此次清朝舉全國之力出征，男丁七十以下，十歲以上，無不從軍。除鄭親王齊爾哈朗率領三分之一軍隊留守瀋陽外，其餘滿、蒙、漢約十萬八旗軍隊全部由多爾袞帶領集結于山海關。
面對形勢的急劇變化，多爾袞及時調整對策，在農民軍以排山倒海之勢向北京進軍時，清朝已經認準農民軍是真正的對手。
“蓋以為明勁敵著我國也，抑則流寇也，正如秦失其鹿，楚、漢逐之，雖與明爭天下，實與流寇角也。”
--范文程《致攝政諸王啟》
清朝八旗軍隊組織緊密，紀律嚴明，令行禁止，戰鬥力遠高於農民軍和明軍，這讓多爾袞有底氣傾國而出，將清朝的國運押在山海關大決戰，成敗之判，在此一舉。
明朝的軍制，開始是寓兵於農，明太祖朱元璋實行軍民分籍制度，編為軍戶的農民世代為兵，朝廷按照衛所編制組織起來，進行屯田，自給自足。
邊境衛所三分守城，七分屯種，內地二分守城，八分屯種。在這種制度下，朝廷只對屯田情況進行督察，不用再另外撥付軍餉。
久而久之此法弊端叢生，大量的屯田被軍官和當地豪強所佔，軍屯制度敗壞得有名無實。明朝後期隨著戰事逐漸增加，朝廷不得不從國家財政中撥給餉糧。
萬曆以後，國家財政入不敷出，拖欠軍餉的情況越來越嚴重，加上官吏的剋扣，普通士兵能拿到的餉銀連基本生活都難以維持。
“多兵擺列武場，金風如箭，而病、僵而僕者紛紛見告矣。每點一兵，有單衣者，有無袴者，有少鞋襪者，臣見之不覺潸然淚下。”
--盧象升
明末官軍戰鬥力脆弱，兵變和逃亡層出不窮，軍事紀律廢弛嚴重。明朝將領為了保住自身性命和地位，採取了自養家丁的方法，把剋扣出來的一部分軍餉用於豢養家丁，給予較好的生活待遇和武器裝備，關鍵時刻孤注一擲，家丁成為將領們謀取個人私利的工具。
吳三桂在山海關的關寧鐵騎號稱三萬，實則只有三千士兵具有較強的戰鬥力，這也是一種家丁制度，朝廷的軍隊成為將領的私人武裝。
“賊來兵去，兵去賊來，賊掠於前，兵掠於後，賊掠如梳，兵掠如剃。總督之令不能行於將帥，將帥之令不能行於士卒。今日之事，其何以濟！”
--《懷陵流寇始終錄》
軍紀敗壞另一個表現是所謂“殺良冒功”，明朝為了鼓舞士氣，規定斬首一級賞銀五兩。崇禎四年，陝西副總兵趙大胤報斬賊首五十級，而婦孺之首三十有五。
“各攜利刃爭相逐，函首忙報將與督。
鬨然攘臂受賜金，屠盡一家與九屬。”
--錢天賜《哀慶都歌》
農民軍在組織上相對鬆散，大部分由逃難的饑民和逃兵組成，常常拖家帶口，總人數動輒成千上萬，實際具有戰鬥力的士兵只有很少一部分。
但是農民軍紀律嚴明，嚴禁搶掠民間財務，隨意殺人，所過之處秋毫無犯。李自成下令：
殺一人者如殺吾父，淫一女者如淫吾母。
農民軍作戰時軍令也非常嚴格，臨陣不得反顧，前者死，後者繼進。
攻城時為例實施爆破，命令士兵每人衝往城下鑿取三塊牆磚，完成任務後回營休息，如果有士兵沒有完成搬磚數量，將被就地正法。儘管城上矢石交下，士兵們仍然奮勇攻城。
嚴明的軍紀讓農民軍深受百姓的支持。
“殺牛羊，備酒漿，開了城門迎闖王，
闖王來時不納糧。”
農民軍失敗最大的原因是沒有組織建立起穩固的根據地。
從陝西到山西
從河南到湖廣
從西安到北京
李自成一路凱歌高奏，勢如破竹，卻始終沒有一個大後方作為前線戰鬥的依靠，導致山海關一戰後兵敗如山倒。
農民軍的失敗不是因為八旗軍隊天下無敵，而是由於內部組織的無序和崩潰。
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