2月5日，預印本網站medRxiv和ChemRxiv更新4篇新冠病毒相關論文，主要內容如下：
注意：預印本網站medRxiv和ChemRxiv的所有論文未經同行評議。
MedRxiv
從公開報告的確診病例中獲得的2019-nCoV潛伏期：估計和應用
一種新型人類冠狀病毒於2019年12月在中國被發現。
目前，人們對其許多關鍵流行病學特徵的瞭解有限，包括對監測和控制活動具有重要意義的潛伏期。
美國約翰斯·霍普金斯大學彭博公共衛生學院等機構的研究人員，使用來自武漢以外其他省、地區和國家的101例確診病例的公開報告數據，通過可識別的暴露窗口和已知的症狀出現日期估計了2019-nCoV的潛伏期。
研究人員估計2019-nCoV潛伏期的中位數為5.2天（區間為4.4~6.0），其中97.5%的患者在感染後10.5天內出現症狀（區間為7.3~15.3）。
這些估計表明，在保守的假設下，每1萬例中有64例在經過14天的積極監測或隔離後出現症狀。
這種風險是否可接受，取決於感染的潛在風險和漏診病例的影響。
研究人員表示，這裡提出的估計有助於提供策略信息。
作者：StephenA Lauer、Kyra H Grantz、Qifang Bi、Forrest K Jones、Qulu Zheng、Hannah Meredith、Andrew S Azman、Nicholas G Reich、Justin Lessler
相關論文信息：
https://doi.org/10.1101/2020.02.02.20020016
利用運輸數據估計2019-nCoV在中國暴發傳播的風險
在2019-nCoV疫情早期階段，最重要的公共衛生任務之一是防止病毒傳播到武漢以外的其他城市。
因此，全面的邊境控制措施，以防止病毒傳播到相鄰國家已經被廣泛討論。
與此同時，武漢城域也實施了管制。
目前的挑戰是，許多人在邊境管制之前就從武漢前往其他城市。
因此，很難預測不同城市的輸入病例數量並估計其暴發出現的風險。
香港大學等機構的研究人員建立了一個數學框架，將城市與城市之間的聯繫納入其中，以計算從暴發源頭輸入的病例數，以及由輸入病例產生的累計繼發性病例數。
研究人員使用從武漢到其他城市的航空旅行頻率數據（來自國際航空運輸協會數據庫）估計了疫情暴發出現的時間。
此外，研究人員在經典SIR方法的基礎上建立了一個元種群劃分模型，模擬不同城市的疫情。根據目前的研究結果，他們考慮了3種基本繁殖數設置，從高（2.92）、低（1.68）到低得多（1.4）。
疫情傳播的平均到達時間已經確定。
在高值下，疫情傳播的關鍵時間是2019年12月31日之後的17.9天。
在低值下，關鍵時間為2019年12月31日以後的26.2天至35天。
在1.4下，又增加額外的30天，而控制措施必須減少源城市和目標城市之間87%的連接。
在2.92下，除非加強邊界控制措施以減少95%以上的聯繫，否則難以降低暴發發生率。
作者：Hsiang-Yu Yuan、M.Pear Hossain、MesfinMengesha Tsegaye、Xiaolin Zhu、Pengfei Jia、Tzai-Hung Wen、 Dirk Pfeiffer
相關論文信息：
https://doi.org/10.1101/2020.02.01.20019984
基於眾包數據對2019-nCoV疫情的早期流行病學分析
隨著2019-nCoV在國內外的暴發，需要迅速獲得流行病學數據指導態勢瞭解和干預策略。
在此，美國國立衛生院福格蒂國際中心的研究人員，從媒體新聞報道和醫生社區網站（dxy.cn）收集了2019-nCoV的流行病學信息，時間為2020年1月20日至1月30日，此時疫情已進入第7周。
研究人員編制了一份中國和國際報告病例的直線列表，並按中國各省進行了每日病例計數，並描述了288名患者的人口統計學特徵、住院時間和報告延誤情況。
研究發現，與武漢相比，武漢以外的省份和國際上的病例檢出滯後現象有所減少，1月18日之後，疫情意識增強。
病例的年齡分佈顯示15歲以下的兒童較少，這可能與先前對相關冠狀病毒免疫或行為差異有關。
總體而言，該研究的數據集自2020年1月21日以來一直公開，與中國官方一週多後發佈的報告相符。
在疾病暴發的早期階段獲得公開可用的數據集對於鼓勵獨立的學術建模團隊進行疾病建模工作併為指導干預提供可靠的證據非常重要。
根據眾包數據和官方來源，研究人員按地點列出2019-nCoV的每日數據。
作者：Kaiyuan Sun、Jenny Chen、Cecile Viboud
相關論文信息：
https://doi.org/10.1101/2020.01.31.20019935
ChemRxiv
2019-nCoV木瓜蛋白酶樣蛋白酶的同源模型
2019年12月在中國湖北省武漢市暴發的肺炎迅速與一種新型冠狀病毒聯繫起來。
該病毒的迅速傳播和嚴重程度導致世界衛生組織宣佈它為國際關注的突發公共衛生事件。
澳大利亞昆士蘭大學研究人員最近描述了2019-nCoV中主要的3CL蛋白酶的第一個同源模型，現在又介紹了其他病毒蛋白酶的模型，如木瓜蛋白酶樣蛋白酶（PLpro）。
雖然整個病毒基因組與蝙蝠冠狀病毒聯繫最緊密，但目前還不知道蝙蝠冠狀病毒的PLpro晶體結構。
分析結果顯示，2019-nCoV的PLpro與蝙蝠冠狀病毒PLpro的親緣關係最密切，為97%，其次是SARS冠狀病毒（80%）和MERS冠狀病毒（29%）。
SARS PLpro與泛素醛n末端泛素樣結構域共價結合，以洋紅色顯示。催化位點Cys112、His273、Asp287為黃色條狀。
此外，研究人員認為最有前途的模型是由SARS晶體結構模板製備的。
作者：Martin J. Stoermer
相關論文信息：
https://doi.org/10.26434/chemrxiv.11799705.v1
（唐一塵）
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