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微生物發酵劑發酵好的有機肥，有機質含量高，在發酵過程中既產生很多菌群，又保留了微生物代謝物質，作為底肥使用時，沒有必要再加微生物菌劑。如果想使用微生物菌劑，可以在生長期衝施，這樣效果更好。
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根據我個人判別這兩種肥應該分開使用肥效好。
之因發酵好的有機肥類似於對生面進行激活和開發。促進了有效菌對作物充分吸收的有效利用。但是它的性能和作用只能給作物當飯吃，只能填飽肚子，同時可作底肥追，可大大增強後勁地力。
而微生物菌劑是一種高科技菌肥精品，有粉劑和液體兩種主要用於衝施，追施，滴施。其性能相當於農作物的保健品，既能充飢又能抗病保養。比例說：如果你的土壤缺乏哪種元素它就會很快自發補充。據說微生物菌劑含有固氮菌菌劑、促生菌菌劑、菌根菌劑、生物修復菌菌劑等，對農物既有促生、養生作用還有抑制和抗逆有害菌作用。如果用於作物和果蔬可增加果實的蛋、糖、維、氨多種營養成份。因此說來，雖然發酵後的有機肥和微生物菌劑都是用來給作物吸收的，但它們在施用方法上不同，建議在不同時間內分開施用效果最佳。
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微生物菌劑作為新型特肥的代表，包含著太多的優勢菌種，而各種菌種又有著不同的具體作用和功能，而同樣的功能有多種微生物可以達到，同時，可能用同一種生物菌也可以達到多種功能性。
比如通用芽孢桿菌的抗病、抗蟲、促生長功能；巨大和膠東樣芽孢桿菌的解磷解鉀功能；根瘤菌的固氮功能；淡紫擬青黴的抗線蟲功能；包括黴菌中的哈茨木黴菌的抗灰黴病功能等等，我們實際應用則要定向選擇，或者選擇多功能的生物菌來實際應用。
而發酵有機肥用的微生物發酵菌劑，和平時田裡下秸稈使用的發酵菌劑一樣，我們稱之為有機物料腐熟劑，主要作用就是發酵，就像蒸饅頭用的酵母一個道理。
但是給果樹施肥，得講究平衡施肥，不關你施入土壤裡多少種肥料，都要靠土壤微生物分解供應果樹吸收，特別是有機質，有機質的分子結構特別大，有資料說把分子式展開能繞地球一圈，這種大分子結構果樹是不能直接吸收的，需要更多的微生物分解，顯然，只靠發酵菌劑裡面的微生物是遠遠不夠的。
或者說，發酵菌劑發酵完有機質後，還有多少活性？要知道微生物菌劑不斷繁殖後的活性是代減的，更何況，微生物分解有機質的同時，分泌吲哚乙酸 ,赤黴素，各種酶類以促進果樹生長，抗病，抗逆，這些遠遠不是一個發酵菌能夠做到的。
不管用什麼發酵的有機肥，只能叫做有機肥，完全達不到菌劑所應有的功效，使用有機肥的同時，強烈建議增加有益菌的種類和用量，最好是複合菌，才能達到理想的效果。
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不建議同時使用。
如果有機肥使用的菌種與另外的一種菌劑的生存環境有差異，可能導致菌劑活性降低，造成浪費。
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不需要加其他的
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不需要了。太多了。怕消化不良
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