在池塘養殖過程中，如果飼料投入量大於池塘自淨能力，必然引起池塘水體逐漸富營養化，可以說，絕大多數池塘水體養殖中後期都處於“營養過剩”狀態。此外，飼料的營養組成是根據養殖對象設計的，不是根據池塘生態系統中健康藻類組成設計的，因此，對於池塘生態而言，水體的營養組成又往往處於不平衡狀態。
一、藍藻的危害
根據藍藻的生物學特徵，在“營養過剩”和“營養不平衡”條件下，藍藻具有獨特的生存生長優勢。環境越是惡劣，藍藻就越有優勢。所以，如果池塘管理者不能很好地解決這兩個問題，池塘滋生藍藻就不可避免。
滋生藍藻對池塘養殖的危害不僅僅是加速了養殖水體的老化速度、形成水華、阻斷光合作用和隔絕空氣中的氧向池塘水體擴散、大量死亡藻類的分解引起池塘嚴重缺氧、產生藻毒素和還原性毒性物質（如硫化氫）。其實，只要藍藻滋生，即使池塘生態還沒演化到水華形成，池塘生態系統還處於“正常”的情況下，藍藻的危害已經開始了。藍藻在生長過程中會合成一些致嗅物質（如引起土臭味的地黴素和2-甲基異2-茨醇以及引起泥腥味的2,4-庚二烯醛、2,4-癸二烯醛、2,6-壬二烯醛、2-辛烯醛、庚醛、己醛、壬醛等）在體內積累或分泌到水體中。魚類攝食或接觸這些物質就會產生比較強烈的異味——“泥腥味”或“魚腥味”。
每年由於藍藻引起異味而導致水產品質量降低甚至不能出塘（特別是加工成肉片的魚類，如羅非魚、叉尾鮰等）所造成的經濟損失也許比由於藍藻導致水質惡化所造成的損失更嚴重。所以，控制藍藻的滋生遠比控制藍藻水華更為重要。當然，控制藍藻滋生自然也就能夠避免藍藻水華。
怎麼樣才能避免滋生藍藻？必須也只須破壞藍藻具有優勢的那些環境條件，使藍藻不具任何優勢，自然就能夠維持池塘生態系統中藻類組成的多樣性。
二、所謂“有益藻”或“有害藻”是相對的
池塘作為一個開放系統，其生態系統中包括藻類在內的生物組成是物競天擇的結果，誰適應，誰生存。因此，所謂的生態養殖，就是通過對環境條件的調節，達到抑制某些“有害生物”的生長，促進某些“有益生物”的生長，以維持池塘生態系統處於一個相對健康而穩定的狀態。
但是，必須明白，所謂“有益藻”或“有害藻”是相對的。“生態”的本質是平衡，在一個平衡的生態系統裡，任何生物的存在都是合理的，沒有一種藻類叫“有益藻”，也沒有一種藻類叫“有害藻”。
如果一個生態系統失去平衡，也就是說，某些藻類越來越多，而某些藻類越來越少。那些越來越多的藻類，多到一定程度就會引起麻煩（如藍藻），我們就希望控制它們，殺掉它們，這種藻類，我們就稱為“有害藻類”；而那些越來越少的藻類，我們總希望它們多一些，甚至通過人為添加來提高它們的生物量，這種藻類（如小球藻），我們稱為“有益藻類”。所以，對於一個具體的池塘，一種藻類是“有害”還是“有益”，取決於它在生態系統中是“過剩”，還是“不足”。
(小球藻單細胞綠藻)
凡是搞生態養殖的人，都必須明白這一點，只要“平衡”，就沒有好壞之分。所以，池塘中沒有一種藻類是“多多益善”的“有益藻”，哪怕是小球藻，任何藻類，一旦大量繁殖、失控，都會引起水華，都可能造成池塘生態系統癱瘓，都是有害的；同樣，池塘中也沒有一種必須徹底“清除乾淨”的“有害藻”，哪怕是藍藻，只要它平衡，“不搗亂”，都是正常而健康的。
此外，生態的“平衡”是相對的，“不平衡”是絕對的。對於出現過多的藻類，上策是通過生態條件調節，使之失去優勢而降低數量，回到平衡狀態，這就是日常“水質調節”的任務。如果我們採用“藥物殺滅”的方法而沒有改變環境條件，藥效過了之後長出來的還是這些藻類。一方面，可能由於藥物對其它本來就不具備優勢的藻類的傷害，更加失去生存競爭能力；另一方面，想殺掉的藻類也會逐漸產生對化學殺藻藥物產生抗藥性。其結果就是越殺“有害藻類”就越多。
三、藍藻水華的生物學特性
藍藻本身沒有多少危害，就怕藍藻老化形成水華。藍藻形成水華時，藍藻已經處於瀕死狀態，一方面將嚴重抑制浮游植物利用光合作用產生氧氣，另一方面也阻隔空氣中的氧進入水體，導致水體中溶解氧嚴重不足。長時間出現缺氧或亞缺氧狀態，會使水體持續惡化，進一步破壞水質，水生生物窒息而亡，造成生態失衡。而最為嚴重的問題是，某些有毒藍藻死亡釋放大量的藻毒素，使養殖動物暴發病害或中毒死亡！
需要明白的一點是，藍藻水華的出現是水質惡化的結果，不是水質惡化的原因！當然，藍藻的暴發也加速了池塘生態系統的惡化，尤其是老化、死亡的藍藻釋放的藻毒素對所有養殖動物都有劇毒。因此，應該從源頭上防止藍藻水華的出現（不要讓水質惡化），而不是糾纏於藍藻水華用什麼藥物能處理（沒有一種藥物能處理惡化的水質）。一旦出現藍藻水華，不是殺了藍藻就完事，而是必須重建池塘生態系統。
藍藻水華是池塘水質惡化的最終表現，也就是說，在池塘生態環境惡化的過程中，藍藻逐漸佔了上風，單藻獨大並最後導致自身老化和崩潰。雖然目前藍藻水華大多歸咎於水體的氮、磷和有機汙染，但在池塘養殖過程中藍藻水華的出現也不盡是富營養化所造成的。有些水質屬性本身就更容易生長藍藻，但只要藍藻不老化，不形成水華，不產生藻毒素，池塘中藍藻數量的多少並沒有任何問題。
四、削弱藍藻的生存生長優勢的措施
一般認為：在高溫、靜水、透明度低、光照強或磷高氮低的情況下容易爆發藍藻水華。如果這些條件疊加起來就更容易爆發藍藻水華。
高溫：水體容易分層；
靜水：營養素不易擴散、水體容易分層；
透明度低：藻類密度高、受光深度淺、營養消耗快而可供應營養素的水體範圍小；
光照強：藻類營養素消耗快而表層水溫高，水體容易分層，長期強光容易導致光氧化；
高磷低氮：藍藻可固氮。
1.機械“消層”
儘管整個水體各種營養素含量都比較合適，可是一旦水體分層，加上太陽光出來，局部營養素很快就被消耗，所有藻類的光合作用速度都有不同程度的提高，必然導致局部營養素缺乏，此時藍藻的高二氧化碳親和力、比表面積大、具固氮酶系、抗光氧化等優勢全部得到發揮，其它藻類無法生長，只剩下藍藻可以持續生長。
例如，池塘水體深度2米，而透明度只有20釐米（光補償深度40釐米），一旦水體分層，可利用的有效營養素只有40/200=20%。雖然池塘整體藻類營養素豐富，但只要出現分層，就可能發生局部營養素缺乏。
因此，只有保證光合作用期間表層各種營養素的持續供應，才能使各種藻類得以可持續生長，從而避免藍藻一藻獨大。所以，採用機械手段“消層”，使底層的營養素連續不斷向表層提供，同時使具偽空泡佔據表層的藍藻能被水流帶到底層，讓所有藻類都獲得同等的光照條件，才能避免藍藻爆發。
具體方法：在晴天光合作用強烈時採用葉輪增氧機、湧浪機、耕水機等等一切可以“消層”的設施，促進水體上下流轉，持續不斷地將營養素缺乏的表層水打到底層，將底部營養素豐富的底層水打到表層。這樣，不僅可以避免藍藻爆發，還能夠大幅度提高整個水體的光合作用效率，提高池塘的承載能力。維生素是維持生命的必要元素，人類每天也需要補充大量的維生素。由於人類腸道的構造，消化能力較強，一般的維生素製造為普通的顆粒。但是水產動物，如小龍蝦、螃蟹和南美白對蝦等動物腸道較短、吸收能力較差，因此維生素的顆粒越小越容易吸收。國外最新的技術是將維生素製造為納米級別的顆粒，這樣水產動物的吸收率就大大提高。其次，納米級的維生素水溶性好，無論是拌料還是潑水使用效果都要好很多。
2.生物"消化"
前面說過，藍藻水華是池塘生態系統惡化的一種外觀表象，也就是說，任何水質惡化，都有可能以藍藻水華的形式表現出來。所以，從本質上講，只要池塘生態系統平衡、健康，自然就不會發生任何水華了。
在高密度養殖的池塘中。水中營養鹽類豐富，能促進藍藻、銅綠微小魚藻、螺旋藻等等大量繁殖。大千世界中萬物都是相生相剋的，從生物學食物鏈來說，如果此時專門獵食這些藻類的花白鰱、羅非魚、鯝魚、日本白鯽等濾食性或喜藻性魚類沒有投放或者數量放少了，則大量浮游植物特別是藍藻會在水中老化直至死亡腐爛。因此，放養一定數量的濾食性魚類(特別是白鰱)是根治藍藻暴發的首選措施。
目前，藍藻的暴發既普遍又確實憂人，對於藍藻的處理方法，到目前為止並沒有十分有效的辦法，水體配養濾食性或喜藻性魚類當然才是最好的方法。在現實中我們可見：池塘養魚以白鰱，花鰱魚為主養的，藍藻就不會大量產生；主養其它魚的，只要白鰱混養合理(一般每畝100-300尾)，一般也沒有藍藻暴發的現象。如果池塘混養有白鰱、花鰱而仍然嚴重爆發滋生藍藻，證明你有可能花白鰱魚的混養比例失調，應稍加提高白鰱的混養比例。因此，千萬不要因嫌棄白鰱魚的價值低廉而不套養。
3.生物“競爭”
藍藻與一種或一類細菌在對生存環境上的營養元素的利用上存在競爭關係，那麼我們可以潑灑有益藻菌生物製劑去與藍藻競爭。一旦有益藻菌佔了優勢，藍藻就會成為弱勢種群，並且還可能會被有益藻菌分解掉，就不會產生藍藻毒素，不會對水體和養殖動物產生負面影響。
(小球藻)
藍藻生活在水中，受到外界環境和其它藻類的影響，如果水體中小球藻、硅藻、綠藻、隱藻等藻類多了，水體藻相均衡，藍藻基本上就不會大量繁殖。藍藻大量繁殖時，培植其它藻菌，其它有益藻菌一旦繁殖起來，藍藻就會慢慢減少，直至其消失。
採用培植有益藻菌的方法比上文說的生物"消化"的效果要差得多，但只要在平時搞好水質調節和培藻育菌工作，防患於未然，也不失為一個好方法。如果不出現藍藻大量死亡，不用給水體解毒和改底，用有益藻菌處理藍藻，是要與藍藻共生的競爭鬥爭，這是一個生物競爭的過程，需要一定的時間，見效會比較慢，變化是緩慢的、溫和的。
五、化學消滅藍藻的方法
使用殺藻藥劑消滅藍藻是迫不得已的一種方法，治表不治裡，可能今天消滅了它，又可能十天半月後又會復發，並且還會引起水質一系列的"動盪"應激反應，破壞水體生態系統，因此不可取。
化學消殺法主要是指利用能夠殺藻的消殺類產品，如強氯精，硫酸銅，絡合銅，漂白粉，過硫酸氫鉀複合鹽粉或者市面上銷售的藍藻分解類產品。採用殺藻劑滅藻的處理方法往往會造成藍藻大量集中死亡，會引起魚蝦大量的不適應甚至死亡，所以原則上不提倡這樣處理，在迫不得已時殺藻後必須解毒，增氧，加水。目前市場上增氧產品種類繁多。傳統的增氧產品受技術和配方制約，一般為3-8小時集中放氧。該類集中放氧的產品短時間內迅速放氧，氧氣容易快速溢出水體，池塘存留效果差，且對養殖動物刺激性較大。同時使用成本高，並需要人工時時關注增氧情況。最新的技術是採用先進的緩釋技術和特殊配方，使氧氣可以在池底緩慢釋放，增氧效果長達30個小時以上。該類增氧產品成本低，放氧時間長久且持續，省時省事又省力。
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