在曾国藩与何桂清的这场官场纷争中，曾国藩赢了，而且赢得很漂亮。
杀掉了何桂清，慈禧下旨让曾国藩尽快拿下天京，以解朝廷之忧：你要我帮你杀掉老对手，我不惜得罪一帮文武大臣，帮你做到了，现在该是你表现的时候了。
对于慈禧的相逼，曾国藩仍是慢条斯理地陈述他攻打天京的计划，并解释战斗之艰难：自围困开始，我每天都督促部队进攻，现在已经陆陆续续扫清了南京的外围，这南京的天气真是的，动不动都下雨，将士们每天在泥水里打战，受伤不说，还得了病，生病的将士，每个营少则几十个，多则过半，我现在一面整顿军务，一面找人给将士们医治。我能够苦熬着不让太平贼寇冲出来，就已经很不错了，等将士们的身体恢复了健康，我一定尽快拿下南京。太后，到时候你就看我的吧！
另外说朝廷采取的招降之策，已经取得了很好的效果。（太平天国很多中下层将领投靠了清军，英王陈玉成遭部下出卖被杀，太平天国断了一支臂膀）
对于曾国藩的那点小九九，慈禧也是心知肚明的，虽然心里有些生气，可也没有办法，还得下旨好生安慰：好了，好了，你们湘军确实不容易，死伤那么多人，才有了今天的成绩，打战的事情，朝廷不懂，你看着办就是。
年底，曾国藩的弟弟曾国葆病死于雨花台湘军大营，曾国藩闻之大恸，自出兵以来，这是他第二个死的弟弟了。
曾国葆一死，他的工作由二哥曾国荃来做。
慈禧听说了曾国葆死于军中的消息，赶紧下旨安抚：加国子监学正衔，赐号迅勇巴图鲁。感觉有些不妥，又赠按察使。
这时候，李鸿章的折子到了，讲述了曾国葆舍生忘己，一心忠勇大清的光荣事迹。慈禧和奕訢一商议，也觉得前面的封赏低了一点，于是诏依二品议恤，赠内阁学士，予骑都尉世职，建专祠，谥靖毅。
对于一个死人，给予再多的赏赐都没有什么用，但那是给活人看的。姓曾的，我够意思吧？你弟弟死了，我给了他那么大的荣耀，你们老曾家也算光宗耀祖了。赶快表现吧，我看着呢！
曾国藩和曾国荃两个人的性格大不相同。曾国藩人到中年，屡经挫折，久历风波，老成持重，往往事情一开始，他已经看到了结尾。曾国荃则不过是一个湖南乡下土秀才，除了去过一趟北京，没出过远门，也没办过大事，年纪轻，见识窄，经验不足。而且曾国荃有一个巨大的毛病，就是嗜杀和放纵。攻下一座城池，放任湘军奸淫掳掠，对于太平军的降兵，也从来不留活口。
应该说，曾国荃的功名完全得益于老兄的指授安排。然而曾国荃对曾国藩却不是特别地佩服，总认为老兄做事过于迟缓迂拙，提出的意见和建议过于“道学”。对曾国藩的批评，曾国荃虚心接受的时候不多。
曾国藩多次写信给弟弟曾国荃，要他约束部下，安抚民众，可是曾国荃不听，而且回信说：我们湘军出征，根本没有粮饷，大家都是为了升官发财，才来干这活的，现在压制他们，一旦军心散了，谁来帮我们打仗？至于湘军士兵欺负民女的事，他们作为男人，在军营里憋久了，打了胜仗放松一下，也是应该的。
曾国荃虽然一肚子的歪理，但是打仗却不含糊，手下的那些兵勇，祸害百姓厉害，打仗同样厉害。
十月，李秀成率兵二十万回援天京，曾国荃手下不过区区四万人马，可就是这四万人马，与太平军大战四十多天，仍坚守在雨花台。在这期间，曾国藩的另外几路人马，相继扫平了安徽、浙江和江苏其余地方的太平军势力。
曾国藩让弟弟深挖战壕，死死困住南京，并不急于进攻。他很清楚，只要太平贼寇不灭，朝廷就对他无可奈何。
从某种角度上说，太平军是他与朝廷对抗的筹码。
这个筹码可不能轻易丢弃。
到了同治三年( 1864)初，各地战事陆续平息，天下大城，只剩下南京了。
天下的目光都聚焦到了南京，看“曾铁桶”围城。相比李鸿章用开花大炮几个月就攻下一座坚城，曾国荃的铁桶战法显得太“原始”，太“笨”了。
但是这种“笨”办法，却是减少伤亡的最好办法。围困了几个月，南京城内已经没有了粮食。到了五月底，连天王洪秀全都要吃草充饥了。洪秀全一死，李秀成拥立幼天王洪天贵福继位，他要保住幼主弃城而走了。
可是曾国荃不让，奶奶个熊，老子那上百里的壕沟，可不是白挖的，老子不想白白牺牲这么多将士，所以围住你们，可是朝廷那边不知有多少老家伙给我射冷箭呢，还好都有我哥给挡住了。
李秀成几次想突围，都被湘军给打了回去。
到了七月份，曾国荃挖了一个大地洞，用炸药彻底轰开了南京的城墙。他带兵冲入城的时候，接到曾国藩派人紧急送来的信，只有四个字：纵兵劫掠。
他有些愣住了，这个当哥哥的是玩的哪一招，我以前纵兵劫掠的时候，老是被你骂，现在却鼓励我那么干。
他那木鱼脑壳，可没有曾国藩的智慧，也不愿去想那么多。既然哥哥都同意了，那就抢呗，杀呗！一路过来已经屠了好几座城，这次也不例外。
天京（南京）城成了人间地狱，百姓倒在血泊中。
这南京的百姓也真是作孽，前后不到一百年时间，竟然两次横遭屠城之祸。后一次有数据显示是30万（可能还不止），前一次的数字，应该大大超过后一次，虽然那时候没有人去统计，但仅仅是城内的太平军，就有十几万人，至于百姓，就更多了。有专家论证过，保守估计，超过五十万人。
“曾屠夫”这个名号，不应该给曾国藩，而应该让给他弟弟曾国荃。
同治三年(1864年)六月十八日夜，当曾国藩接到攻克天京的消息时，内心十分激动，也有些害怕。天京终于攻克下来了，太平天国终于灭亡了，但他的心情却愈加沉重了。兔死狗烹的历史教训，会不会在他的身上重演呢？
朋友们每天都来向他祝贺，或是当面祝贺，或是写信祝贺，唯独一姓窦的朋友提醒曾国藩说:大功成矣，意中事也，而可喜也。顾所以善其后者，于国何如，于民何如，于家何如，于身何如，必筹之已熟，图之已预矣。窃尝妄意，图下所以为民者，欲以‘退让’二字保全晚节。此诚忧盛明之定识，持盈保泰之定议也。
曾国藩看后冒了一身的冷汗，这个姓窦的朋友倒也实在，一语中的，话里话外就是要他知道进退。其实他早就考虑到了，太平贼寇扫平了，他拥兵十几万，势力遍布江南几个最富裕的省，皇宫内的那个女人坐得稳才怪呢！
如果一个大臣拥兵自重，且深得民心，朝廷肯定会下手减除后患。所以首要的任务就是自污，成为千夫所指的“大罪人”才是。
天京攻克之后，他根据曾国荃写的攻城、杀敌的信件向同治皇帝（实际是慈禧太后）拟了《报捷折》，等待着皇帝的批复。捷报上只说湘军将士多么勇猛，多么艰苦作战不惜牺牲，费了九牛二虎之力，这才拿下了天京城。
除了对皇帝和太后的歌功颂德外，只字不提天京城破后湘军烧杀劫掠的情况。
实际上，经过一个多月的大烧大杀大抢，无名小卒都发了横财。他们不仅将城内的金银财物洗劫一空，甚至连建筑物上的木料也拆下来，从城墙上吊出，用船运回湖南。“泊船水西门，见城上吊出木料、器具纷纷。目顿时整个长江中千船百舸，联樯而上。”满载从天京抢来的财物妇女，日夜不停地向湖南行驶。经过这场大劫掠，“江宁锱货尽入军中”。
也就是说，太平天国惨淡经营十余年，从其他地方抢来的财务，全都汇集到了天京，这些数不尽的金银财宝，大多成了湘军的囊中之物。
在曾国藩的过问下，曾国荃才拨了两艘船，直接押送北京。就这两艘船的财务，已经令“朝中大臣皆变色，贼富如此，国何以堪”。
太平天国从广西发家，一路打湖南、湖北、江西、安徽、浙江、江苏，凡是富户，皆杀其全家举其财。那时候太平天国就跟土匪一样，抢粮抢财，用手指头想想也都知道，财务肯定不得了，很多都是稀世珍宝。
曾国藩虽然未身临其境，但曾国荃每天都用书信向他汇报情况，所以他对攻破天京的情况也了如指掌。他当初在湖南起兵的时候，公开说过了：你们大家跟着我混，只要扫平了太平贼寇，该升官的升官，该发财的发财。
现在打完仗了，人家出生入死的跟着你，肯定要让人家发财啊！所以对于弟弟的所为，曾国藩鼎力支持。
七月中旬，朝廷又给曾国藩发下一道廷寄，追问天京财富下落。上谕说南京城下之前，人人都说城中财富如山，现在怎么没听你们兄弟提起？如果金陵真有巨款，自然应该交给国家，作为军饷赈灾之用。但是，这道上谕的重点还不在这里，而是其中借题发挥的几句话:“曾国藩以儒臣从戎，历年最久，战功最多，自能慎终如始，永保勋名。惟所部诸将，自曾国荃以下，均应由该大臣随时申做，勿使骤胜而骄，庶可长承恩眷。
曾国藩一看这廷寄，非常开心，心道：老子又赢了。
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