1931年9月18日，日本发动了震惊中外的“九一八事变”。随着东北大片国土的沦陷，日军步步紧逼，存放在北平故宫博物院里的无数的珍贵文物牵动了国人的心。
为了防止中华民族的历史文化珍宝落入日军之手，1932年11月，国民政府行政院通过了北平故宫重要文物南迁的提案。故宫工作人员经过两个多月的清点从数十万件故宫文物中精选了242592件珍贵文物装成13391箱，准备运往南京暂时存放。
1933年1月31日，日军攻占山海关，北平岌岌可危。2月5日，在大批士兵荷枪实弹的押运下，第一批故宫文物用两列火车运走南下。直到5月故宫南迁文物共分五批运走。这些文物原本最终目的地是南京朝天宫，但因为库房尚未解决，只能暂存于上海百老汇大厦及毕卡第公寓底层。
原本故宫文物从北平出发都是秘密进行，但抵达上海以后，由于当时报刊披露了故宫文物抵沪的消息，上海已不适合作为故宫文物的久留之地。1934年决定在南京朝天宫修建能永久保存这些国宝的仓库，并最终于1936年8月完工。
1936年底，存放在上海的故宫文物陆续运往了南京朝天宫新库房。1937年全面抗战爆发以后，八一三淞沪会战打响，南京城也岌岌可危。为了确保故宫文物的安全，故宫文物再次分三路向西南后方转移，被存放到了贵州安顺、重庆巴州、四川峨眉、乐山等地，最终在抗战胜利后才集中到了重庆。
尽管存放在南京的故宫第三批文物，也是数量最多的一批，9369箱在日军占领前夕，1937年12月9日，搭乘英国轮船黄埔号离开了南京，没有让这批国宝落入日军之手。但在南京朝天宫库房内还是遗留下了部分文物没能带走。
日军占领南京之后，在对南京这座城市大肆屠杀的同时，也在进行着文化洗劫。曾经存放故宫文物的朝天宫库房当然没能逃过日军的魔爪。1938年，在日军司令部的指挥下，日军先打开了存放在南京的故宫文物575箱，得到文物8096件。随后1939年，占领南京的日军在统一指挥下，招募专业人员120多人，在405名士兵的协助下，对存放在南京的故宫文物2272箱文物又进行了一次“清点”。这里面仅字画方面就有唐太宗御笔、宋徽宗御笔荔枝山雀图真迹、米芾尺牍、马远的江山万里图，颜真卿的御临争座贴等价值连城的文化珍宝。
所有的这些文物在经过日本人的彻底“清点”后大部分被运回了日本。那些被日本人认为没有价值或不便搬运的文物，最终不是被砸碎当作废品就是丢进火里付之一炬。而上面这些仅仅是日本人清点入册有记录的文物，那些没有记录下来的故宫文物实在是难以想象。
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