1、發票認證：進口增值稅專用繳款書以及通行費增值稅電子普通發票需要通過認證抵扣，農產品收購發票、農產品銷售發票、道路、橋、閘通行費發票要通過申報計算抵扣來實現。用於不得抵扣項目的，認證之後不得抵扣，需要做進項稅額轉出。需要通過計算抵扣的扣稅憑證不需要認證，直接計算抵扣。
一般納稅人開具的農產品銷售發票，是指農業生產企業中的一般納稅人開具的免稅農產品銷售發票；小規模納稅人開具的農產品銷售發票，是指小規模納稅人銷售農產品依照3%徵收率按簡易辦法計算繳納增值稅而自行開具或委託稅務機關代開的普通發票；依法不需要辦理稅務登記的企事業單位和個人，偶然發生增值稅應稅行為，憑自產自銷證明由銷售方所在地主管國稅機關代開增值稅普通發票或通用機打發票。注意：批發、零售納稅人享受免稅政策後開具的普通發票不得作為計算抵扣進項稅額的憑證。
2、企業所得稅：科技型中小企業開展研發活動中實際發生的研發費用，未形成無形資產計入當期損益的，在按規定據實扣除的基礎上，在2017年1月1日至2019年12月31日期間，再按照實際發生額的75%在稅前加計扣除;形成無形資產的，在上述期間按照無形資產成本的175%在稅前攤銷；
企業取得財產（包括各類資產、股權、債權等）轉讓收入、債務重組收入、接受捐贈收入、無法償付的應付款收入等，不論是以貨幣形式、還是非貨幣形式體現，除另有規定外，均應一次性計入確認收入的年度計算繳納企業所得稅。
3、增值稅納稅申報：增值稅納稅申報比對管理操作規程是進一步加強和規範增值稅納稅申報比對管理，對申報比對不符的，網上申報系統有提示信息推送，包括比對不符結果保存內容、監控級別、比對類型、比對名稱、比對內容等。增值稅納稅申報前，抄稅-納稅申報-清卡是有先後順序的，必須先抄稅、再申報，如果比對成功，系統會自動清卡；如果比對不成功，金稅盤將被鎖死，需要攜帶金稅盤到主管稅務機關辦稅服務廳進行處理。
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