異常憑證的法律基礎在於《增值稅暫行條例》第九條，該條規定：納稅人購進貨物、勞務、服務、無形資產、不動產，取得的增值稅扣稅憑證不符合法律、行政法規或者國務院稅務主管部門有關規定的，其進項稅額不得從銷項稅額中抵扣。
國家稅務總局《關於異常增值稅扣稅憑證管理等有關事項的公告》（國家稅務總局公告2019年第38號），從方便稅收徵管角度，對異常憑證進行了明確定義。其中第一條規定：
一、符合下列情形之一的增值稅專用發票,列入異常憑證範圍：（一）納稅人丟失、被盜稅控專用設備中未開具或已開具未上傳的增值稅專用發票；（二）非正常戶納稅人未向稅務機關申報或未按規定繳納稅款的增值稅專用發票；（三）增值稅發票管理系統稽核比對發現“比對不符”“缺聯”“作廢”的增值稅專用發票；（四）經稅務總局、省稅務局大數據分析發現，納稅人開具的增值稅專用發票存在涉嫌虛開、未按規定繳納消費稅等情形的；（五）屬於《國家稅務總局關於走逃(失聯）企業開具增值稅專用發票認定處理有關問題的公告》（國家稅務總局公告2016年第76號）第二條第（一）項規定情形的增值稅專用發票。
二、增值稅一般納稅人申報抵扣異常憑證，同時符合下列情形的，其對應開具的增值稅專用發票列入異常憑證範圍：（一）異常憑證進項稅額累計佔同期全部增值稅專用發票進項稅額70%（含）以上的；（二）異常憑證進項稅額累計超過5萬元的。納稅人尚未申報抵扣、尚未申報出口退稅或已作進項稅額轉出的異常憑證，其涉及的進項稅額不計入異常憑證進項稅額的計算。
上述認定的效力範圍僅侷限於增值稅領域，對企業所得稅無效，對企業所得稅無效，對企業所得稅無效。
為什麼這麼說，我們可以看下國家稅務總局《企業所得稅稅前扣除憑證管理辦法》（國家稅務總局公告2018年第28號）的具體規定。
其中第十二條規定：企業取得私自印製、偽造、變造、作廢、開票方非法取得、虛開、填寫不規範等不符合規定的發票（以下簡稱“不合規發票”），以及取得不符合國家法律、法規等相關規定的其他外部憑證（以下簡稱“不合規其他外部憑證”），不得作為稅前扣除憑證。
2018年第28號文第十二條將不得稅前扣除憑證分為不合規發票和不合規其他外部憑證兩大類。異常的憑證屬於增值稅專用發票，因此不屬於外部憑證，根據十二條的規定，異常的憑證顯然也不屬於不合規發票。
因此企業接受的增值稅專用發票被稅務機關認定為異常後，不會引發2018年第28號文的直接適用，除非相關稅務部門將該異常的憑證進一步性行為虛開等情形。
企業一旦接受稅務機關問詢，涉及相關發票被認定為異常憑證後，解決方案只有兩個方向，前提都要基於自身業務的真實性，如果不真實，那麼轉出認慫，被動等待是否被要求所得稅調增，如果真實，那麼不轉硬抗，同時啟動對該認定行為的法律救濟。
根據2019年39號文，有關異常憑證認定的規定，可以認為該行為是一個行政確認行為，該確認行為對納稅人的權利產生實質影響，具有可訴性，不過法院如果認為這個認定行為只是過程行為，有關進項稅額轉出的要求才是最終行政行為的話，可能會駁回起訴。
總之呢，2019年38號文繼承了2016年76號文的血脈，始終強調的是稅款利益，對納稅人權益保護關注的太少，儘管有A級納稅人的核實程序，但可以預見，或許這也只是形式。
當然了，文件實施的基礎都要建立在異常憑證的認定是客觀準確無誤的，如果在個案中，稅務機關有關異常的認定存在執法錯誤，那麼喪失這個基礎，將不可避免的增加相關納稅人的權利維護成本。
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