1644年，李自成攻入北京，崇禎皇帝上吊後，明朝算是滅亡了。但是因為明朝宗室和文武百官大量南逃，在淮河以南，清軍的勢力範圍還未到的地方，先後建立了六個政權，以明朝為正朔，史書稱為南明。
南明王朝從1644年到1683年，前後堅持了約40年。最終還是寡不敵眾，趨於滅亡。
南明第一任皇帝是朱由崧，1644年4月25日，崇禎煤山自縊後，朱由崧五月份就在南京被擁立為皇帝，改元弘光。此時南明還控制著大部分國土，李自成的大順軍夾在南明和清軍之間，清軍還在關外。看形式，對南明很有利。
但是好景不長，1644年9月，清朝順治帝遷都，隨機南下，雖一路上遇上不少抗清武裝，但依舊是勢如破竹，很快就與南明在淮河邊面對面了。此時大順被趕去西邊，張獻忠在四川稱帝，建立大西政權，改元“大順”，跟李自成的大順槓上了。
1645年，清軍繼續南下，很快攻破南京，朱由崧被俘，押往北京，第二年被處死。此時清軍已佔領半壁江山了。五月份李自成被殺，大順政權滅亡。留下大西政權和清朝、南明三足鼎立，不過大西這隻足有點發育不良。
朱由崧死後，朱聿鍵在福州正式稱帝，改元隆武，這是南明第二位皇帝。但是屁股還沒坐熱，清軍就來了，攻入福建，朱聿鍵在準備北伐的時候被捕，絕食而亡。這時清軍的地盤比南明大了。這時大西政權的張獻忠死了，孫可望帶領大西軍到了雲貴地區，變得聰明起來，不再明目張膽地稱皇帝了。
1646年隆武皇帝死了，他的弟弟唐王朱聿鐭搶在朱由榔之前，十一月初五在廣州正式稱帝，改元為紹武。這是南明第三位皇帝。朱由榔十一月十八日在肇慶稱帝，改元永曆。此時是兩帝並存。並且廣州和肇慶相隔沒多遠。不過可以看出，南明王朝的大本營在一步一步地往南遷移。這時清軍已經佔領大部分領土了，南明算是偏不安一隅。十二月份清軍攻入廣州，當了一個月皇帝的紹武帝自縊而死，真是命苦的娃子。朱由崧跑得快，相繼逃往梧州、桂林、全州、柳州，過著東躲西藏的日子。
1648年，四月，兩廣提督李成棟反清復明，清廣西巡撫耿獻忠反清復明，接二連三的很多地方都反清復明了。因此看下圖，這時候南明的領土又增大了。可把永曆帝樂壞了，當即還都肇慶，心裡美滋滋的。這是第一次抗清高潮。
真是造化弄人，沒高興多久，1649年，李成棟兵敗而死，其他幾位反清復明的領頭者也相繼而亡，江西、湖南地區再次落入清軍口中。不過這時候孫可望準備投了南明，此時整個雲貴大後方都是南明瞭的。
1650年正月，瞿式耜，張同敞在桂林被孔有德捕殺，清軍再次佔領湖廣，其他剛剛收復的失地也相繼丟掉。南明又一次一朝回到解放前了。
1651年，朱由榔被孫可望武力綁架到安龍府，然後被軟禁了三年。南明繼續丟城失地，眼看著越來越小了。
好在這時候，孫可望和李定國聯合抗清，以大西軍為主的南明軍隊全面反攻清軍，李定國真是個打戰人才，相繼收復湖南、廣西，殺了敬謹親王尼堪，名震天下。東南沿海的鄭成功抗清軍隊也乘機發動攻勢，收復不小地方。南明的領土又一次增大了。這是第二次抗清高潮。
1654年，孫可望欲自立，後來事情敗露，殺了十七朝臣。李定國把朱由榔護送到昆明。南明的大本營再一次南移。
1656年，孫可望與李定國不合，兩軍內訌，在曲靖交水大敗孫可望。接著，孫可望與清軍大戰數月，最終不敵，孫可望順勢投降了清軍。企圖借兵復仇。
孫可望投降清軍後，被封為義王，他深知西南軍情虛實，盡數報與清軍，因此讓李定國等西南抗清武裝吃了大虧。1658年，清軍三路大軍入攻雲南，雲貴淪陷。這時南明已經沒有多少地盤了。
1659年，李定國護送朱由榔撤到雲南保山，後又由永昌退到騰越（雲南騰衝縣），一路上追兵不斷，後由騰越逃到緬甸境內，被緬甸王莽達收留。可惜這時緬甸也亂了，莽達的弟弟莽白髮動政變，殺死其兄莽達後繼位。1661年8月12日，莽白髮動咒水之難，殺光了永曆帝身邊的官員和侍從近衛。吳三桂入緬甸，莽白把永曆帝獻給吳三桂，1662年6月1日，永曆帝被吳三桂用弓弦勒死，這時候明朝皇統徹底滅亡。基本上全國地區都被清軍佔領了。
不過也就在這時候，東南沿海又忙活起來，鄭成功率水路大軍直接殺到南京城下，不過最終失敗，撤回廈門。1661年三月，鄭成功率25000人登陸臺灣，準備奪取臺灣為新根據地。1662年，臺灣荷蘭軍隊向鄭成功投降。1663年接寧靖王朱術桂入臺，名義上仍奉永曆帝為正朔，繼續沿用永曆年號。是為明鄭時期。同年，清軍攻破廈門，明鄭勢力全部撤回臺灣，當然了，明鄭還扶植了地下的洪門繼續戰鬥。
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