以至驅逐；宋元時來泉州經商以及僑居泉州的海外各國商人，也在被反對之列。加以前述色目武裝集團間的連年混戰，於是阿拉伯、波斯等國商人，便紛紛離泉歸國。這對泉州港的海外交通貿易事業的發展，其破壞也是嚴重的。
明代，泉州地區不斷受到倭寇的侵擾和焚劫，破壞了海外交通貿易的正常開展，已見前述。到了清代，由於滿洲貴族對漢族人民的殘酷掠奪（如圈地）和殺戮（如屠城），因而激起了漢族人民的普遍反抗。其中以鄭成功的海上起義聲勢最大。清王朝為了鎮壓這支反抗力量，從順治四年（1647年）鄭成功起兵海上到順治十八年（1661年）鄭成功進兵復臺，前後十多年間，清王朝連年對閩南一帶用兵，並多次襲擊安平，對沿海地區恣意擄掠燒殺。如順治五年，清兵在同安屠城，一下子就殺了五萬多人。當時流傳的民謠說是“泥鰍死半途，同安血流溝。嘉禾（即廈門）斷人種，安平成平埔（意即被搶光、殺光、燒光）”。特別是上述順治十八年的下令“遷界”，為禍更烈
明清時期泉州地區先後發生了這些破壞性嚴重的戰亂，對泉州的社會經濟和海外交通的破壞極大。這是泉州港在我國海外交通貿易史上地位日趨下降的特殊性的原因。
（五）國內海道航運條件的變化，改變了泉州港在海外交通貿易方面的中轉地位
宋元時期泉州港的進出口商品種類繁多，數量浩瀚，是當時世界東方的最大的吐納港口，就進口的舶貨如香料、藥物等來說，每艘海舶入港時的運載量總是數以萬計的。雖然其中相當部分是作為“貢品”獻朝廷或為朝廷的專賣品，但大部份還是作為商品轉銷到各省去的。而國內各省的外銷名產如龍泉青瓷、蘇杭絲綢、四川藥材等，也大量地先集中到泉州港，然後遠銷到海外去。可以說，泉州港是中外貿易的主要中轉站之一。
作為國內外貿易的大吐納港，與各省之間的水陸交通運輸的暢通，是個重要的條件。福建是個背山面海的省份，全省山地面積約佔總面積的四分之三，北有仙霞、西有武夷二大山脈，把福建與浙江，江西和廣東三省隔離開來：而戴雲山脈則縱貫中部。三大山脈構成了福建丘陵地帶。福建的海岸線頗長，又有不少天然港灣。由於地理條件的限制，福建與相鄰各省的陸路交通運輸，向來都較不暢通；而海上交通曆來卻較為發達。早在春秋戰國時期，居住在這裡的越人，就“以船為車，以楫為馬”。東漢時期，福建已是我國海上交通的港口之一，“交趾七郡貢獻、轉運，皆從東冶泛海而至”。三國時的吳國，特在福建設專管造船的建安典船校尉。吳國把犯罪的人送到這裡造船。溫麻船屯（遺址在今福州閩江口附近）就是當時的大造船場。此後歷經兩晉、南北朝到隋、唐，福建的海上交通和海外貿易，越來越繁榮。五代以後，泉州港便以刺桐港之名馳譽中外。為了適應日益繁榮的海外交通貿易的需要，歷代的統治者——特別是宋、元二代，都注意發展福建的國內海道航運事業。
北宋初期，宋王朝只在廣州及兩浙路的杭州、明州置市舶司，當時泉州“商人出海外蕃國販易者”，必須“詣兩浙市舶司請給官券”。可見當時福建與兩浙間的海上往來必定十分繁忙。到北宋中期，泉州已成為一個“有蕃舶之饒，雜貨山積”的海港，元祐二年（1067年）泉州正式置市舶司之後，海外貿易的發展，促使泉州與兩浙等北方港口航運的頻繁更可想見。南宋吳自牧在《夢梁錄》中記述，兩浙海商“若欲船泛外國買賣，則自泉州便可出洋”。書中還指出，當時杭州海商“只到臺、溫、泉、福買賣，未曾過七洲、崑崙等大洋。若有出洋，即從泉州港口至岱嶼門，便可放洋過海，泛往外國”。又，建炎間南宋的官員反映說：“自來閩廣客船並海南蕃船，轉海至鎮江府買賣至多”。宋王朝還規定，市舶司“抽解”和“博買”的船貨，都必須綱運“上供”。按南宋的規定，泉州市舶綱運到杭州限三月程。南宋的泉州港，既是江浙海商貿遷貨物或轉海出洋的重要港口，又是閩廣綱運上供“蕃貨”和中外海商轉販舶貨的中轉站，國內海道航運自然也就更加繁榮起來。
元王朝在發展海外交通貿易的同時，也很注意發展國內的航運事業，並且逐步形成一套航運管理制度。元世祖“用伯顏之言，歲漕東南粟，由海運以給京師。始自至元二十年（1288年），至於天曆、至順（1328-1333年），由四萬石以上增而為三百萬石以上……”，海道運糧的迅速增多，表明了航運的發達。至元二十年元王朝就設置“海道運糧萬戶府”，以“掌每歲海道運糧供給大都”，到了至大四年（1311年），“海漕之利，蓋至是博矣”。當時各行省運糧，並根據道程遠近，分別規定每石的“腳價錢”。為了加強水陸交通管理，元王朝早就設立“站赤（意即驛傳）”制度，規定“凡站，陸以馬以牛，或以驢，或以車，而水則以舟……其官有驛令，有提領……”至元十九年四月，詔給揚州、鄂州、泉州等行省每省鋪馬聖旨（朝廷發給的驛傳璽書）五道，同年十月又增給西川、京兆、泉州等省鋪馬聖旨十道。到至元二十五年，發給福建的鋪馬聖旨增至二十四道。泉州所給鋪馬聖旨的增多，就反映了泉州對內航運的發達。至元二十六年，“行泉府所統海船萬五千艘……自泉州至杭州立海站十五，站置船五艘，水軍二百，專運番夷貢物及商販奇貨”。《經世大典·站赤》也有同樣的記載稱：“自泉州發舶，上下遞接”泉州舶貨和外國來使。上述史料表明，元代泉州與各行省間的交往，主要仍是靠海運，經由泉州港進口的大量舶貨，主要也是由海道轉販到各地去。
泉州港的對內交通運輸既然主要靠海道，因而國內海道航運的發達與否，就直接影響貿易品的運轉。宋元時期泉州港國內航運暢通的有利條件，到了明清時期就產生了根本變化：倭寇的騷擾影響了海上交通運輸的安全；明王朝的禁海，更使海運事業幾乎陷於停滯狀態。即使在明王朝取消海禁之後，泉州也只是“僅通琉球”的港口。到了清代，在遭受了“禁海”和“遷界”的浩劫之後，泉州更被限定為只能與國內的鹿港作“對口貿易”。因此，泉州港在中外貿易活動中的中轉站的作用，已經消失了。特別是在康熙二十三年（1684年），清王朝在廈門正式設立海關以後，泉州港作為中外貿易的中轉站的地位，就讓給廈門港了。
以上是從社會歷史方面，分析明清時期泉州港海外交通貿易衰落的主要原因。如果從自然地理方面說來，港口（包括河道）的逐漸淤塞，也會影響泉州港海外交通貿易事業的發展的。例如，晉江和洛陽江都攜帶有大量的陸源碎屑，在順流入海時不斷淤積，特別是在兩江匯流入海的後渚、蟳埔一帶，更屬快速沉積區，每年平均沉積的速度約為4.6毫米。這可以從泉州灣宋代海船出土時海泥堆積的厚度加以說明。從殘船體上部——即自海灘表面至船艙上沿，海泥層堆積的厚度為2.10-2.30米，加上船艙內的上層和中層上半部分（因為中層的下半部出土的香料木放置比較規整，少數還捆綁著繩子，所以中層的下半部應是原來堆放貨物的高度）海泥堆積層的厚度約為0.9-1.15米，這就是說，七百年間，從海灘表面到船艙內中層上部的沉積厚度達3米以上。由此可見其沉積速度是很快的。此外，“港灣的淤塞，在沿海地區是與新構造活動特徵密切相關的。就泉州地區來說，沿海地段的差異性振盪式的緩慢上升活動起主要控制作用”；海岸每年平均約上升1毫米左右。灣相淤積和海岸上升，就更加速了港口的淤塞。不過，港口的淤塞只能說是造成泉州港海外交通衰落的極為次要的原因之一，起決定性的還是社會歷史方面的原因。因為，船舶航運頻繁，淤積的速度就會緩慢些；而船舶航行次數銳減了，淤積的速度也就加快了。這二者是互為因果的。
總之，由於明清封建王朝對海外交通貿易，採取了“閉關主義”的種種限制；而泉州地區又一再發生前所未有的破壞性的戰亂，影響了農業手工業和海外交通的發展；加以國內海道航運條件發生了根本的變化。這三者是來自內部的破壞泉州港海外交通正常發展的原因。加上了西方殖民主義者東侵後，世界海上貿易出現了新的形勢；而明代泉州又受了倭寇的不斷騷擾和破壞。這二者是來自外部的危害了泉州港海外交通事業繼續發展的原因。因此，明清時期泉州港的海外交通貿易就越來越走向衰落，並且先被漳州的月港所取代，以後更讓位於廈門港了。其結果是：宋元時期作為世界上最大貿易港之一的泉州港，到了明清時期，就由國際性的貿易大港，逐漸衰落下來，終於變成為一個地區性的港口了。
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