2月5日，预印本网站medRxiv和ChemRxiv更新4篇新冠病毒相关论文，主要内容如下：
注意：预印本网站medRxiv和ChemRxiv的所有论文未经同行评议。
MedRxiv
从公开报告的确诊病例中获得的2019-nCoV潜伏期：估计和应用
一种新型人类冠状病毒于2019年12月在中国被发现。
目前，人们对其许多关键流行病学特征的了解有限，包括对监测和控制活动具有重要意义的潜伏期。
美国约翰斯·霍普金斯大学彭博公共卫生学院等机构的研究人员，使用来自武汉以外其他省、地区和国家的101例确诊病例的公开报告数据，通过可识别的暴露窗口和已知的症状出现日期估计了2019-nCoV的潜伏期。
研究人员估计2019-nCoV潜伏期的中位数为5.2天（区间为4.4~6.0），其中97.5%的患者在感染后10.5天内出现症状（区间为7.3~15.3）。
这些估计表明，在保守的假设下，每1万例中有64例在经过14天的积极监测或隔离后出现症状。
这种风险是否可接受，取决于感染的潜在风险和漏诊病例的影响。
研究人员表示，这里提出的估计有助于提供策略信息。
作者：StephenA Lauer、Kyra H Grantz、Qifang Bi、Forrest K Jones、Qulu Zheng、Hannah Meredith、Andrew S Azman、Nicholas G Reich、Justin Lessler
相关论文信息：
https://doi.org/10.1101/2020.02.02.20020016
利用运输数据估计2019-nCoV在中国暴发传播的风险
在2019-nCoV疫情早期阶段，最重要的公共卫生任务之一是防止病毒传播到武汉以外的其他城市。
因此，全面的边境控制措施，以防止病毒传播到相邻国家已经被广泛讨论。
与此同时，武汉城域也实施了管制。
目前的挑战是，许多人在边境管制之前就从武汉前往其他城市。
因此，很难预测不同城市的输入病例数量并估计其暴发出现的风险。
香港大学等机构的研究人员建立了一个数学框架，将城市与城市之间的联系纳入其中，以计算从暴发源头输入的病例数，以及由输入病例产生的累计继发性病例数。
研究人员使用从武汉到其他城市的航空旅行频率数据（来自国际航空运输协会数据库）估计了疫情暴发出现的时间。
此外，研究人员在经典SIR方法的基础上建立了一个元种群划分模型，模拟不同城市的疫情。根据目前的研究结果，他们考虑了3种基本繁殖数设置，从高（2.92）、低（1.68）到低得多（1.4）。
疫情传播的平均到达时间已经确定。
在高值下，疫情传播的关键时间是2019年12月31日之后的17.9天。
在低值下，关键时间为2019年12月31日以后的26.2天至35天。
在1.4下，又增加额外的30天，而控制措施必须减少源城市和目标城市之间87%的连接。
在2.92下，除非加强边界控制措施以减少95%以上的联系，否则难以降低暴发发生率。
作者：Hsiang-Yu Yuan、M.Pear Hossain、MesfinMengesha Tsegaye、Xiaolin Zhu、Pengfei Jia、Tzai-Hung Wen、 Dirk Pfeiffer
相关论文信息：
https://doi.org/10.1101/2020.02.01.20019984
基于众包数据对2019-nCoV疫情的早期流行病学分析
随着2019-nCoV在国内外的暴发，需要迅速获得流行病学数据指导态势了解和干预策略。
在此，美国国立卫生院福格蒂国际中心的研究人员，从媒体新闻报道和医生社区网站（dxy.cn）收集了2019-nCoV的流行病学信息，时间为2020年1月20日至1月30日，此时疫情已进入第7周。
研究人员编制了一份中国和国际报告病例的直线列表，并按中国各省进行了每日病例计数，并描述了288名患者的人口统计学特征、住院时间和报告延误情况。
研究发现，与武汉相比，武汉以外的省份和国际上的病例检出滞后现象有所减少，1月18日之后，疫情意识增强。
病例的年龄分布显示15岁以下的儿童较少，这可能与先前对相关冠状病毒免疫或行为差异有关。
总体而言，该研究的数据集自2020年1月21日以来一直公开，与中国官方一周多后发布的报告相符。
在疾病暴发的早期阶段获得公开可用的数据集对于鼓励独立的学术建模团队进行疾病建模工作并为指导干预提供可靠的证据非常重要。
根据众包数据和官方来源，研究人员按地点列出2019-nCoV的每日数据。
作者：Kaiyuan Sun、Jenny Chen、Cecile Viboud
相关论文信息：
https://doi.org/10.1101/2020.01.31.20019935
ChemRxiv
2019-nCoV木瓜蛋白酶样蛋白酶的同源模型
2019年12月在中国湖北省武汉市暴发的肺炎迅速与一种新型冠状病毒联系起来。
该病毒的迅速传播和严重程度导致世界卫生组织宣布它为国际关注的突发公共卫生事件。
澳大利亚昆士兰大学研究人员最近描述了2019-nCoV中主要的3CL蛋白酶的第一个同源模型，现在又介绍了其他病毒蛋白酶的模型，如木瓜蛋白酶样蛋白酶（PLpro）。
虽然整个病毒基因组与蝙蝠冠状病毒联系最紧密，但目前还不知道蝙蝠冠状病毒的PLpro晶体结构。
分析结果显示，2019-nCoV的PLpro与蝙蝠冠状病毒PLpro的亲缘关系最密切，为97%，其次是SARS冠状病毒（80%）和MERS冠状病毒（29%）。
SARS PLpro与泛素醛n末端泛素样结构域共价结合，以洋红色显示。催化位点Cys112、His273、Asp287为黄色条状。
此外，研究人员认为最有前途的模型是由SARS晶体结构模板制备的。
作者：Martin J. Stoermer
相关论文信息：
https://doi.org/10.26434/chemrxiv.11799705.v1
（唐一尘）
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