公元1646年，隆武帝殉國的消息傳來，兩廣總督丁魁楚、廣西巡撫瞿式耜、巡按王化澄與呂大器等人商議，認為皇位應由明神宗（朱翊鈞）直系男性後裔繼承。就這樣，桂王朱由榔被推舉為帝。朱由榔在肇慶即位，改元永曆，冊封王氏為皇后。
王氏出身大家，父親王略是粵中郡守。王氏從小接受儒學教育，性格沉靜文雅，待人謙遜。永曆帝還是永明王時，王氏就已嫁給永曆帝。朱由榔承襲父位，為桂王時，王氏又為桂王妃。王氏和永曆帝的感情十分和睦，南明雖動盪不安，但他們一直沒分開過。
公元1647年，孔有德、耿仲明率清軍進攻湖南。南明守將劉承胤卻在此時放棄湖南，帶著人馬來到桂林。當時永曆帝在桂林，劉承胤挾天子以自重，把永曆帝逼到了湘西山區武崗，並將武崗（奉天府）作為南明的首都。
同年七月，清軍直犯奉天府，劉承胤見清軍攻勢猛烈，覺得大勢已去。劉承胤便暗中聯絡孔有德，把永曆帝獻給清廷。劉承胤軍中的一位小校，曾得到王皇后幫助。小校知道後，設法將這一消息告訴王皇后。
王皇后知道後，帶著永曆帝一行人出逃。路上，又遇暴雨，一行人狼狽不堪。因為淋雨，王皇后一直髮高燒，但她仍跟沒事人一樣，淡定自若地指揮逃亡隊伍。行至湘桂邊界，明總兵商丘伯侯性將他們迎至廣西境內。
當時，瞿式耜一直在廣西作戰，成為抗清主力，使桂林和廣西大部分地區得以保全。當他得知永曆帝來到廣西，又將永曆帝接至桂林。逃難前後，王皇后的鎮定自若，給眾人留下了很深的印象，也極大堅定了人們對永曆政權的信心。
公元1648年，王皇后生下一子朱慈烜，永曆帝宣佈大赦天下。南明政權移至桂林後，清軍的攻擊也更加猛烈。為了激勵士氣，王皇后親自到前線，把存糧、銀兩、衣物全都捐了出去。在王皇后的帶領下，瞿式耜妻子邵氏和其他將帥妻子，也紛紛捐出自身財物。將士們深受鼓舞，一次又一次地擊退了清軍，取得了桂林保衛戰的勝利。
公元1652年，孫可望派人將永曆帝接到貴州安隆所（今安龍）。孫可望見南明政權日漸衰微，便不把永曆帝放在眼裡，更不聽他指揮。太監龐天壽見孫可望勢大，還慫恿其篡位自立。朝中有骨氣的大臣吳貞毓、張福祿、全為國等人，十分憤怒，暗中與出征廣東的李定國聯絡，讓他回來保護永曆帝。
誰知消息走漏，孫可望下令捉拿張福祿、全為國等人。張、全等人向馬太后和王皇后求救，但龐天壽一直尾隨其後，闖入王皇后住處。龐天壽仗著孫可望勢力，將張、全等人抓走，導致他們全部遇害（十八人）。
龐天壽為了進一步討好孫可望，誣陷王皇后和張、全等人密謀，應殺頭。王皇后知道後，傷心地落下淚來，說：“我一直助君反清復明，如今卻要死在小人手裡！”永曆帝聽後，十分傷心，但他被孫可望脅持，面對妻子的哭訴，也只能暗自落淚。孫可望雖然狂妄，但他還是怕李定國、鄭成功這些忠於明朝的武將，一直未能對王皇后下手。
公元1655年，李定國把永曆帝護送到雲南昆明，並在第二年擊敗孫可望。孫可望勢微後，降清，並將南明軍事情況告之清廷。公元1658年，清軍兵分三路進攻雲南，永曆帝在李定國的護送下逃到緬甸，被緬甸王莽達收留。
公元1661年，莽達弟弟莽白髮動政變，殺死莽達自立。為了討好清廷，莽白讓永曆帝過江，同飲咒水盟誓。永曆帝和大臣們都看出有詐，但寄人籬下，不能不去，只好讓沐天波等大臣去探虛實。但他們去了之後，就被莽白殺害，給了本就孱弱的南明致命一擊，史稱“咒水之難”。
咒水之難後，跟隨永曆帝的大臣、宮女、太監覺得南明氣數已盡，紛紛懸樹自盡。王皇后知道後，痛苦地說：“我也是有氣節的人，但是我不能死，我還有馬太后和皇上需要照顧。我若死了，皇上會更痛苦！”
公元1662年，莽白將永曆帝獻給吳三桂。吳三桂本想把永曆帝押回北京，但清廷覺得路途遙遠，怕反清人士劫走永曆帝，讓吳三桂就近解決。就這樣，永曆帝及其眷屬在昆明篦子坡（逼死坡）被吳三桂用弓弦勒死。押解途中，王皇后不願受辱，與馬太后相互勉勵，在檻中自相扼喉而死。
至此，立國294年的明朝徹底滅亡。
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