在曾國藩與何桂清的這場官場紛爭中，曾國藩贏了，而且贏得很漂亮。
殺掉了何桂清，慈禧下旨讓曾國藩儘快拿下天京，以解朝廷之憂：你要我幫你殺掉老對手，我不惜得罪一幫文武大臣，幫你做到了，現在該是你表現的時候了。
對於慈禧的相逼，曾國藩仍是慢條斯理地陳述他攻打天京的計劃，並解釋戰鬥之艱難：自圍困開始，我每天都督促部隊進攻，現在已經陸陸續續掃清了南京的外圍，這南京的天氣真是的，動不動都下雨，將士們每天在泥水裡打戰，受傷不說，還得了病，生病的將士，每個營少則幾十個，多則過半，我現在一面整頓軍務，一面找人給將士們醫治。我能夠苦熬著不讓太平賊寇衝出來，就已經很不錯了，等將士們的身體恢復了健康，我一定儘快拿下南京。太后，到時候你就看我的吧！
另外說朝廷採取的招降之策，已經取得了很好的效果。（太平天國很多中下層將領投靠了清軍，英王陳玉成遭部下出賣被殺，太平天國斷了一支臂膀）
對於曾國藩的那點小九九，慈禧也是心知肚明的，雖然心裡有些生氣，可也沒有辦法，還得下旨好生安慰：好了，好了，你們湘軍確實不容易，死傷那麼多人，才有了今天的成績，打戰的事情，朝廷不懂，你看著辦就是。
年底，曾國藩的弟弟曾國葆病死於雨花臺湘軍大營，曾國藩聞之大慟，自出兵以來，這是他第二個死的弟弟了。
曾國葆一死，他的工作由二哥曾國荃來做。
慈禧聽說了曾國葆死於軍中的消息，趕緊下旨安撫：加國子監學正銜，賜號迅勇巴圖魯。感覺有些不妥，又贈按察使。
這時候，李鴻章的摺子到了，講述了曾國葆捨生忘己，一心忠勇大清的光榮事蹟。慈禧和奕訢一商議，也覺得前面的封賞低了一點，於是詔依二品議恤，贈內閣學士，予騎都尉世職，建專祠，諡靖毅。
對於一個死人，給予再多的賞賜都沒有什麼用，但那是給活人看的。姓曾的，我夠意思吧？你弟弟死了，我給了他那麼大的榮耀，你們老曾家也算光宗耀祖了。趕快表現吧，我看著呢！
曾國藩和曾國荃兩個人的性格大不相同。曾國藩人到中年，屢經挫折，久歷風波，老成持重，往往事情一開始，他已經看到了結尾。曾國荃則不過是一個湖南鄉下土秀才，除了去過一趟北京，沒出過遠門，也沒辦過大事，年紀輕，見識窄，經驗不足。而且曾國荃有一個巨大的毛病，就是嗜殺和放縱。攻下一座城池，放任湘軍姦淫擄掠，對於太平軍的降兵，也從來不留活口。
應該說，曾國荃的功名完全得益於老兄的指授安排。然而曾國荃對曾國藩卻不是特別地佩服，總認為老兄做事過於遲緩迂拙，提出的意見和建議過於“道學”。對曾國藩的批評，曾國荃虛心接受的時候不多。
曾國藩多次寫信給弟弟曾國荃，要他約束部下，安撫民眾，可是曾國荃不聽，而且回信說：我們湘軍出征，根本沒有糧餉，大家都是為了升官發財，才來幹這活的，現在壓制他們，一旦軍心散了，誰來幫我們打仗？至於湘軍士兵欺負民女的事，他們作為男人，在軍營裡憋久了，打了勝仗放鬆一下，也是應該的。
曾國荃雖然一肚子的歪理，但是打仗卻不含糊，手下的那些兵勇，禍害百姓厲害，打仗同樣厲害。
十月，李秀成率兵二十萬回援天京，曾國荃手下不過區區四萬人馬，可就是這四萬人馬，與太平軍大戰四十多天，仍堅守在雨花臺。在這期間，曾國藩的另外幾路人馬，相繼掃平了安徽、浙江和江蘇其餘地方的太平軍勢力。
曾國藩讓弟弟深挖戰壕，死死困住南京，並不急於進攻。他很清楚，只要太平賊寇不滅，朝廷就對他無可奈何。
從某種角度上說，太平軍是他與朝廷對抗的籌碼。
這個籌碼可不能輕易丟棄。
到了同治三年( 1864)初，各地戰事陸續平息，天下大城，只剩下南京了。
天下的目光都聚焦到了南京，看“曾鐵桶”圍城。相比李鴻章用開花大炮幾個月就攻下一座堅城，曾國荃的鐵桶戰法顯得太“原始”，太“笨”了。
但是這種“笨”辦法，卻是減少傷亡的最好辦法。圍困了幾個月，南京城內已經沒有了糧食。到了五月底，連天王洪秀全都要吃草充飢了。洪秀全一死，李秀成擁立幼天王洪天貴福繼位，他要保住幼主棄城而走了。
可是曾國荃不讓，奶奶個熊，老子那上百里的壕溝，可不是白挖的，老子不想白白犧牲這麼多將士，所以圍住你們，可是朝廷那邊不知有多少老傢伙給我射冷箭呢，還好都有我哥給擋住了。
李秀成幾次想突圍，都被湘軍給打了回去。
到了七月份，曾國荃挖了一個大地洞，用炸藥徹底轟開了南京的城牆。他帶兵衝入城的時候，接到曾國藩派人緊急送來的信，只有四個字：縱兵劫掠。
他有些愣住了，這個當哥哥的是玩的哪一招，我以前縱兵劫掠的時候，老是被你罵，現在卻鼓勵我那麼幹。
他那木魚腦殼，可沒有曾國藩的智慧，也不願去想那麼多。既然哥哥都同意了，那就搶唄，殺唄！一路過來已經屠了好幾座城，這次也不例外。
天京（南京）城成了人間地獄，百姓倒在血泊中。
這南京的百姓也真是作孽，前後不到一百年時間，竟然兩次橫遭屠城之禍。後一次有數據顯示是30萬（可能還不止），前一次的數字，應該大大超過後一次，雖然那時候沒有人去統計，但僅僅是城內的太平軍，就有十幾萬人，至於百姓，就更多了。有專家論證過，保守估計，超過五十萬人。
“曾屠夫”這個名號，不應該給曾國藩，而應該讓給他弟弟曾國荃。
同治三年(1864年)六月十八日夜，當曾國藩接到攻克天京的消息時，內心十分激動，也有些害怕。天京終於攻克下來了，太平天國終於滅亡了，但他的心情卻愈加沉重了。兔死狗烹的歷史教訓，會不會在他的身上重演呢？
朋友們每天都來向他祝賀，或是當面祝賀，或是寫信祝賀，唯獨一姓竇的朋友提醒曾國藩說:大功成矣，意中事也，而可喜也。顧所以善其後者，於國何如，於民何如，於家何如，於身何如，必籌之已熟，圖之已預矣。竊嘗妄意，圖下所以為民者，欲以‘退讓’二字保全晚節。此誠憂盛明之定識，持盈保泰之定議也。
曾國藩看後冒了一身的冷汗，這個姓竇的朋友倒也實在，一語中的，話裡話外就是要他知道進退。其實他早就考慮到了，太平賊寇掃平了，他擁兵十幾萬，勢力遍佈江南幾個最富裕的省，皇宮內的那個女人坐得穩才怪呢！
如果一個大臣擁兵自重，且深得民心，朝廷肯定會下手減除後患。所以首要的任務就是自汙，成為千夫所指的“大罪人”才是。
天京攻克之後，他根據曾國荃寫的攻城、殺敵的信件向同治皇帝（實際是慈禧太后）擬了《報捷折》，等待著皇帝的批覆。捷報上只說湘軍將士多麼勇猛，多麼艱苦作戰不惜犧牲，費了九牛二虎之力，這才拿下了天京城。
除了對皇帝和太后的歌功頌德外，隻字不提天京城破後湘軍燒殺劫掠的情況。
實際上，經過一個多月的大燒大殺大搶，無名小卒都發了橫財。他們不僅將城內的金銀財物洗劫一空，甚至連建築物上的木料也拆下來，從城牆上吊出，用船運回湖南。“泊船水西門，見城上吊出木料、器具紛紛。目頓時整個長江中千船百舸，聯檣而上。”滿載從天京搶來的財物婦女，日夜不停地向湖南行駛。經過這場大劫掠，“江寧錙貨盡入軍中”。
也就是說，太平天國慘淡經營十餘年，從其他地方搶來的財務，全都彙集到了天京，這些數不盡的金銀財寶，大多成了湘軍的囊中之物。
在曾國藩的過問下，曾國荃才撥了兩艘船，直接押送北京。就這兩艘船的財務，已經令“朝中大臣皆變色，賊富如此，國何以堪”。
太平天國從廣西發家，一路打湖南、湖北、江西、安徽、浙江、江蘇，凡是富戶，皆殺其全家舉其財。那時候太平天國就跟土匪一樣，搶糧搶財，用手指頭想想也都知道，財務肯定不得了，很多都是稀世珍寶。
曾國藩雖然未身臨其境，但曾國荃每天都用書信向他彙報情況，所以他對攻破天京的情況也瞭如指掌。他當初在湖南起兵的時候，公開說過了：你們大家跟著我混，只要掃平了太平賊寇，該升官的升官，該發財的發財。
現在打完仗了，人家出生入死的跟著你，肯定要讓人家發財啊！所以對於弟弟的所為，曾國藩鼎力支持。
七月中旬，朝廷又給曾國藩發下一道廷寄，追問天京財富下落。上諭說南京城下之前，人人都說城中財富如山，現在怎麼沒聽你們兄弟提起？如果金陵真有鉅款，自然應該交給國家，作為軍餉賑災之用。但是，這道上諭的重點還不在這裡，而是其中借題發揮的幾句話:“曾國藩以儒臣從戎，歷年最久，戰功最多，自能慎終如始，永保勳名。惟所部諸將，自曾國荃以下，均應由該大臣隨時申做，勿使驟勝而驕，庶可長承恩眷。
曾國藩一看這廷寄，非常開心，心道：老子又贏了。
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