乾隆四十六年六月，清廷發生了一起駭人聽聞的“捐監冒賑”案，甘肅布政使王亶望夥同各級官員貪汙國帑數百萬兩，百餘名官員非死即戍。這起大案如同一場驚雷，深深地觸動了陶醉在盛世之中的乾隆帝，他意識到腐敗問題已經十分嚴重了。然而，就在不久，又一起大案浮出水面，而且和捐監冒賑案有著直接的關聯。
一，乾隆帝抄沒物品，閩浙總督露出馬腳
乾隆四十七年初，乾隆帝觀看原浙江巡撫、甘肅布政使王亶望的查抄家產，發現“呈覽物件，大都不堪入目”，這與家財三百餘萬兩的大貪官，很不協調，頓起疑心，感到其中大有問題。二月，布政使國棟至京陛見時，乾隆帝當面問其此事，國棟並未據實呈奏。
同年夏季，乾隆帝在熱河時，布政使李封、升任安徽按察使之鹽法道陳淮至熱河陛見時，乾隆帝又親自詢問三人在辦理查抄王亶望家產時有無情弊，三人“俱各隱匿不言”。乾隆帝更為懷疑，於七月命新任浙江布政使盛柱留心察訪。
九月初十日，盛柱上奏查抄有弊，乾隆帝下了兩道諭旨。第一道是派戶部右侍郎福長安、刑部尚書喀爾阿為欽差大臣前往河南，名義上是會同大學士阿桂查看河工，實際上是去傳達旨意，將升任河南按察使的原浙江糧道王站柱解職，押往浙江質對審問。第二道是命閩浙總督陳輝祖先清理此案。
乾隆此時對陳輝祖毫不懷疑，認為是其屬員舞弊。諭旨說：“陳輝祖查抄王亶望物件一案，現疑有抽換抵兌之弊，已派福長安、喀寧阿往河南，將隨同抄家之王站柱解往浙江。著傳諭陳輝祖即同盛柱先行提交人證和文卷，將原冊與呈送北京之物有何不符及抽換抵兌之處，逐一根究，無令水落石出。”
乾隆在諭旨中還表示，如果陳輝祖實心辦差，將來也不追究他失察之罪，如果不盡心查辦，或曲意迴護，一經欽差查出，則必不寬宥。
不久，福長安等人抵達浙江盡心追查，奏摺很快傳到了京城。乾隆覽後大驚，才感覺此案非同小可，並非僅系抄家人員營私舞弊，而與閩浙總督陳輝祖有關。九月十七日，乾隆下了四道諭旨。
第一道是諭命將陳革職拿問，並簡述此案經過。第二道是以富勒渾不能很快到任，諭福長安署理總督巡撫，福長安未到之前，著王進泰暫行兼署。第三道是命阿桂往辦此案。第四道將安徽按察使國棟革職，解赴浙江，交阿桂嚴審。
二，阿桂誤信總督狡辯，乾隆帝駁斥明斷疑案
諭旨下達不久，陳輝祖的奏摺到京，他陳奏：在查抄王亶望家產時，“布政使國棟面稟商換，並言及金色低潮，恐解京轉難適用，不如易換銀兩，較為實濟，遂爾允行”。
顯然，陳輝祖這是在狡辯，他將主要責任推給了國棟，自己僅是“允行”而已，不是主謀，又將此事粉飾為一無謬誤，金色低潮，解京不便使用，因為以銀易換。儘管陳輝祖騙過了阿桂，但他沒有想到乾隆帝英明善斷，識破了辯解之詞。
乾隆四十七年九月二十二日，乾隆帝下達長諭，駁斥了陳輝祖的騙人之詞。他從四個方面加以說明：
其一，陳輝祖既稱金色低潮，恐解京轉難適用，則便應將所有金子全部易換，何以解交內務府內又列金葉九兩三錢，明系藉此以為掩飾彌縫之地；
其二，陳輝祖稱照價易換白銀七萬餘兩，而阿桂詢問王站柱的口供內又言及王亶望有銀二三萬兩，則此易金之銀，“已有王亶望銀少半在內，陳輝祖又將何辭抵飾乎”？
其三，陳輝祖稱欲留此款為塘工之用，如果辦理河塘，銀不敷用，即當奏明請款，若欲私自為此變易，“已屬非是”；
其四，此次陳折只言及易金之事，而於玉山子等件作何隱匿之處，並無一字提及，“是欺罔矇混，更無疑義”。
為此，乾隆得出了這樣的結論：他認為陳輝祖與國棟舞弊，分肥入己，還說陳輝祖系協辦大學士陳大受之子，父子皆任總督，“世受國恩，最為深重，何至喪良無恥至於此極。王亶望所為，系明火執仗，而陳輝祖竟是小人之所為”。
此外，乾隆帝又批評了欽差福長安、阿桂等人辦案不力，否定了他們的錯誤結論，斷定陳輝祖的罪過是確鑿無疑的。在乾隆帝的親自過問之下，為查清陳輝祖等抽換王亶望入官財產的大案，奠定了基礎，案件的審理也得以順利進行。
三，陳輝祖認罪伏法
阿桂、福長安接到上諭後，知道自己犯了錯誤，立即遵旨加緊辦案。乾隆四十七年十月二十九日，阿桂奏摺到京。奏稱：“經手的委員、官員、胥役等業已供認，究出繳庫易金銀兩挪轉掩飾及各情弊。”乾隆看後十分高興，說：“此奏方得實情，閱之稍為爽視。此等偷換隱匿，朕早已鑑及”。
案情至此水落石出，乾隆帝下旨由福長安押解陳輝祖、國棟及經手各犯，迅速來京。十二月初二日，經大學士九卿會議，乾隆帝下諭了結了此案，他說：“陳輝祖以陳大受之子，受朕恩厚，用為總督，不思潔己率眾，勉圖報效，其於地方應辦諸務，不能實心實力，隨事整飭，於查抄入官之物，又復侵吞抽換，行同鼠竊，其昧良喪恥，固屬罪無可恕”。
不過，乾隆帝又認為陳輝祖和王亶望不是一個類型的人，說陳輝祖“只一盜臣耳”。著將陳輝祖從寬改為斬監侯，秋後處決。國棟、知府王士翰等斬監侯。
四十八年二月初三日，因查明陳輝祖貽誤地方，武備廢弛，倉谷虧空，乾隆帝下諭，令其自盡，“以為封疆大臣廢弛地方者戒”。
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