公元1646年，隆武帝殉国的消息传来，两广总督丁魁楚、广西巡抚瞿式耜、巡按王化澄与吕大器等人商议，认为皇位应由明神宗（朱翊钧）直系男性后裔继承。就这样，桂王朱由榔被推举为帝。朱由榔在肇庆即位，改元永历，册封王氏为皇后。
王氏出身大家，父亲王略是粤中郡守。王氏从小接受儒学教育，性格沉静文雅，待人谦逊。永历帝还是永明王时，王氏就已嫁给永历帝。朱由榔承袭父位，为桂王时，王氏又为桂王妃。王氏和永历帝的感情十分和睦，南明虽动荡不安，但他们一直没分开过。
公元1647年，孔有德、耿仲明率清军进攻湖南。南明守将刘承胤却在此时放弃湖南，带着人马来到桂林。当时永历帝在桂林，刘承胤挟天子以自重，把永历帝逼到了湘西山区武岗，并将武岗（奉天府）作为南明的首都。
同年七月，清军直犯奉天府，刘承胤见清军攻势猛烈，觉得大势已去。刘承胤便暗中联络孔有德，把永历帝献给清廷。刘承胤军中的一位小校，曾得到王皇后帮助。小校知道后，设法将这一消息告诉王皇后。
王皇后知道后，带着永历帝一行人出逃。路上，又遇暴雨，一行人狼狈不堪。因为淋雨，王皇后一直发高烧，但她仍跟没事人一样，淡定自若地指挥逃亡队伍。行至湘桂边界，明总兵商丘伯侯性将他们迎至广西境内。
当时，瞿式耜一直在广西作战，成为抗清主力，使桂林和广西大部分地区得以保全。当他得知永历帝来到广西，又将永历帝接至桂林。逃难前后，王皇后的镇定自若，给众人留下了很深的印象，也极大坚定了人们对永历政权的信心。
公元1648年，王皇后生下一子朱慈烜，永历帝宣布大赦天下。南明政权移至桂林后，清军的攻击也更加猛烈。为了激励士气，王皇后亲自到前线，把存粮、银两、衣物全都捐了出去。在王皇后的带领下，瞿式耜妻子邵氏和其他将帅妻子，也纷纷捐出自身财物。将士们深受鼓舞，一次又一次地击退了清军，取得了桂林保卫战的胜利。
公元1652年，孙可望派人将永历帝接到贵州安隆所（今安龙）。孙可望见南明政权日渐衰微，便不把永历帝放在眼里，更不听他指挥。太监庞天寿见孙可望势大，还怂恿其篡位自立。朝中有骨气的大臣吴贞毓、张福禄、全为国等人，十分愤怒，暗中与出征广东的李定国联络，让他回来保护永历帝。
谁知消息走漏，孙可望下令捉拿张福禄、全为国等人。张、全等人向马太后和王皇后求救，但庞天寿一直尾随其后，闯入王皇后住处。庞天寿仗着孙可望势力，将张、全等人抓走，导致他们全部遇害（十八人）。
庞天寿为了进一步讨好孙可望，诬陷王皇后和张、全等人密谋，应杀头。王皇后知道后，伤心地落下泪来，说：“我一直助君反清复明，如今却要死在小人手里！”永历帝听后，十分伤心，但他被孙可望胁持，面对妻子的哭诉，也只能暗自落泪。孙可望虽然狂妄，但他还是怕李定国、郑成功这些忠于明朝的武将，一直未能对王皇后下手。
公元1655年，李定国把永历帝护送到云南昆明，并在第二年击败孙可望。孙可望势微后，降清，并将南明军事情况告之清廷。公元1658年，清军兵分三路进攻云南，永历帝在李定国的护送下逃到缅甸，被缅甸王莽达收留。
公元1661年，莽达弟弟莽白发动政变，杀死莽达自立。为了讨好清廷，莽白让永历帝过江，同饮咒水盟誓。永历帝和大臣们都看出有诈，但寄人篱下，不能不去，只好让沐天波等大臣去探虚实。但他们去了之后，就被莽白杀害，给了本就孱弱的南明致命一击，史称“咒水之难”。
咒水之难后，跟随永历帝的大臣、宫女、太监觉得南明气数已尽，纷纷悬树自尽。王皇后知道后，痛苦地说：“我也是有气节的人，但是我不能死，我还有马太后和皇上需要照顾。我若死了，皇上会更痛苦！”
公元1662年，莽白将永历帝献给吴三桂。吴三桂本想把永历帝押回北京，但清廷觉得路途遥远，怕反清人士劫走永历帝，让吴三桂就近解决。就这样，永历帝及其眷属在昆明篦子坡（逼死坡）被吴三桂用弓弦勒死。押解途中，王皇后不愿受辱，与马太后相互勉励，在槛中自相扼喉而死。
至此，立国294年的明朝彻底灭亡。
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