伊犁將軍轄境東到哈密西到蔥嶺北到巴爾喀什湖和額爾齊斯河中上游

伊犁將軍，全稱為總統伊犁等處將軍，是清朝乾隆帝平定準部和回部之後設立的新疆地區名義上的最高軍政長官 ，正一品武官。

伊犁將軍轄境東到哈密和巴里坤、西到蔥嶺和楚河、塔拉斯河流域，北到巴爾喀什湖和額爾齊斯河中上游，南到崑崙山。乾隆二十七年，任命明瑞為第一任伊犁將軍，1912年志銳作為最後一任伊犁將軍而結束。伊犁將軍節制塔爾巴哈臺參贊大臣、烏魯木齊都統、喀什噶爾參贊大臣。

伊犁將軍有統率駐軍、考察官吏、屯田置牧、組織生產、核徵賦稅、巡邊守土等職能。1884年新疆建省後，伊犁將軍則只負責伊犁和塔爾巴哈臺的防務和軍政。

伊犁將軍轄區

清朝前期，新疆天山南路的居民主要是信仰伊斯蘭教的維吾爾族。伊斯蘭教在中國又稱“回教”，所以這個地區也就被稱為回部。清康熙年間，準噶爾部噶爾丹兼併了南疆，維吾爾族首領被拘禁在伊犁當作人質。維吾爾族貴族大和卓木布那敦和小和卓木霍集佔也被拘禁在這裡。

乾隆二十年（1755年）平定準噶爾部後才獲得釋放，清軍派人護送布那敦回葉爾羌（今莎車），讓他繼續統治舊部，霍集佔仍然留在伊犁管理維吾爾族事務。清政府這樣做是想利用他們協助統一南疆的回部，但霍集佔卻企圖搞分裂，參與了阿睦爾撒納的叛亂。乾隆二十二年（1757年），霍集佔弟兄發動大規模的叛亂，殺害了清軍副都統阿敏圖等，霍集佔自稱巴圖爾汗，一時各部從者數十萬人。

第二年，清政府以兆惠為將軍，率清軍前往鎮壓。大小和卓木進行頑抗，並堅壁清野以困清軍。

1761年清政府平定大小和卓叛亂，以兆惠為將軍的清軍完全控制了新疆地區，

乾隆二十四年（1759年），清軍分路進攻被叛軍盤踞的喀什噶爾（今喀什）和葉爾羌。困守兩城的大小和卓木見民心盡失，棄城而逃。7月，清軍在帕米爾高原的伊西洱庫河谷與叛軍展開激戰，“降者蔽山而下，聲如奔雷，小和卓本手刃之不能止也”，降者達一萬兩千餘人。大小和卓術突圍至巴達克山界（今阿富汗東北），被巴達克山汗素勒坦沙擒殺，其屍首送交清政府。大小和卓木的叛亂終被平定。

四大鎮

乾隆末年結構是：伊犁將軍之下，設都統、參贊大臣、辦事大臣、領隊大臣等職，分駐天山南北各地，管理本地軍政事務。北路設伊犁參贊大臣一員，領隊大臣五員，塔城參贊大臣一員，辦事兼領隊大臣一員。南路設喀什噶爾參贊大臣一員，管理葉爾羌（今莎車）、英吉沙爾（今英吉沙）、烏什、阿克蘇、庫車、和闐（今和田）、喀喇沙爾（今焉耆）、吐魯番等城辦事大臣或鄰隊大臣。東路設烏魯木齊都統，管理古城（今奇台）、巴里坤、哈密、庫爾喀喇烏蘇（今烏蘇） 等城辦事大臣或領隊大臣。

烏魯木齊設都統一員，伊犁（今霍城東南）、塔爾巴哈臺（今塔城）、喀什噶爾（今喀什）各設參贊大臣一員，受命於將軍，統轄全境駐防官兵，合稱“四大鎮”。此外，又在葉爾羌（今莎車）、英吉沙爾（今英吉沙）、烏什、阿克蘇、庫車、和闐（今和田）、庫爾喀喇烏蘇（今烏蘇）、喀喇沙爾（今焉耆）、吐魯番、古城（今奇台）、巴里坤、哈密等城，設辦事大臣或領隊大臣，統轄縣、營各級文武官員，管理一城之事。伊犁將軍負責全疆的軍政邊防事務，各級駐紮大臣都置於伊犁將軍的統轄之下。

惠遠城

1763年，在伊犁河北岸興建了一座惠遠城，將這座城市命名為惠遠(今新疆霍城縣南)，作為伊犁將軍的駐地，從此，惠遠城成為新疆地區的首府。又陸續修建了寧遠城（今伊寧市）、惠寧城（今伊寧市巴彥岱鎮）、塔勒奇城（今霍城縣境內）、瞻德城（今霍城縣清水河鎮）、廣仁城（今霍城縣蘆草溝）、拱宸城（老霍城縣城）和熙春城（今伊寧市西城盤子），史稱伊犁九城。其中惠遠、惠寧二城為滿營駐所。伊犁將軍駐惠遠城，綏定等六城為綠營駐所，總兵駐綏定。寧遠為維吾爾族(包括塔蘭奇)商民聚居之處。 伊犁將軍辦事地方維吾爾人叫東衙門。

1871年沙俄侵佔伊犁後，惠遠城遭侵略者拆毀 。1876年清朝派左宗棠率大軍進疆，消滅了盤踞在南疆的阿古柏偽政權。1881年左宗棠收回伊犁，第二年在惠遠舊城北7.5公里處另擇新址，重建惠遠城，史稱新惠遠城。

在伊犁河北岸今霍城縣東南興建了一座城市，乾隆帝將這座城市命名為“惠遠”，作為伊犁將軍的駐地。從此，惠遠城成為新疆地區的首府內店鋪林立，百貨雲集，“市肆極稱繁榮”。在惠遠建城的前後一段時間裡，在伊犁河北岸，又陸續修建了塔勒奇、綏定、惠寧、寧遠、廣仁、熙春、瞻德、拱宸等城，與惠遠合稱“伊犁九城”。其中惠遠、惠寧二城為滿營駐所，伊犁將軍駐惠遠城；綏定等六城為綠營駐所，總兵駐綏定；寧遠（今伊寧市）為維吾爾族商民聚居之處。

惠遠城在歷史上多次受到伊犁河水衝擊，特別是同治十年（1871年）沙俄侵佔伊犁後又遭侵略者拆毀。伊犁將軍府的建築也未能倖免。光緒七年（1881年），清軍收回伊犁，第二年在惠遠舊城北7.5公里處另擇新址，重建惠遠城，史稱新惠遠城。新惠遠城建成之前，伊犁將軍暫駐塔城等地。新惠遠城的中心位置建有一座鐘鼓樓，屋頂正脊兩端各有鴟吻，中間有寶瓶和戟形鐵剎。鐘鼓樓建在一座外面為青磚包砌的土臺基上，東西南北四面各有拱門，內有十字通道，構成整個城市的十字街心。至今保存下來的伊犁將軍府舊址就在新惠遠城內。伊犁將軍府坐北朝南，院內古木參天，有廳堂、臺榭、曲徑、迴廊，人們據此可以想見當年這裡建築的富麗堂皇。院牆上還殘留炮臺和槍眼。將軍府內花木扶疏，小巧玲瓏的“將軍亭”已被修繕一新，掩映在青松綠樹之間。在二堂後的石階下，左右各置—神態逼真的大型石獅，威武而又不失安詳，石獅造型與內地常見的石獅不同，具有鮮明的地方特色。

伊犁九城

伊犁一直是新疆通往中亞的重要通道，歷史上曾建有許多城鎮在這裡發展貿易。伊犁將軍府舊址在霍城縣惠遠城內。

清代乾隆為了加強在伊犁地區的治理，在這裡設伊犁將軍，建惠遠城，並陸續在其周圍建起惠寧、綏定、廣仁、寧遠、瞻德、拱宸、熙、塔爾奇八座衛星城，統稱為“伊犁九城”。現保存較好的是被稱為“伊犁九城”之首的惠遠城，是當時我國西陲軍、政治中心的伊犁將軍府所在地。

光緒十年（1884年）新疆正式建省，省府設在迪化（今烏魯木齊），惠遠城逐漸失去了全疆政治中心的地位，伊犁將軍的權限縮小，主要負責北疆防務。辛亥革命後，伊犁九城的建制被取消，伊犁將軍的歷史使命也隨之宣告終結。